 探员丹娜-斯嘉丽(Dana Scully)
特别探员丹娜-斯嘉丽不但是一个具备专业技能医学博士，同时也是一个认为在每一个X档案背后，都会有一个合理的科学解释的坚定的理性主义者。然而在X档案工作的过程中，她看到了许多无论科学或是逻辑都解释不通的事情，使她的信仰受到了考验，她渐渐开始相信外星生命存在的事实。
幕后黑手老烟鬼(Cancerman)
老烟鬼代表着在隐秘之处操纵国家的那一小撮人，许多改变历史的事情都与这群人有关(比如老烟鬼年轻时曾刺杀了肯尼迪总统)，他是莫德的主要对头之一，此人神秘莫测，没有名字，由于他手里永远夹着一支烟，于是人人都称他为老烟鬼，而过多的吸烟使他得了肺癌，后来他的名字就索性被叫成“癌人”了。
探员福克斯-莫德(Fox Mulder)
特别探员福克斯-莫德在牛津大学修完心理学后，被调查局雇用，在他职业生涯的最初，就倾向于调查超出常规的事情。在一次催眠过程中，他回忆到自己失踪多年的妹妹撒曼莎原来是在他们还是孩童的时候被一种未知的力量带走的，自此以后，他对于X档案中所隐藏真相的追寻着了迷，开始了全身心的调查工作。
局长助理斯坎勒(Skinner)
身为前海军陆战队队员的调查局局长助理沃尔特-斯坎勒具有很强的责任感，有时对莫德没完没了的古怪调查会失去一些耐心。他曾经不止一次警告莫德和斯嘉丽，称他们调查的范围已扩大到危险的程度。他也曾被迫关闭了X档案，但是后来在自己的职权范围以内又将其重开。
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