1989年，全国少年乒乓球赛、亚洲少年乒乓球赛，男子单打冠军。
1990年，在全国乒协杯比赛中，战胜中国著名选手陈龙灿。
1991年全国锦标赛男团冠军（与王飞、王永刚合作）。
1993年9月七运会男双第三名(与王永刚)。
1994年第2届世界青年锦标赛男单、男团冠军；中国公开赛男单、男双冠军；全国精英赛男单第三名；中国乒协杯男双冠军；韩国大奖赛男单冠军；1994年第12届亚锦赛男单、混双(与邓亚萍)、男团冠军；第12届亚运会混双(与邓亚萍)、男团冠军；意大利公开赛男双冠军(与张雷)；瑞典公开赛男团亚军。
1995年获得中国明星赛男单、混双冠军(与邓亚萍)；第43届世乒赛男团、男单冠军，而这个冠军也是年仅19岁的孔令辉越过中国队一号主力王涛、“奇兵”丁松，夺得了第一个男单冠军；之后，他还获得了混双亚军(与邓亚萍)；爱普生世界明星赛男单冠军；中国大奖赛男单冠军；世界杯男单冠军；第3届城运会男单冠军，男双第三名(与张鹏)；亚洲杯团体赛男团冠军。
1996年获中国乒协杯男双(与刘国梁)、男单冠军；第26届奥运会男单八分之一决赛中负于金泽洙而与刘国梁拿到了男双冠军；首届国际乒联职业巡回赛总决赛男单冠军；亚锦赛男单、男双冠军。
1997年第44届世乒赛，与王涛、刘国梁、丁松和马文革合作，获团体比赛冠军；男双冠军(与刘国梁)、混双亚军(与邓亚萍)、男单并列第三名；美国公开赛男单冠军；中国大奖赛男双冠军(与刘国梁)；八运会男团亚军；美国、马来西亚公开赛男单冠军；国际乒联总决赛男单冠军。
1998年爱立信中国乒乓球擂台赛冠军并成为男子总擂主；马来西亚公开赛男单、男双(与刘国梁)亚军；日本公开赛男单冠军；全国俱乐部甲级联赛男团第3名；澳大利亚公开赛男单、男双(与刘国梁)冠军；中国公开赛男双第3名(与刘国梁)；全国锦标赛男单冠军；第13届亚运会男团、男双(与刘国梁)冠军、男单并列第3名。
1999年爱立信中国乒乓球擂台赛决赛男子亚军；第45届世乒赛男双冠军；亚洲12强赛冠军；国际乒联总决赛男双冠军、男单亚军 ；2000年第45届世乒赛男团亚军；世界男子俱乐部团体冠军；日本公开赛男双冠军，男单第三；第27届奥运会男单冠军、男双亚军。
2000年9月25日晚，悉尼奥运会男单决赛，孔令辉3比2力克乒坛“常青树”瓦尔德内尔，成为小球时代的终结者。他夺冠后狂吻胸前的国旗，紧闭双眼，仰天长啸、泪流满面，随后跳进教练怀中庆祝，孔令辉实现了“大满贯”。
2000年后，孔令辉的状态有所下滑，连续两届世锦赛上与单项冠军无缘。
2001年第46届世乒赛男团冠军，男单、男双亚军。
2002年第14届亚运会男团冠军，男单、男双第三；美国、德国、荷兰公开赛男双冠军，国际乒联总决赛男双冠军。
2003年第47届世乒赛男双亚军(与王皓)，男单四强，韩国公开赛男单、男双四强，中国公开赛男双亚军，马来西亚公开赛男单四强、男双冠军。
2004年第47届世乒赛男团冠军，国际乒联巡回赛希腊公开赛男双亚军，韩国公开赛、中国公开赛(长春)男双冠军(与王皓)，总决赛男双亚军。
2005年卡塔尔公开赛男双冠军，48届世乒赛男双冠军(和王皓)，为自己的大赛生涯画上了圆满的句号。
2006年10月12日孔令辉正式宣布退役。
2012年11月底，中国乒乓球队教练员竞聘仪式举行，施之皓正式卸任中国女队主教练。在竞聘仪式上只有孔令辉一人竞聘新周期女队主帅。尽管孔令辉主帅的正式任命迟迟没有下发，但直通赛期间，孔令辉已然在履行主教练的职责。
2017年5月30日，中国乒乓球协会决定暂停孔令辉中国女乒主教练工作。
奥运火炬手
2008年6月15日，北京奥运火炬传递进入重庆万州站传递。15日上午8时5分，奥运火炬重庆万州传递起跑仪式开始。第一棒火炬手是著名乒乓球运动员孔令辉，他在与举重后起之秀、世界青年举重冠军钟国顺交接时，两人打出了交接的“团结一心”爱心手势。
这次来参加火炬接力，孔令辉还有一个更重要的任务--为四川地震灾区义卖募捐，为此他要拍卖自己在2000年悉尼奥运会上夺得冠军时所穿的队服和退役时使用的签名球拍。孔令辉说，“这些善款将用于在灾区援建希望小学。作为一个运动员，能传递北京奥运火炬，我很骄傲和自豪，希望大家更加关注奥运会，更加关注灾区。”
醉酒打人
2011年5月27凌晨3时许，在位于朝阳区东三环附近的环球金融大厦渣打银行门前，孔令辉酒后与一名年轻保安发生口角，接着双方发生肢体冲突。几分钟后，呼家楼派出所的民警赶到现场，将双方带回派出所接受调查。在被打保安被送到朝阳医院救治的同时，孔令辉拨通了国乒男队主教练刘国梁的电话。27日4时30分许，刘国梁急匆匆赶到派出所。随后，孔令辉与被打保安经过调解达成和解。2011年5月28日，朝阳警方证实，在环球金融大厦渣打银行门前，孔令辉与一保安发生纠纷，呼家楼派出所启动联合调解工作机制，经调解，双方已和解。