故事开始于圆明园。深夜，一宫女在一太医掩护下，偷袭了雍正的寝宫……
雍正暴死，人头丢了。下葬时用一颗金头代替。
乾隆继位，立即多方秘密追查刺杀雍正之人。几番搜查之后，雍正时期文字狱的最大冤主吕留良家族的唯一活口吕四娘被认为正是割走雍正人头之人。(吕四娘从文字狱案逃脱
后被江湖上大名鼎鼎的独臂神尼收为徒弟习武，长大后本事甚为了得。)乾隆严命“雍正无头案”不得走漏半点风声，并秘命内廷四大侍卫南下追捕吕四娘。其中领头者为一等侍卫伊尔根。
吕四娘其时正和太医曹太虚奔走在南方的某个小城里，行医卖艺。雍正晚年崇尚金石之术时，曹太虚原是皇上身边的方士之一。
乾隆对此案志在必得，又派特使快马加鞭传旨到南少林，要南少林派人暗中密查吕四娘和曹太虚下落，追回雍正的人头。特使找到南少林的老主持玄通大师，将皇上御赐的龙牌交与他，凭龙牌行事，不得有误。
此时南少林寺内正在热火朝天准备一次三十六房主持的竞选，这次竞选意义非同一般：谁当上三十六房主持，就成为南少林武功第一，也就是半个中国武功第一。寺内上下都明白最有实力者非方世玉与云明二人莫属。
特使提议谁最后成为胜出者，谁就可持龙牌抓人。但玄通明白按照比武规则，世玉和云明进入最终对决必有一死一伤，而且也延误圣命。玄通断然宣布，二人比试南拳七十二式点到为止，谁胜出谁就能凭着龙牌去执行朝廷交给的任务。云明自知武功稍逊世玉，本想在最后的比试中做手脚陷害世玉，以夺得主持之位。面临突然的变动，他顺水推舟，干脆在比试中败在世玉手下。他更想趁此机会，在世玉追查吕四娘行踪的途中杀死世玉，并栽赃给吕四娘。这样他可稳当坐上三十六房主持之位。
方世玉邀请两位老朋友——“江湖老千”卓灵和“神偷”赵大宏(在第一部中本说到大宏已死，但世玉等人发现棺木里是空的，大宏死而复生。疑是三德和尚营救了大宏)一起踏上征程。世玉的恩师、三十六房的创始人三德和尚早已被逐出南少林，得知世玉接受朝廷指派任务出行的消息后，悄悄跟随世玉一行，暗中相助。
泉州知府温荣玉绰号“玉老虎”，与云明勾结，欲在途中加害方世玉。原来他与云明都知晓世玉身上的一个秘密，那便是刺在他背上的一张“藏宝图”。明朝正德年间，倭寇在南少林寺后山埋下了一批珍宝，价值连城。悉知此事的三德和尚将藏宝的地图刻在世玉的后背上，没有留下任何副本。所以杀了世玉，云明可得主持之位，玉老虎可拿着人皮地图起获珍宝。一举两得的事情，唯有联手胜算最大！
云明和玉老虎想从世玉身边的亲密朋友下手，于是设计欲买通卓灵和赵大宏。卓灵和赵大宏知道了宝藏图，却瞒着对此事不知内情的世玉，打起了自己的算盘：好东西干吗不自己留着？
另一方面，三德和尚此次跟随世玉的主要目的也是为了保护宝藏图不落人他人之手——其实他并非真正被逐出少林，而是由玄通大师暗中安排在寺外接应南少林，并保护这批珍宝。
世玉一路乔装打扮，和卓灵、赵大宏寻访吕四娘下落，终于在三德的暗中帮助下发现了吕四娘和曹太虚的行踪。吕四娘与世玉几次交手，被世玉的盖世气质所征服，芳心萌动。世玉也对吕四娘有好感，并和卓灵分析吕四娘可能是被人陷害。卓灵见世玉偏袒女杀手，大为吃醋。
几乎是同时，伊尔根领头的四大侍卫也找到吕四娘的所在。他惊讶发现南少林弟子也搅和在此事中，并发现世玉手中有皇上御赐的龙牌，令他无法下手。此际，他也才明白原来皇上早就留着一手：让他们四大侍卫和南少林和尚一明一暗，追查人头，殊路同归。因此，伊尔根怕世玉抢他的头功，他要在追捕吕四娘途中还想同时杀死世玉，独揽此功。但他万万想不到，行将方世玉灭口之际，吕四娘在关键时刻救了世玉一命。
云明和玉老虎一伙也追踪宝藏图至此。赵大宏和卓灵与云明和玉老虎斗智斗勇，其目的保护世玉的同时也隐瞒着他们两人对那些珍宝的野心，所以也累也麻烦也快乐，神偷赵大宏差点被云明陷害，中毒后昏迷不醒，卓灵为救大宏更被云明推下悬崖。(是失踪了，也许还活着……)
四方纠葛时，干隆首次南巡来到海宁。他正是为着雍正无头案而来。他清楚吕四娘的能耐，为了更快解决这个案子，他分别召见世玉和伊尔根，下重赏，答应谁要是完成任务，就会得到黄金万两和世袭四品官职。
吕四娘和曹太虚也赶到海宁，行刺干隆，终因干隆也武功高强而未能成功。曹太虚牺牲，吕四娘负伤而逃。世玉也暗中掩护了吕四娘，阻挡了追杀的侍卫。世玉又为四娘疗伤，还上了那次四娘救他一命的人情。
这件事情很快被敏锐的伊尔根发现，报告皇上。干隆大怒，立命闽浙总督全力抓捕二人。
世玉只好撇下自己的好朋友，与吕四娘一起出逃。在出逃过程中，吕四娘对世玉说出了自己刺杀雍正的前因后果。世玉要她考虑江山社稷和平、百姓安宁稳定的重要，劝她自首。吕四娘不听世玉劝告，两人矛盾顿生，边吵架边闹别扭边逃跑。
在共患难的途中，吕四娘不可救药地爱上了世玉……
最后四娘声明只是为了世玉的安危才去朝廷投案自首。但被乾隆收押以后，吕四娘却得知皇上并没有信守诺言放过世玉，反而也将世玉押入大牢。吕四娘怒不可遏，越狱逃出并劫狱救出世玉，两人约定一起去广东。
乾隆对此十分恼怒，找上南少林兴师问罪，若不能在限定时日内抓回两人，便要取玄通大师的首级。屡次扑空杀不了世玉的云明逮此机会，索性将玄通囚禁起来，自命为南少林主持，并将玄通交给皇上。皇上没想到会南少林会出此内杠，怀疑云明的所作所为。在玄通的一番解释点拨下，乾隆弄清楚了事情的来龙去脉。他下令恢复了玄通的主持位置，但仍表示如果这个案子不结，不抓到世玉四娘二人，就要灭了南少林！云明仓皇出逃，更歇斯底里地去找世玉拼命，三德和尚在保护世玉中被云明的暗器毒伤，命不过三天。云明被救人心急的吕四娘就地解决，一命呜呼。
三德临终前将所有的秘密和阴谋对世玉和盘托出，伤心失落的世玉遵照师傅的遗嘱，让吕四娘将宝藏图绘下，通过玄通大师献给皇上，保住南少林。同时交给玄通大师一封信，说明自己要永远离开南少林，和吕四娘一起去广东山林海畔生活。
