住在真新镇的少年小智，迎来了获得成为宝可梦训练家资格的日子，10岁的生日。心中憧憬着未曾见过的宝可梦，未曾见过的世界，小智前往了可以获得同伴宝可梦的大木研究所，然而由于睡过头的原因，留给小智的只有一只不喜欢人类的皮卡丘。
　　“你讨厌我吗？但我喜欢你哦！”一开始不相合的两人，渐渐培养了友情。在旅程开始的日子，望着天空中飞过的传说中的宝可梦——凤王的身影，小智与皮卡丘拿着虹色之羽立下誓言。
　　“总有一天，会一起和它再见面！”
　　就这样，为了成为世界第一的宝可梦大师，开始旅行的小智与皮卡丘，在途中遇到了训练家“麻琴”与“爽志”，并听到了有关凤王的传说。
　　“被虹色之羽引导，见到凤王的人，会成为虹之勇者。”
　　不知何时藏在小智的影子中的，迷之宝可梦——“玛夏多”出现，并带领着小智一行人前往凤王居住的“天圣山”，不过此时强敌现身了。
两人最终能够见到凤王吗!?为了实现旅行开始那一天立下的誓言，现在，两个人最终成为“真正的同伴”的冒险开始了！