1969年，人类首次登录月球，全日本正热烈期待翌年举行的大阪万国博览会，对于光辉未来充满希望。

　　这一年夏天，小学生贤知与同学阿区、丸夫、阿门、当机、雪次、福平在草丛空地上设立了一个秘密基地。他们贪玩地写下“预言之书”，内容提到邪恶组织的大阴谋，像是企图征服世界、毁灭人类等计划，但正义一方将会出现，与邪恶组织对抗，全力阻止其恶行……虽然这班小学生只是凭空想象出未来的故事，但这游戏让他们玩得津津有味。

　　1997年，贤知放弃了成为摇滚乐手的梦想，开始经营便利商店，同时照顾失踪姊姊贵理子的宝宝神乃。

　　落寞的贤知，平凡度日，却因为便利店熟客一家人离奇失踪，以及旧同学当机之死，为他的生活带来意想不到的冲击。

　　有一个名为“朋友”的教主，自从他所率领的神秘教团出现后，怪事一再发生。贤知惊讶不已，因为他发现这些怪事竟然与他童年时在“预言之书”里所写得一模一样。究竟这一连串怪事是否是“朋友”所为？“朋友”是否是当年一起在草丛玩耍的其中一人？“朋友”又是否真的计划毁灭世界呢？

　　另一方面，能预视未来的老人“神仙”，直言要贤知负起人类灭亡的责任。“预言之书”所记载的事件逐一实现，贤知和他的童年同伴“贤知一派”们决定一起阻止世界末日的预言继续成真。但“朋友”却使出手段，让贤知一派蒙上“恐怖份子”的污名。

　　然后，到了2000年12月31日。

　　“预言之书”写着这一天是人类灭亡之日。“终于，那个巨大的影子，在东京现身了。原子力巨大机器人﹗它一边散发细菌，一边尽情破坏﹗”

　　21世纪究竟会不会来临？

　　东京的……全世界的命运又将如何？