第一集 东方瑰宝
紫禁城，以其恢弘的宫殿建筑和绚丽的文物珍藏为世人瞩目，而坐落在紫禁城西侧的中国第一历史档案馆，却鲜为人知。它，保藏着明、清两朝一千余万件珍贵历史档案，其中有皇帝传位的绝密遗诏，有王公大臣办理政务所上的秘密奏章，有全长近千米的刑科题本；有历次科举考试的金榜，还有记录着二十多万皇室成员"尊贵DOUBLE_QUOTA
TION血统的皇族族谱……。举凡国家大政，宫闱秘事，均可于其中搜寻出蛛丝马迹，窥见历史的真貌。这些原始档案以其真实性、系统性而无愧"东方瑰宝"的美誉。每一件档案都承载着一段遥远的历史，述说着一个鲜活的故事。作为电视纪录片《清宫秘档》的开篇，本集在讲述下面24个被影视戏说搞得混沌迷离的热门历史话题之前，首先向广大观众讲述一下这些档案本身的故事，让观众感受这罕世奇珍的魅力。
第二集 一个想当和尚的皇帝
顺治十八年(1661)正月初七日，紫禁城内一片哀声，天花夺去了二十四岁的顺治皇帝福临年轻的生命。有人说，顺治皇帝其实并没有死，是因为爱妃董鄂妃的死而痛不欲生，了却尘缘出家当了和尚。并且传说他的儿子康熙皇帝在位时曾多次到山西五台山进香，实际是去探望父皇。至于董鄂妃是否即是江南名妓董小宛，顺治皇帝是否真的当了和尚，或者确曾剃度？本集将为你细说缘由。
第三集 太后下嫁之谜
孝庄皇太后是皇太极的妃子顺治皇帝的母亲，康熙皇帝的祖母，她一生侍奉夫君并辅佐儿孙两代幼主，定鼎安邦，而倍受皇室子孙的尊敬。但她死后却没能与丈夫合葬，甚至她的陵墓还被安排在埋葬着众多皇帝与后妃的陵区之外，给人以做了错事而被拒之门外的印象。这种奇特的陵址选择，加上她曾以皇太后之尊下嫁小叔子多尔衮的绯闻，而使她成为稗乘野史大肆渲染的风流人物。孝庄皇太后是否冤枉？本集与你一起探求个究竟。
第四集 康熙与西学
康熙大帝雄才伟略，平三藩、收台湾、定边陲，为世人称道。但对他潜心学习西洋各国的数学、地理、医学知识，并积极推广，用于治国实际所知者一定极少。当你面对一百多件他曾经使用过的教学仪器你会感叹不已；当你得知由他主持绘制的中国地图在当时领世界之先你会为之一振；而当你细心辨认由他计算后妃年龄算式的几张小纸片，你又会哑然一笑。或许还能引发你对于他为何没能如彼得大帝一样使国家步入近代社会的历史思考。
第五集 康熙--统一台湾
坚持抗清的郑成功，率兵赶走荷兰侵略者，收复台湾而成为百世流芳的民族英雄。而定鼎中原的清王朝为了实现国家统一，必须从意欲独立于国家版图之外的郑氏割据政权手里再次收取台湾。为此，大清和郑氏集团进行了几十年的斗争。雄才大略的康熙皇帝始而招抚，招抚不成而征剿。剿抚之下，终于实现了国家的统一。而康熙帝不以胜者自骄，下令厚葬郑成功父子并盛赞郑氏一家为"海外孤忠"。本集可以使你抛开历史剧的演义，了解康熙统一台湾的真实过程和主要人物的历史作用。
