横滨有一家名叫“红色城堡”的酒店，它位于综合型主题公园“奇迹领地”的入口处，是一所巨大城堡一样的建筑。受到委托人招待的柯南、毛利小五郎、小兰，以及少年侦探团的成员们，来到这里下榻。被带到给他们准备的套房之后，委托人的秘书给了他们每人一个手表型的ID识别卡。
于是少年侦探团们兴致勃勃地，想要赶快去乘坐极受欢迎的“SUPER SNAKE”云霄飞
车。小兰和少年侦探团离开后，房间里的屏幕上出现了这次委托人的身影，他希望柯南和小五郎为他解决一件事情，并要求他们自己寻找出究竟是什么事件。
此前委托人已经找过四个侦探为他进行调查，到现在只有一个人在继续进行，有两个人已经不干了，还有一个人就在这里，屏幕上的影像突然切换到一个小房间，原来另一位在这里的侦探，就是小五郎也认识的侦探龙阿茶。
“无能的侦探没有生存的资格”。冷酷的说完这句话之后，委托人按下了电脑键盘的“ENTER”键，龙阿茶手腕上的识别卡开始倒计时，最终到“0”的时候画面上突然闪光之后一片漆黑……委托人告诉有些心惊的柯南和小五郎，如果晚上10点以前，他们还没能解决这次的事件，那么包括柯南一行所有人的识别卡都会爆炸。更甚者，一旦兰和少年侦探团的成员们进入“奇迹领地”，就绝对不能再出来，因为出来就会爆炸。
“失去心爱的人的心情，你明白了吧？工藤君。”--对方甚至知道柯南的真实面目就是工藤新一？！这个神秘的男人究竟是什么身份？！
“关西的高中生名侦探”服部平次，他可爱的青梅竹马和叶也成了人质，另外，一直在追查怪盗基德的“高中生侦探始祖”白马探，也接受了神秘男子的委托。侦探们都和柯南一样向着谜题挑战。然而，探索敌人真实身份的柯南等人，还必须面临一次次危机。这其中，和他们追击同一个目标的怪盗基德，也出现了！
面对史无前例巨大的敌人，柯南、平次、白马、基德，以及，小五郎和刑警们，都在时限以内争分夺秒地努力着。当揭开所有的谜题是，敌人就将显形。而柯南究竟能否恢复成工藤新一呢……？真夜/文
