第十六集
老吉一行被太后宣召进宫，正赶上两宫太后在戏楼看戏。慈安对慈禧召土郎中老吉进京颇为不解，她从骨子里看不起这个乡下土郎中。慈禧决定当场考考老吉。她先让老吉对一副用九味中草药药名串成的长联，老吉对得十分工整，慈禧暗中叹服。慈禧又让老吉为自己和慈安悬丝诊脉。慈安让七格格替她躺入帐中，老吉摸着摸着，竟虚脱晕倒。原来，老吉在
诊脉时发现了喜脉，他惊恐难言，只好耍了个花招。这件事引得慈安一阵嘲笑。顺亲王却从中看出破绽，把老吉接到府上了解情况，老吉不敢直言，恳求顺亲王放他回岭南，顺亲王没有答应。
第十七集
七格格陪慈禧在园中散步，慈禧想把七格格许给顺亲王的四贝勒，七格格却喜欢京剧武生杨小云。慈禧发现七格格有反胃呕吐症状，宣老吉进宫为七格格诊脉，老吉再次被吓个半死，原来七格格也是喜脉。
赖红姑替老吉去给七格格送药，从七格格嘴里得知，她那天为慈安当替身的事，老吉这才弄明白，原来怀孕的只是七格格一人。七格格恳请老吉救她，否则，就一死了之。老吉给七格格开一服打胎药，也请七格格在太后面前说情话，放他们回岭南。
慈禧考虑到慈安对老吉的反感，决定放老吉回去，临走前让老吉开一些养颜美容的药方，赖红姑利用这个机会，写了一张特殊的“药方”，引发了慈禧的兴趣。
慈禧宣老吉、赖红姑进见。老吉不知何故，赖红姑却十分坦然，当着慈禧的面对那张特殊的药方侃侃而谈，慈禧对赖红姑十分喜欢，故而决定把老吉等人重新留下。老吉责怪赖红姑害了他。
第十八集
慈安太后突然病了，且病势越来越重，请了几拨太医医治，均不见效。慈禧宣老吉为慈安看病，老吉开出一张虎狼药方，太医院的人不敢依方抓药，擅自减了药量，结果，慈安的病非旦没有好转，反而危在旦夕。老吉因此被绑，就在准备行刑时，赖红姑闯入宫中，弄清了事情真相，救了老吉。慈安因殆误时机，已病入膏肓。老吉提出，要救慈安，必须用“凤脂”做药引子，所谓“凤脂”便是西太后慈禧的血，慈禧慨然允之。慈安转危为安，了解详情后十分感动，当着慈禧的面，烧毁了先帝留下的秘诏。
两宫太后决定褒奖老吉救驾之功，老吉提出，既不要官，也不要钱，只求太后准许他回岭南，两宫太后驳回了他的请求。老吉被御封为太医院院长，官至五品。两宫太后同时赐与红姑一枚进宫腰牌，可随时到后宫行走。
第十九集
老吉半夜穿上官服起来臭美，被赖红姑看到，奚落一番。老吉到太医院去上班，和那些照本宣科的老夫子太医格格不入。
贺天章听说老吉在京城当了官，千里迢迢从岭南赶来，希望借助老吉的外力发大财。老吉在请贺天章吃饭时，偶遇李莲英。善于投机钻营的贺天章靠吹牛拍马，送礼行贿等手段，讨得李公公欢喜。
贺天章仗着李公公的关系，盘下了专门为太医院供药的“济世堂”大药房，更名为“济生堂”，并举行了隆重的揭幕仪式。
第二十集
老吉街上邂逅刘洪，刘洪开始说老吉认错了人，以后又遮遮掩掩，似有难言之隐。刘洪暗示老吉当晚后海湖边说话，老吉如期而至，刘洪已被人灭口。
顺亲王再次安排杨小云所有的戏班子进宫为两宫太后唱堂会。戏演了一半，扮做戏子的杀手突然向慈禧射出毒箭，幸亏杨小云及时用枪挑开，避免了一场血案。
慈禧震怒之极，传旨将凶手五马分尸，赖红姑由此看到了慈禧凶残的一面。赖红姑由此断定，当年下旨杀她父亲的就是慈禧。一时千仇万恨涌上心头，正当她准备用暗器袭击慈禧时，被老吉制止。
戏班子所有的人都因谋杀之事被打入死牢。戏班班主屈打成招，承认杀手是九门提督派来的，九门提督因此被斩首，换上了顺亲王的人。顺亲王也准备送杨小云上西天。。
老吉怕赖红姑惹出杀身之祸，用迷药将她麻倒。
杨小云临刑前，被李莲英拿着慈禧的懿旨救下，杨小云感激慈禧救命之恩，愿为慈禧收集顺亲王篡权谋反的证据。
老吉被顺亲王宣进府里看病，孔笙发现了被老吉绑起来的赖红姑，以为老吉非礼赖红姑，由此对师傅心生蔑视。
