白色要塞号缓缓驶进SIDE7一号殖民卫星的宇宙港。舰上，联邦军机动战士的设计者，蒂姆·雷大尉正在为即将见到久别的儿子阿姆罗而喜悦。但谁都没有想到，一队属于夏亚指挥下的吉恩侦察特攻士兵，也在此同时驾驶着扎古的三机编队，潜入了卫星。联邦军竟然也拥有了MS！为这一发现惊愕不已的吉恩士兵，决定趁这些MS正向战舰运送时，将它们全部摧毁。在尚没有经培训的MS机师的白色要塞而言，悲惨的命运似乎已无法回避。然而，大出双方所有人意料之外，联邦军的主战MS，RX－78-2高达，竟然从输送卡车上站起，像一位白色巨人傲然立于大地！
挺身而出驾驶高达迎战敌人的，正是高达设计者蒂姆大尉的独生子，喜爱机械的少年阿姆罗·雷，在这场史上首次MS间发生的对战中，充分显示了高达作为MS压倒性的强大，而阿姆罗亦以一介生手在初战时便击毁两架扎古的战绩，展现了他作为MS机师的超凡才能，并且，随后与来袭的赤色彗星夏亚的几次交手，确定了其王牌机师的地位。而阿姆罗与夏亚之间断断续续作为宿敌长达十五年的对峙，也从这时开始。
虽然免于被消灭的命运，但白色要塞方面的损失也是无法否认的：蒂姆大尉在战斗中失踪（被爆炸的气流冲击到宇宙空间，后经漫长的漂流终于获救，但因氧气缺乏症的影响，在SIDE6过着形同废人的生活）；而白色要塞的舰长保罗，也因在战斗中负重伤而死亡。接任舰长的是名叫布莱德·诺亚的士官生，加上临时代理领航员的名门千金，后来成为布莱德夫人的美拉，以及MS机师侯补生隆，还有与阿姆罗同样来自民间，因人手不足而乘上MS钢加农及钢坦克协同阿姆罗作战的少年隼人及凯等等。就这样在几乎没有老练的正牌军成员的情况下，由几乎全是年轻人的组成的白色要塞队开始了突围。经路纳Ⅱ的战斗后，白色要塞向地球南美洲的加布罗要塞前进。
追击白色要塞的夏亚，与吉恩地球方面军总司令卡尔玛·扎比会合。两人同样是吉恩军中的少年英才，这自然给白色要塞队带来了巨大的压力。10月4日，在极端被动的情况下，布莱德设下了陷阱作战计划，事实上该战术为驾驶红扎古的夏亚所发现，但夏亚却故意将卡尔玛引入白色要塞队的埋伏，使卡尔玛葬身在舰炮的炮火中。
原来，夏亚·亚兹纳布尔实际上的身份，是已故的吉恩·兹姆·戴肯之子，原名加斯巴尔·利姆·戴肯，平时总戴着假面或墨镜，并非遮掩伤痕，而是为不让人认出本来面目。他投身吉恩公国，实际目的是向扎比家复仇，将之毁灭。扎比家的第四子卡尔玛，便是他的第一件祭品。
卡尔玛之死，激起了吉恩公国的强烈反应，扎比家的长子，基连·扎比于10月6日发表向全地球圈放送的演说，展开更大的攻势欲为卡尔玛复仇。
同月，联邦军的MS投入大量生产，其中以型态与高达相似的RGM－79“GM”为主，至11月底GM开始用于实战。而吉恩公国方面则将更多的新型强力MS投入战场，同时加紧对NEW TYPE用于实战发挥的研究。
此时的阿姆罗，正面临情绪的底谷：“青色巨星”兰巴·拉尔等强敌不断袭来、母亲对他作为军人的不谅解、自身作为重要战士所承受的巨大负担……各方面压力几乎不堪忍受。然而，正是因为经历这一切，使他已成长起来。同时阿姆罗作为NEW TYPE的代表，使这种能力的重要性受到联邦军内的日益重视。
11月7日，联邦军发动夺回俄罗斯地区的奥德赛作战，为时3天的战役以联邦军的胜利告终，阿姆罗在此战中，创出了击败黑色三连星的著名佳绩。其后吉翁军对贾布罗的攻击亦被联邦军挫败，地面战局形势就此逆转。
12月14日，联邦军发动了以吉恩本土为目标的星1号作战；15日，对北美、非洲等地的公国军展开扫荡；24日，联邦军在宇宙发动所罗门攻略战，在这场战斗中，扎比家担任宇宙方面司令官的第三子多兹鲁中将，为掩护自军撤退，亲自驾驶巨型机动装甲（MA）“魔霸”与阿姆罗的高达交战，最终为阿姆罗击败身亡。
12月30日，德金公王准备与联邦军进行会谈，看到和平曙光的人们莫不额手称庆，然而，不愿休战的人仍然存在。就在双方舰队聚集在一起时，基连·扎比竟使用SIDE3的吉恩最终防卫武器“太阳系统”——卫星激光炮发动了攻击，在超巨大的光束中，将联邦军的宇宙舰队，与自己的父王德金及其直属舰队一起化为灰烬……
面对这一意外巨变，联邦军于次日对吉恩的最终防线阿·保亚·库发动了全面攻击，而担任吉恩总帅的基连，被扎比家长女基西莉亚少将以弑父罪名射杀，其后基西莉亚指挥吉恩军作战，但终被联邦军击败。
白色要塞队及阿姆罗当然地也参与了此次战役。然而，阿姆罗与夏亚两人你死我活地激斗，甚至座机毁坏后继续刀剑相向却另有原因。
事情要追溯到夏亚很小时，当时一名有着印度血统的孤女拉拉·辛被他所收养，而拉拉由于天生具有NEW TYPE素质，此次战争中来到战场上夏亚的身旁。具备NEW TYPE能力的拉拉，与同样是NEW TYPE的阿姆罗的精神场产生了共鸣，了解到阿姆罗的内心。所以对拉拉而言，一位是同为NEW TYPE的知己，一位是青梅竹马的恩人。同样，无论对阿姆罗和夏亚而言，拉拉都是超越敌我界限的重要人物。然而，在战争已接近尾声时，两人驾MS的对决中，高达的光束军刀在即将刺中夏亚的驾驶舱时却因为拉拉驾驶机体挡在夏亚前面从而误中了拉拉所乘战机的座舱并贯穿而过……
将悲愤的两人间进行的决斗阻止的，是白色要塞的女性士官莎拉，一直关怀着阿姆罗的人，而且她不为人知的真实身份，竟是夏亚的亲妹妹，两人失散多年，直到夏亚攻击SIDE7时才偶然相见。被阻止的两人总算恢复了一些理性，阿姆罗以精神感应通知白色要塞的同伴们基地即将爆炸后成功脱离，而夏亚则继续他要做的事，将扎比家的最后一人，正准备败走逃亡的基西莉亚，连同所乘的旗舰一起击毁。而夏亚在这之后的去向，则没有人知晓……
0080年1月1日，联邦与吉恩终于在月面的格拉纳达基地缔结停战协定。一年战争结束了，然而阿姆罗与夏亚心中留下的创伤，以及战争留给所有人的遗憾，恐怕永远也没法消去……