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在完成国内的拍摄后，《吴清源》剧组的大队人马已经于10月9日抵达日本，由于遇上10年来最大的台风，致使飞机不能在东京机场降落。12日剧组将在小田原开始为期两个月的日本拍摄。日本的拍摄始于吴清源先生在小田原的家。小田原是吴先生上世纪五十年代购买的房子，房子坐落在山上，以前可以看得到海。吴先生认为不但小田原的高原气候很像北京，而且这里很安静，所以他和夫人都很喜欢这里。12日在这里拍摄的将是全片的第一个镜头，实拍吴老师和吴师母。
田壮壮导演将在日本最重要的拍摄景地选在了近江市的八幡，这里是京都府的一个内陆城市。12日，剧组完成在小田原的拍摄后，将连夜赶往近江八幡，路程是7至8个小时。由于旧东京原貌在大轰炸之后已经看不到了，在近江八幡也仅有些老房子、寺院，相对来说保存得比较好，可以解决全片大部分的内外景。
这是田壮壮导演第一次在海外执导影片，他认为，目前片中演员的演出都很不错。比如扮演吴清源的张震就是个很努力很用心的演员，跟他的合作也非常的愉快，张震赶在大部队抵达之前进组，正巧赶上近十年来最大的一次台风，飞机误点四个多小时，但是他一到剧组就询问拍摄计划，敬业精神可见一斑。在日本也有张震的影迷。在剧中他会有很多的日语对白，虽然他之前也会些日语，但他还是在接下这部戏之后就飞到日本请老师教授日语并学习下棋。
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