钟山定林寺根据所处地势的不同，分为上定林寺和下定林寺。据史料记载，下定林寺建于南朝宋元嘉元年（公元424年），比上定林寺早建15年，位于钟山南麓玩珠峰独龙阜之北，即今明孝陵的西北一带。南朝宋元嘉16年（公元439年），禅僧竺法秀在建康东郊的钟山建上定林寺，在下定林寺之西，该寺自建成后逐步成为钟山名刹。宋代以后，该寺也渐渐湮灭。
1999年，考古工作者在钟山主峰南山腰发现了刘宋时代的北郊坛遗址。而明初著名文学家宋濂曾在他的《游钟山记略》一文中，详细叙述了他先后踏访钟山定林下寺和上寺遗址的情况。书中表明上定林寺遗址的具体位置当在南朝北郊坛的附近。现在找到了南朝的北郊坛遗址，那上定林寺也应该好找了。主持发掘的领队贺云翱教授决定，照着宋濂文章中记载的方位，在距离北郊坛遗址一公里的范围内，进行超密集的发掘工作。如同过筛子一般，不放过一丝一毫有价值的信息。可惜的是，并没有找到史料里记载的上定林寺遗址。
南宋时期的《景定建康志》里有关于上定林寺的记载。但贺云翱教授发现，在这本书里关于定林寺的多处记载，前后的方位都不一致，说明那个时候，上定林寺到底在什么地方，著者也搞不清楚了。而后更是一笔糊涂账。现在在北郊坛遗址的周围发现两处寺庙遗址，出土了一大批寺庙僧人所用过的生活用品等文物，但并没有出土相应的带有文字的文物，所以只能说是南朝的寺庙遗址，目前说它们是消失了近千年的定林寺遗址还为时过早。（来源：南京晨报）
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