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崔妮蒂和公爵的手下在搏斗。在本次公布的新版猜想剧情中，崔妮蒂不幸牺牲，尼奥与特工史密斯之间的最后一战令母体获得重载。焦点 锡安大战，人类驾驶着巨型战争机器，预备与电子章鱼决一死战。 大批电子章鱼汹涌袭来。 先知的保镖使用起了热武器。
《黑客Ⅲ》预告片
：酷似！与新版剧情丝丝入扣。
：有戏！相似程度较高。
：关联不大。建议读者展开联想。 崔妮蒂与公爵的保镖对打。 尼奥与崔妮蒂紧紧拥抱在一起，这是结尾的大团圆结局？还是生死诀别？ 史密斯从墙壁中冲出，紧随尼奥不放松。这是预告片最后一个镜头，极具气势。 研究报告
9．旧版猜想剧情显得比较理想化——母体崩溃，人类解放并且与机器人和平共处；而新版猜想剧情中带有某些献身的意味（这也更加符合“革命”的主题），尼奥最终将牺牲自己？
10．那个让汤匙弯曲的少年Ｋｉｄ将代替白胡子的老者，成为下一任的设计师？
先知出现在尼奥旁边，开始和他说话。她解释了机器现在的处境，告诉尼奥，母体一定要重载，特工史密斯必须被消灭。尼奥知道这不是真正的先知。这时机器又以设计师的模样出现了。他说：“我们也许应该更认真地理解母体的基本功能。”接着，帕瑟芬也出现了，她说：“系统最重要的不是它产生的能力，而是它的稳定性。”话音刚落，公爵也出现了。他说：“我们不可能获得自由。”这个场面简直像机器的议会在开会。
最后，尼奥阻止了他们的争论，他说只有他才有选择权。机器表示同意，并开始和尼奥谈判，尼奥则开始一一陈述他愿意作出的牺牲并且提出他的条件。
尼奥在雨中与特工史密斯展开了一场大战，周围的建筑物纷纷被摧毁。史密斯一次又一次占了上风，他的复制人已经布满所有建筑物的窗户，整个母体到处都是史密斯。尼奥渐渐反败为胜，可是最后史密斯把手插入尼奥的胸部，开始将他变成自己的复制人。尼奥凝神对抗，正在改变的面貌又逐渐恢复成尼奥的本来模样，但突然之间，尼奥完全变成了史密斯。这时，镜头转到机器的城市01，一个机器人拔掉了尼奥的插头。史密斯大叫了一声“不”，便摔倒在地上。雨停了。所有史密斯的复制人都变回了本来面目。
电子章鱼撤退了。奈尔碧和墨菲斯发现少年躺在地上，已经死去。奈尔碧发现母体的代码已经改变。在设计师的房间里，设计师突然开始被复制（就像被特工史密斯侵入身体一样），他突然变成了少年。少年开始有点困惑，但很快好像明白了过来。这时，尼奥走了进来，告诉少年系统威胁已经没有了，他现在身上带着特工史密斯的代码，而平衡是要不惜一切代价来维系的。少年点头说：“你必须重载，我知道该怎么做了。”尼奥走进了那扇门。
两种结局版本
版本Ａ
墨菲斯和奈尔碧走在母体里，墨菲斯说：“这些人必须获得自由。”奈尔碧说：“你知道那意味着什么吗？”墨菲斯回答说，这一切必须发生，尼奥的预言必须成为现实。在他们的后面跟着一个电脑特工……
版本Ｂ
墨菲斯和奈尔碧走在母体里，墨菲斯说：“她预言了我会找到救世主。”
奈尔碧说：“你找到了，但不是直接找到的。”
墨菲斯微笑着说：“尼奥找到的，我帮他找到了他自己……这还没有结束。”
奈尔碧说：“让他们继续做梦吧。”
墨菲斯回答：“有时我们所有的信仰都是一个梦……”
她吻了他：“信仰或者是真实的，还不都一样。”
墨菲斯说：“我梦到了我是一个人……这是进化还是革命？”
镜头切到机器的控制室，少年坐在那里，微笑着。接着，镜头又转到了母体，在奈尔碧和墨菲斯身后跟着一个电脑特工，他说：“我看到他们了，我会保持联系的……”
编译：ｊｓｗｃ （请作者速与本报联系，以便奉上稿酬） 旧版猜想剧情
这份剧情据说是在网上流传很久的，对照本次公布的新剧情，该剧情显得更为理想化，也更符合好莱坞电影的一贯套路。在此节略登出，以做对照，欲详细了解的读者可参见本报7月28日声色周刊之《黑客魔鬼教材》：
电子章鱼潮水般涌向锡安。墨菲斯说出真相：锡安只有尼奥和少数人可以存活下来建立新的锡安，其他人则都会被母体删除。墨菲斯等人准备回到母体寻求答案，留下尼奥等待苏醒。
尼奥苏醒
尼奥苏醒后进入虚拟训练程序，一位黑客也进入和尼奥对打。那个黑客突然变成史密斯，他迅速复制出一堆特工与尼奥打架。
另一边，墨菲斯和崔妮蒂进入虚拟世界，遇到公爵和双子星病毒，决定一起去找先知。
墨菲斯和崔妮蒂路上被史密斯堵截，双方开始对打，双子星病毒把史密斯也变成病毒！于是Ｎ个史密斯和Ｎ个病毒开始打群架。墨菲斯等人逃回现实，又遭遇电子章鱼，尼奥听到召唤前来将电子章鱼全部干掉，墨菲斯开始意识到锡安其实也是虚拟世界。
史密斯也到达锡安，而且成了虚拟世界里的样子，原来他拥有了和尼奥一样的力量。他一把抱住尼奥飞到虚拟世界，天开始下雨，无数复制的史密斯与尼奥对打，直打得天昏地暗……
母体崩溃
终于，整个母体承受不了巨大的非法数据交流量，崩溃了，所有在母体里的人全部苏醒了，真实的地球世界现出残破的原形——孤零零的星球看不到一点生机，只有一个与母体极其相似的大机器。所不同的是，被连接的不仅是人类，还有机器人！镜头拉近，一个人和一个机器人猛地甩掉身上的数据线，正是尼奥和史密斯。他们疑惑地看着对方……
尼奥和崔妮蒂拥抱在一起，远方一些机器人在人的指挥下劳作着……银幕渐黑，黑暗中传来尼奥的声音：新的一天开始了，虽然天空依然昏暗，但至少这是真实的。
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