U.C.0097──。
「拉普拉斯之盒」开启后的一年。
就算公开了提及新人类存在及其权利的「宇宙世纪宪章」，但世界的组成仍无出现重大变化。
后称「拉普拉斯之乱」的纷争，在新吉翁残党军「戴袖的」瓦解后看似告终。
但在那场最后的战争中，2架精神感应框架规格的MS，展露了超越人知的力量。
白色独角兽和黑色狮子，2架机体所带来的威胁，理应随着封印从众人的意识中远去，尘封遗忘……。
但是，2年前音讯不明的RX-0 独角兽高达3号机，其身影却再度在地球圈上出现。
金色的「不死鸟」……其名为菲尼克斯──。