山姆成功阻止了狂派变形金刚和博派变形金刚的对决，拯救了全世界的两年后，他虽然被视为英雄人物，但是他毕竟还是一个孩子，对于即将要上大学的事充满了焦虑，尤其是要离开他的女友蜜琪和第一次离开他的父母。他也必须向留下来守护他的变形金刚大黄蜂解释，他不希望大黄蜂跟他去大学，因为山姆只想要过平凡的大学生活，但是他这么做，就必须抛开他的宿命。正当山姆想要把之前被卷入变形金刚大战的事件撤底忘记的同时，那场大战却造成了很多改变。第七区被政府关闭，而忠心耿耿的辛蒙斯干员则被开除。一个被称为NEST的单位取代了第七区，他们利用蓝尼中校以及艾普曾经和狂派变形金刚交过手的经验，和博派变形金刚携手合作，避免狂派变形金刚再次肆虐地球。只可惜短视的美国政府国家安全局顾问席多盖洛威只想掌控美国所有的国防单位以及它们的力量，同时他认为NEST是无关紧要的单位，因为狂派变形金刚不再构成威胁，所以打算关闭NEST。他认为人类不该卷入博派及狂派变形金刚的纷争。

　　而当山姆好不容易甩掉一直对他唠叨不停的父母，来到他的宿舍寝室时，却发现他的室友李欧是个电脑宅男。这时候山姆的脑海突然像被闪电击中一样，看到一幕一幕的影像从眼前闪过。他很怕自己像他的祖父一样发疯了，一开始死也不肯说出这个秘密，后来才发现出现在他脑海中的这些符号绝对不容忽视。这下子他原来打算过平凡生活的计划又泡汤了，山姆再度被卷入博派与狂派变形金刚的大战，这次会影响整个宇宙的命运，而山姆却不知道，这场正邪之战的关键就掌握在他手中。但是靠著他的好友、他在NEST的战友，甚至靠着他的父母的帮忙，山姆终于接受家族与生俱来的责任，不再逃避他必须承担的责任，也真正学会没有牺牲就没有胜利的意义。

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