本剧根据海军作家朱秀海同名长篇小说改编而成，小说《波涛汹涌》曾获1997年度海军文艺创作“金锚”大奖。在剧本改编中，既保留了原作中以世界经典海战和中国近代海军发展的宏大背景，并进一步强化了新中国海军两代海军官兵，在保卫祖国海疆中所作出的丰功伟绩和惊心动魄的海上战斗场面，以及他们浪漫曲折的爱情传奇，同时，剧本根据长篇电视连续剧的艺术规律，对全剧情节和人物关系进行了必要的调整和补充，力图运用电视独特的手段，更加形象化的展现当代海军的战斗、生活场景；更加艺术化地挖掘两代海军潜艇官兵的内心世界；更加丰富多彩的展现即将跨入新世纪的中国海军，迎接高科技挑战、面向世界的精神风采。

　　电视剧以年轻的潜艇军官江白的成长经历为情节贯穿线索，以他的目光作为主要视角，表现了新中国成立以来，海军几代潜艇指战员们，牢记旧中国有海无防，沉重屈辱的历史教训，为保卫世界和平、保卫祖国的神圣领海和丰富的海洋资源所作出的艰苦卓绝、前赴后继的牺牲和奉献。本剧虽然是以潜艇部队的生活为主要背景，但却折射出整个新中国海军官兵在建军五十年来前进的步伐和他们对国家的忠诚、对海洋、对军舰的挚爱之情。

　　剧情是从90年代，人类对于海洋资源的意识日益重视，周边某些国家对我国所属的海洋资源所蚕食甚至严重干扰我国的海上油气开采这样的背景开始的。曾经是海军水面舰艇部队的青年军官江白，就要以优异的成绩从北方洋城的海军潜艇学院研究生班毕业了，他参加了海军为捍卫“郑和外海”的领海主权及保卫那里的海洋资源开发而成立的开辟潜艇水下通道的课题研究组，研究论证由“郑和内海”至“郑和外海”之间那条具有十分重要的战略位置，但曾被宣判为“死亡水域”的“郑和水道”是否能通航。在研究中，江白被这片神秘的海域和20多年前在此献身的潜艇艇长东方翰海的所作所为以及他的丰富深邃的内心世界深深吸引。调研在不断地深入，江白不仅走近了东方翰海艇长，也接触到了两位东方艇长当年的战友，一位是某基地司令员秦矢，一位是现任总部某处处长焦同。

　　秦矢在20多年前与东方翰海同在一个潜艇支队，同是海军的优秀艇长，他们曾分别率艇为新中国开拓出数条重要的水下通道，建立了功勋。二十多年来，秦矢一直痛悔当年自己没有力争探索“郑和水道”这项危险的任务，而使东方瀚海不幸遇难。因此，秦矢和曾是老潜艇的焦同都决心要完成东方未竞的事业，再闯“死亡水域”，打通“郑和水道”。

　　江白从他们身上更加清楚地看到了老一代海军军人那可贵的精神品质。在秦矢和焦同的鼓励和帮助下，江白运用所掌握的高科技电脑知识和手段，突破了研究中的许多难点，同时，也进一步了解到了东方瀚海曲折动人的感情生活。

　　东方瀚海的爱人康婉若在东方遇难后生下了遗腹女白雪，自己也因悲痛过度而撒手人寰。由于历史原因，失去父母的白雪被认定是私生女，不能得到社会的承认，一直寄养在东方的另一个战友施连志名下，秦矢也一直默默地照料着烈士的女儿。为了保护东方瀚海和孤女白雪名誉，秦矢和施连志都严守着这个秘密，不但白雪对自己的身世一无所知，就连秦矢的妻子海砚岚也毫不知情。

　　20多年前，在音乐学院学钢琴的海砚岚不得不遵从父亲的要求，在东方和秦矢这两位出色的海军军官的追求中作出了爱情的选择，但她内心一直负疚于深爱自己的东方，在与秦矢结婚后她将自己的好友康婉若介绍给了东方。在研究小组的对东方遇难真相的重新调查中，砚岚意外的知道东方瀚海和康婉若还有个女儿的事，她误解了秦矢的一片苦心，严厉地责备丈夫不该对自己隐瞒，使自己丧失了为老朋友尽力的机会。当砚岚弹奏起当年为纪念东方瀚海而创作的钢琴曲《波涛汹涌》时，秦矢也感到了情感的折磨。

　　在互联网上，江白结识了海洋学院的秦矢和海砚兰的女儿、海洋学院的研究生海悦。海悦是一位与众不同的姑娘，她对海军历史的了解和对海军的知识掌握使江白惊叹不已，从她那里，江白所需要海洋资料得到了很大的帮助。江白和海悦自然地由吸引到相爱了。然而，当江白知道海悦就是司令员秦矢的女儿，自己的分配和人事关系都受到这层关系的影响时，有着强烈自尊心的他陷入了十分的苦恼。

　　在这期间，江白与白雪在潜艇学院于外语专科学院联欢会上相识，情窦初开的白雪非常喜欢上了江白，这使了解白雪身世的海悦非常痛苦，在一次酒醉之后，不慎将白雪身世的秘密透露给了唯利是图的小报主编黄平，黄平为了赚钱，抓住此事在小报上大作文章，搅乱了白雪本来幸福、平静的生活，也使江白与海悦频频发生了感情和理智的冲突。

　　白雪无法接受养育自己的施连志夫妻竟然不是自己亲生父母的事实，更为了躲避社会舆论的伤害，准备离家南下，另闯生活，海悦赶到机场向她道歉，并竭力劝阻白雪不要离开父母，但是白雪以为海悦是出于女人的嫉妒，才有意向黄平透露自己身世的，她斥骂了海悦后，登上去南方的飞机。

　　江白在毕业分配时放弃了别人所羡慕的安排，而选择去遥远艰苦的南方琼海某潜艇支队。一来是为了继续对“郑和水道”的研究，并希望自己能够亲身参与再次探索“郑和水道”；二来，也为了避开海悦和她的家庭影响，证明自己的自尊和奋斗实力。秦矢非常赞赏江白的举动，砚岚却为女儿未来的幸福捏了一把汗。海悦既欣赏江白的举动，但又为与江白天各一方所痛苦。

　　江白被分配到东方艇长的后继艇4908艇上任代理航海长。艇长崔东山是一个在工作中不求有功但求无过的平庸军官，当他了解了江白的抱负和海悦的关系后，便警告江白不要想入非非去打郑和水道的主意，以免作东方翰海第二，江白不同意崔东山对东方翰海的评价，对他甘居平庸的生活态度也不以为然，这样，在训练和生活中都与他发生了必然的矛盾冲突。

　　海军为了尽快打通“郑和水道”，以有效的保卫郑和外海我国的油气井的安全，将熟悉琼海情况的秦矢调到琼海基地。上任伊始，秦矢便针对打通“郑和水道”的战术目的，狠抓部队的训练和军事素质。江白在训练中不负众望，表现突出，焦同也来到琼海基地，为重新探测郑和水道积极作各项准备。

　　白雪来到琼海，探望了东方瀚海和康婉若的坟墓，但由于黄平那张对事实夸张变形的小报白雪对自己亲生父母怀有深深的误解。为了生存，白雪四处求职，被南下开公司的黄平录用。黄平为了与外商的生意，欲出卖白雪。江白在紧要关头救出白雪，与黄平发生了激烈的冲突。黄平跑到潜艇支队诬陷江白。白雪为替江白求情，谎称自己是江白的未婚妻，这使得专门来琼海探望江白的海悦陷入十分矛盾、痛快的旋涡。艇长崔东山在调查了解尚不翔实的情况下，便向上级报告，江白被调离潜艇到后勤仓库任职。江白申诉未果，十分颓丧。

　　海悦找到父亲，说明江白救的女孩子就是东方翰海的女儿，焦同也来到仓库鼓励江白重新振作，在秦矢的主持下，为江白洗清罪名，他重新回到了潜艇。崔东山被调到训练中心担任教员，焦同主动请缨从总部机关调到9090艇担任艇长。为探索再次“郑和水道”作着各项周密的的研究、准备工作。

　　得知白雪在琼海的困难处境，砚岚专程来到在已在歌舞厅唱歌的白雪身边，看到东方翰海的女儿――白雪简陋的生活状况，她十分伤感。秦矢欲在基地俱乐部为白雪安排工作，但白雪不愿成为被人家可怜的角色，拒绝了。赶到琼海的施连志，看到女儿在歌厅演出台上与顾客打情骂俏，气愤的打了白雪一个耳光。他把白雪带到东方翰海的墓前，痛诉自己与东方翰海的感情，这才深深的打动了白雪。

　　两年后，江白终于成为一名合格潜艇艇长，“郑和水道”的探索也即将进行，年逾花甲的秦矢向海军首长请求自己亲自随艇前往，但没有得到批准。9090艇出发那天，砚岚向丈夫诉说当年东方翰海出海去征服“郑和水道”失败后的心情和今天女儿的恋人江白又率艇再次去征服“郑和水道”的担心。

　　江白在秦矢的指挥下，运用高科技手段，与焦同一起率艇进入“郑和水道”，当潜艇穿越东方瀚海牺牲的“死亡水域”——海中断崖时，他们仿佛看到了东方的英灵在波涛汹涌的大洋深处微笑，郑和水道终于被打通，我国的潜艇终于可以在不受任何外军干扰的迅速进入郑和外海，耸立在郑和外海的中国油气井架上的中国工人们向9090艇官兵欢呼招手，望着这一切，江白、焦同笑了。秦矢笑了，因为，两代中国海军军人的夙愿终于实现了！