本集故事紧随前作，与功夫熊猫阿宝（黄磊配音）失散多年的生父李山（成龙配音）突然现身村里，欢喜重逢的父子二人，一起来到了一片神秘的熊猫村——阿宝的第二故乡。在这里，阿宝终于看到了很多和他一样憨态可掬的熊猫同类。但快乐的日子没过多久就被一个惊天的坏消息所打破。传说中拥有神秘力量的邪恶大反派“绿眼牛”天煞（姜武配音）正带领着一众凶残的匪人企图横扫神州大地，残害所有的功夫高手。作为神龙传人阿宝必须带领众高手迎面狙击，并且他还肩负着教授所有熊猫村民习武自卫的重任……鲁格/文