这是一个无忧无虑、没心没肺的小男孩的故事，在一个非现实的空间里，他结交朋友，惩恶扬善，在营救父母的斗争中懂得了亲情和爱的重要。
故事的主人公叫果冻。
果冻是一个姥姥不疼舅舅不爱的普通小学生，在男孩子中间总是没什么威信也没什
么人缘，大家玩魔法游戏从来不会带他玩，家里的爸爸妈妈也只是关心他每天练没练琴。钢琴已经成了他生活中最大的烦恼，他根本没有想到这东西以后还会改变他的命运。
可是这一天，为了追踪一块滚落在地的橡皮，果冻遭遇了一伙生活在教室地板上的小人，小人要扛走他的橡皮回家盖房子，果冻不答应，一追一跑就掉进了地板下的迷宫里。
这个迷宫叫做废物迷宫，是由所有人类生活的废弃物堆积而成的，在城市的每个楼房和乡村的每条道路下面。果冻急着要回家，可是回不去了。好心的小人劝他马上找自己的朋友，因为废物迷宫里有这样的规矩，在这里所有觉得孤单的孩子，都可以去领两个小人朋友，来陪自己在迷宫里生活玩耍。
果冻挑的两个小人朋友有点问题，因为他们一个叫没头脑一个叫不高兴，遇到事情他们总是吵破天，亲下来又逼着果冻表态，到底把哪一个人更当作朋友。不过，真正的麻烦还是在他们不小心弄塌了鼹鼠先生的住宅以后，本来就对人类一肚子怨气的鼹鼠，开始不依不饶地与果冻为难。没头脑和不高兴都帮不上忙，最后还是鼹鼠的好朋友--心胸宽广的壁虎先生帮助果冻，让他与鼹鼠一家化敌为友。
正在大家帮助果冻找机会回到人间的时候，废物迷宫开始出现大变化，大皮鞋、易拉罐和剩苹果组成的"废物三巨头"嚣张地崛起，开始不择手段地控制迷宫的居民。果冻作为仅有的一个人类的代表，也被他们追捕得险象环生。
为了掩护果冻踏上逃生之路，热情正直的壁虎先生牺牲了自己的生命，而鼹鼠也落入了三巨头的魔爪之中。
果冻侥幸回到地上的生活当中，没头脑和不高兴这两个小人朋友也忠实地伴随着他。
果冻的父母本来就对果冻的失踪满腹疑团，两个小人偶尔的轻举妄动便时常招来搜查。回到人间的果冻最牵挂的却是壁虎的生死和鼹鼠的安危。终于，他下定决心，说服了留连地上繁华的两个小人，一起寻找机会，伴随着被人类轻易浪费的食物，再次潜入废物迷宫。
鼹鼠一家已经在地下迷宫里做了很久的苦工，因为三巨头和他们的爪牙开始了疯狂地追求享受，到处兴建别墅豪宅，迷宫被挖的千疮百孔，许多剧民流离失所。
在鼠标、灯炮、铅笔头这些正义的废物朋友的帮助下，果冻他们成功地破坏了三巨头的疯狂建设计划，还给大家一份清静。本来他们可以凯旋回到地上，可是，一个真正的灾难消息传来--
一向似乎对果冻漠不关心的爸爸妈妈，因为果冻第二次失踪而非常自责。为了寻找和营救儿子，他们最后找到了线索来地下探寻，在历尽艰辛寻找果冻的过程中，他们落到了废物三巨头的手上，关押在一个谁都找不到的地方。
这时候，真正能与爸爸妈妈穿越迷宫建立联系的，只有音乐本身。小人朋友们在垃圾堆里翻出了一架废弃的钢琴，果冻开始明白，会弹钢琴是一个多么了不得的本事，他开始懊悔以前的藏奸耍滑玩心眼……
通过音乐联系到爸爸妈妈，果冻又联合被压迫的小人们一起找到了打败三巨头的办法，救回了已经变得无比可爱的爸爸妈妈。
其实，三巨头也不过是因为人类粗暴的浪费能源，才把他们折磨成现在这样阴险凶恶。最后，包括三巨头在内的所有废物迷宫的居民们，与人类达成了和解，大家都懂得如何在这个地球上和平相处、保护和平……
