行星艾尔托利亚（エルトリア）的来访者缇丽耶·弗洛里昂为了拯救快濒死的父亲和星球，来到地球上找到“永恒结晶”时，被同行来的伊丽丝骗了。伊丽丝的目的是为了“永恒结晶”内的U-D（ユーリ）进行复仇。同时被伊丽丝唤醒的三人暗王（Dearche）、星光（Stern）、雷刃（Levi）三人、与跟随缇丽耶和伊丽丝而来到地球的阿米缇娅·弗洛里昂、地球当地魔导师高町奈叶、菲特·T·哈洛温、八神疾风等人各自发生了伊丽丝与U-D两人之间的战斗。
“遇到了重要的人，遇到了温柔的人，那真是非常幸福的事。但是，也有没能帮助的人，没能拯救的人，那是非常悲伤的事情、痛苦的事情。我再也不会让这种痛苦的悲伤的事情发生在我面前了。所以，这次一定能成功。”——《魔法少女奈叶 Detonation》C93宣传片中的高町奈叶台词。