《海月姬》讲述的是深爱水母的主人公月海，在被称作“尼～图”的聚集了一群想要拥有不必和男人在一起的人生的女子聚集的，禁止男性出入的共同打工的天水馆，居住的故事。某天月海在一家热带鱼店卷入了麻烦，被一名打扮很时尚的女子所救。结果月海第二天惊讶地发现，这名女子竟然是藏之介男扮女装的，原来藏之介暗恋月海于是男扮女装出入尼～图，并和月海等人产生了奇妙的友情。而第一次化妆、第一次心动，受到藏之介影响逐渐改变的月海面前，却出现了可能会让天水馆崩坏的最大危机。