第一季
在近未来的城市“心园市”里，无论是大人还是小孩都热衷于AR决斗。所谓的AR（Augmented Reality/增强现实）决斗，就是使用D视眼和D面板来决斗，并通过使用这两件道具，从地面、天空、还有从建筑物里真实地飞出怪兽进行交锋的超大魄力决斗！
在心园市生活的主人公·九十九游马也热衷于卡片决斗，但水平只是初学者等级的连败者。以某事件为契机，游马与学校头号不良少年·神代凌牙以决斗对决。这场决斗，将游马的命运大大改变……！这场激斗中，总在游马的梦里出来的诡异大门突然出现。紧紧关闭的大门被打开的瞬间，无数光芒溢出，抬头一看身旁……那里站着从异世界来的神秘生命体·星光体（Astral）！为了取回星光丢失的记忆，取回99张“No.卡”，2人开始一起行动。
星光体出现的真正目的是什么？而新的怪兽“No.怪兽”这一存在又到底是何方神圣？强力竞争对手陆续在游马面前出现，而星光体身上的谜团也逐渐明朗化。由这个组合缔造的新决斗传说，如今揭开序幕！！
第二季
WDC（世界决斗狂欢节）闭幕，心园市迎来和平。游马和星光体也与同伴们一起回到校园生活，享受决斗。
另一方面在那背后，盯上星光体的记忆碎片“No.卡”的敌人在暗中活动。那就是跟星光世界敌对的巴利安世界。他们以让超量怪兽混沌化的“RUM（升阶魔法）”为王牌，阻挡在游马他们面前！游马和星光体，对巴利安远超想像的决斗感到惊愕……
在这个危机下，被游马“想救星光体世界！”的强烈决心打动的天城快斗和神代凌牙再次集结。3人将与同伴的羁绊记于心中，驱使王牌挑战决斗！游马和星光体的新的战斗，从这一刻开始！！