成功解除潘达瓦战争危机后，海港城告别短暂宁静再度陷入惊天危机。全城突发连环爆炸案，携带大规模杀伤性武器电磁脉冲（EMP）炸弹密钥的委员长也在高速公路上被神秘劫持。东区分局明星警探吴英雄（赵又廷饰）反击未果遭遇改装直升机扫射身陷险境，坠落高架桥千钧一发之际，东区分局警官陈真（林更新饰）及时现身搭救吴英雄。

海港城危机不断，跨海大桥被炸毁，通往本岛唯一道路断绝，同时，一盘神秘录像带被寄往政府部门，包括徐达夫（黄渤饰）在内的多名通缉要犯在镜头里誓死自白：建立全新海港城，所有牺牲都是值得庆祝的。对此，政府宣布：“事关安全紧急事件，优先等级五。”就在全港备战神秘邪恶力量之时，大爆炸席卷全城，并造成电力中断。整座城市陷入一片黑暗，连南区分局也被炸成废墟。

危急时刻，吴英雄同陈真组成全新搭档，并偶遇被绑成人肉炸弹、高速驾驶直冲隧道的徐达夫。三人乱作一团之时，却突然遇到从隧道口直冲而下的无人飞行器及雇佣军攻击。九死一生之后，吴英雄和陈真才得知徐达夫怀有身孕的老婆已被恐怖分子挟持，并将她的身体作为生物武器“伊鲁康吉”的试验田。在三人身后，而更有骇人阴谋笼罩海港城，神秘暗杀组织——夜行者启动旨在36小时内屠城的“枯草计划”。海港城倾覆之际，“真英雄”组合及徐达夫组成“正义三人组”挺身而出，正与邪、光明与黑暗的终极对决拭目以待。