《黑客帝国》中，基诺-里维斯，劳伦斯-费舍伯恩与嘉莉-安-摩斯、雨果-维文几位主演，曾演出令人惊诧的复杂中国工夫，而在第二部/第三部开拍前，他们再度被集合在武术指导袁和平那里接受长达五月集训。训练是在圣莫尼卡的机场附近，那里容得下影片所需要的巨大动作扑捉舞台，以及接近原班人马三倍的替身演员们。
经历为第一部影片所做的四个月特训，“演员们的身体状况良好，而且也更能理解
我们需要他们做的事”，袁和平说。
“为这后两部做的训练大概是比前一部难三倍，”基诺如此说，他一天要花7个小时接受工夫训练，“尼奥所需要做的动作还有吊钢丝的方式比以前复杂多了。”
在拍第一部时，基诺因颈部刚做过手术，所以袁和平为他设计的动作多半是手部动作，不涉及脚部，这次基努却不再享受如此待遇了，“我做到的越多，他们要求的也越多，”全心投入角色的他回忆道，“只要我能把一个动作做好了，下一步他们要求的就是更多的动作，而到拍摄时，那两兄弟要求的更多。所有那些都十分有趣，但也很辛苦，全身酸痛就更别提了——别忘记，冰是男人最好的朋友。(拍摄间隙中基努将身体浸在装满冰的浴缸中以消除疼痛)
“我没看过谁比基诺对自己要求更严”。摩斯道，“有时我恨不得遮住自己的眼睛耳朵，生怕他把自己逼迫太过；有时我又想给他鼓掌喝彩。他现在的功夫以及身体状况，我想是任何其他美国演员都无法企及的。”
“基诺与众不同”，袁和平称赞说，“他是个超级完美主义者，一定要对自己的表演满意了才算，哪怕我都觉得动作不错过关了，他也不满意。我尽全力去符合他的要求。”
基诺自己认为，只有这样的训练才能配得上导演兄弟的高技术摄影，“袁先生和两位导演都努力使动作场面值得看，他们都喜欢眩目的镜头，希望拍出观众爱看的场面，他们对身体上各种接触有兴趣，无论那种接触是正面意义的还是负面的。这就好像火能烧毁一切，却也能带来温暖：这也是他们在武戏里想表达的感觉。”
《矩阵革命》中两场打斗戏，一场被叫做“地狱俱乐部的生死决斗”，是在洛克斯船上尼奥与本的生死之战，另一场则是“战斗，或死亡”的最终与史密斯的战斗，那场场景被叫做“超级百人大战”，都是摄影，导演和演员通力合作的结果。“袁和平先生的设计与沃卓斯基兄弟的想法十分搭调”，制片人乔尔-西尔弗说，“除了表面一眼可见的角色间的力量对决，他也通过那些动作表现了角色的成长。在《黑客帝国》中道场的那段里，尼奥最初意识到了自己的潜力；在《重装上阵》中的百人大战里，他被层出不穷的史密斯所震惊，必须将自己的力量再度提升到新的等级。到了《矩阵革命》里，这两人的能力都发展到极至，正是棋逢对手。”
“沃卓斯基兄弟希望以那场超级大战来表现尼奥与史密斯的不可战胜”，袁和平解释，“我努力营造一种气氛，这两个对手都必须胜利，不可失败。多谢基努还有雨果的坚持不懈，最后我们成功地拍摄出那种感觉。”
照西尔弗的话说，最后的结果是超凡脱俗的。“超级大战就像漫画里那些超级英雄的彼此对决发生在真实世界一样，那是我们从未见过的场景。”他如此描述，“看到沃卓斯基兄弟将尼奥与史密斯的竞争推向如此高潮，真是让人心旷神怡的享受。
拍摄这段场景花了整整八周，之前的准备工作更是持续数月，为了能够实现导演兄弟所要求的“具有爆炸性的视觉效果”，剧本要求这段意志之对决在飘天大雨中发生，从一条满站着史密斯的街道开始，然后摇到2500英尺高的电闪雷鸣的天空，再坠入一座荒废的摩天大楼，直到尼奥与史密斯对决的场所。为了制造出“特大雨滴”，以便在屏幕上出现雨的神态，而使用了特别的仪器。尽管把所有那些场景中有的水给加热成水气很不划算，但是所有的水都被循环利用。
“拍摄第一段尼奥和史密斯在街上怒目相对那段很有趣”，雨果如此说。他说为了避免类似《黑客帝国》的拍摄中受伤的类似事件，他这次加紧训练。“我很喜欢在雨里的感觉，那让我感觉到精力充沛。等到我们到弹坑裂缝那里，我们身上都是泥巴了，那就让拍摄更困难了。”
在弹坑里那场戏，又是动作又是台词，对雨果的要求很高，“雨太大，想要讲话而不弄得满嘴冒泡很难。说的话自己也听不见，所以要找到该用的语调也不容易，因为我根本什么也听不见。”
三排史密斯探员的奇观是以替身演员，史密斯人偶共同构成的。替身演员站在后排，同时帮忙操作前排木偶的头部运动，以使每个史密斯的头部都能跟随打斗中的两人而转动。
为了拍出空中降落时的无重力感，替身演员组和视觉效果组通力合作，发明了一种叫“调音叉”的特别索具装备，使得演员和替身能够模拟无重力状态(最初他们曾想在NASA的飞机上实验零重力宇航环境下的感觉，最后因不切实际而放弃了)。打斗中重力显现的部分是在“蛋”里拍的，那是蓝屏的密闭空间，先在蓝屏前拍打斗动作，之后把动作与VFX的背景合在一起。
在拍摄，中用了许多特别索具装备，包括多用的“扭转带”，这是武术指导组和基努的替身恰特-斯塔尔斯基发明的。它使得演员可以在空中做流利的多角度旋转，如向后空转等动作。还有著名的“牦牛索”，多数演员在用它模拟自由落体的动作后都容易呕吐。
“吊钢丝的刚做看来简单，但其实要在钢丝绳上保持身体平衡以及控制肢体动作，十分难。”斯塔尔斯基说，“何况还要保持肢体能动，需要做踢、打等动作，需要有足够的力量和平衡才行。”
“在大雨里，被钢丝拉起做功夫动作，是让人精疲力竭的工作。但是雨果、恰特还有其他的替身都很了不起，”里维斯如此回忆道(除了这段超级大战外，里维斯还亲自上阵，出演了那段在洛克斯舰上的打斗镜头。因为化装必须表现他的眼睛受伤，所以那段场景是在他几乎无法视物的情况下拍的。)
“基诺不停逼迫自己，他对自己的工作有严格要求，但却不会如此要求别人，”雨果说，“他是个很好的倾听者，我很愿意和他一起工作。”
袁和平在《黑客帝国 矩阵革命》设计的另一段违背重力的场景，是“地狱俱乐部的生死决斗”中的一个场景，翠妮蒂、墨菲斯以及守护天使进入了矩阵中的一个底下俱乐部面对悬赏捉拿他们的梅罗文加。为了拍摄该场景，在天花板上特别安装轨道系统，以使悬挂着演出的演员和替身们知道该往哪里走，而“扭转带”在这里再次起了作用，它使演员做出类似杂技演员的搏斗，而所有产生声光爆炸效果的爆竹，爆破物以及炸飞的物体等，都必须与演员这些复杂的操作配合。
“我一走进‘地狱俱乐部’的片场，就想到和基努一起拍《黑客帝国》中走廊的那段剧情。”在拍摄《重装上阵》和《矩阵革命》中曾断过腿的嘉莉-安·摩斯回忆道。“为了要做出正确动作，还要和那些爆破啊什么的保持同步，压力太大了。本来在那次事故后一想到还要吊钢丝我就紧张，但恰特和钢丝组给了我很大帮忙，结果我一次就成功做了好些动作，两位沃氏导演还因此给我大声叫好，那可是稀罕事。这场戏是我在整部戏的拍摄中最得意的部分。”
“嘉莉-安的态度是，‘行了，告诉我该做什么，我就给你做出来’”，里维斯羡慕称赞，“她说到做到，完成得十分漂亮。”
“嘉莉-安-摩斯实在是很棒，我经常告诉她，她该对自己的能力更自信些”，袁和平如此说，“我还给她设计了一种快速和强力的踢腿动作，就是所谓‘天蝎踢’，在《重装上阵》的开场里面她曾用过那动作，在《矩阵革命》中这个场景将再次出现。这动作她花了6个月来练，最终结果十分完美。”
地狱俱乐部一场戏中还有翠妮蒂的招牌动作，“鹰展翅”。也就是她在半空中定格，然后猛然踢出一脚。“每次拍这个动作我都闭上眼睛，直到人家说对方没事。我真怕他会得脑震荡，或者弄伤自己，”摩斯说，“但他却一次又一次的重复动作。这些替身演员真是特别的人。”
“地狱俱乐部这场里吊钢丝的动作比黑客帝国中走廊打斗那场还要多，”西尔弗介绍道，“在第一部中我们引入的那些新的概念，到第三部终于达到了完美了。”
为拍摄入侵锡安那场戏，而采用了特别的水压索道，士兵与志愿者们受到电子乌贼的攻击。通常用来在蓝屏前模仿摩托车运动的“空中车”，这次被改进并且用来在绿屏前承载这些演员，来制造抓取，摇动的动作，使他们看起来似乎受到电子乌贼的触手进攻。(这个装置被取了个昵称叫“PMS机”，意思是‘上帝呀求你让它停下来吧。)
电影中有泽以及恰拉(Charra)猛烈攻击机器的镜头，拍摄这些镜头可让两位演员受了不少罪。“我们不停地在管道中奔跑跳跃，不时需要跪倒在地。”泽的扮演者诺拉如此说，她在影片中是林克的妻子，为了与丈夫团聚而加入与机器的战斗。“比我想的要辛苦多了，那时每处擦伤都很值得，最后拍出的进攻场景十分精彩。”
贾达-平姬-史密斯在第二部中展示了她的战斗才能，而在第三部中她所展现的则是她另一引以为傲的才能：在片中她驾驶着人类反抗军的飞机穿越机器城中的下水道，一边还受到电子乌贼的猛烈攻击。“剧本上说妮欧波在驾驶飞机时肌肉全都绷紧起来了，所以我想我起码也要练出来点肌肉才行，”在拍摄前刚生下女儿柳的贾达-平姬-史密斯如此说。“观众们可能不会知道，不过拍这部续集很是辛苦。两位导演想把所有场面拍地尽可能真实，让观众们感同身受，认为我确实是开着又大又老又重的飞船穿越下水道。因此拍那段的时候身体得绷得紧紧的，让人觉得确实是在驾驶那么大个儿一只飞船。”
从最初的构想到最后的实现，《黑客帝国》中所涉及到的吊钢丝方法的革新以及提神工作的辛苦，是其他影片无法对比的。“拍完这片子可坏了，”负责替身管理的总监R.A.隆德尔说，“有过在这种界碑般重要电影里工作的经验，再去参加其他的影片拍摄，难免会觉得是小菜一碟。剧组同人的能力以及敬业精神让我们几乎能做到一切。有时为了让一个镜头完美会重拍70遍。我们都成了超级完美主义者，不做到最好都不愿意放弃。”
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