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第十六集
与此同时，樊于期和王贲也在寻问云兮，知道了部分关于废城城内的情况。樊于期想
到可以通过挖隧道潜入城中的办法。王贲提出杀了云兮，被樊于期制止，他认为杀人越多，越容易激起被征服臣民的反抗。
魏兵和秦兵不约而同地向对方阵地挖着隧道。魏兵为了尽早救云兮，挖得格外卖劲。重伤的曹虎终于不治而亡。另一边在秦军大营的云兮正在忙着帮秦军大夫医治伤员。樊于期看在眼里，想挽留云兮做秦国的随军大夫，云兮说虽然可以为秦军的伤员疗伤，但她终究现在是魏军的随军大夫，还是要坚持尽快回去为魏兵伤员治病。
昊月将军来找荆轲商量，希望他能刺杀樊于期，来挽回全城乃至整个魏国被侵占的命运。高渐离也同意刺杀樊于期的主意，因为无论对荆轲还是樊于期，都没有更多的选择。荆轲一直在犹豫，最终决定，朋友之义虽大，大不过天下苍生，他要去刺杀樊于期。
黑夜，荆轲带领若干魏兵穿过隧道，来到秦军大营。昊月将军也在废城中整装待发，准备趁秦军混乱一举击溃秦军。此时的秦军大营中，樊于期也布置天罗地网，准备攻城。前来偷取粮食和救云兮的魏兵都没有成功，回去的隧道也被封堵。昊月将军准备趁乱进攻秦军，不料却被樊于期反包围。樊于期劝昊月将军投降，归顺大秦，昊月将军毫不妥协，准备以战死报效国家。就在魏军将要大势已去的时刻，荆轲的剑却架在了樊于期的脖子上……
两军阵前，荆轲用剑逼迫樊于期放了昊月将军。昊月将军希望荆轲立即杀了樊于期，王贲则威胁要屠杀所有魏国将士和百姓。荆轲终于没有忍心杀了樊于期，而是要求和樊于期谈谈。魏、秦双方各自将军队后撤。
在樊于期的帐篷内，荆轲愤怒地质问樊于期为什么为秦国卖命。樊于期告诉他，只有通过协助秦国统一，才能尽快结束征战和杀戮，而在此期间他所能做的就是尽量减少在战争中的军民伤亡，这些是刺客无法解决的社会问题。樊于期理智地告诉荆轲，两个人都没有变，还是儿时质朴的期和庆。荆轲无言以对，要求樊于期放回云兮，而后自己离开。期答应了他的要求，并告诉他永远是他的朋友。
云兮回到了荆轲身边。昊月将军带队向城内退去。王贲率秦兵又围住了荆轲，欲杀之而后快。樊于期出现，命令秦兵放走了荆轲。废城中高渐离和云兮都理解荆轲不杀樊于期，而秦军中王贲却对樊于期不杀荆轲大为不满。
秦军挖通了隧道，奸细偷入城中，刺杀平民，并在所有井中投毒。昊月将军下令严查刺客。王贲继续质问樊于期为什么只诱惑魏兵投降，而不是毒死魏兵或者攻进城内。樊于期说为了保留完整的废城给秦国，而不是死城。况且他坚信城内的人马上就会崩溃了。
果然，没有药，没有水，废城内到处弥漫着死亡的气息。荆轲和高渐离想出可以通过隧道引出护城河的水。水的问题解决了，昊月将军马上又面临着另一个严重问题：粮食彻底没有了，战马也吃光了。城内的百姓啃树皮，吃老鼠，甚至为了一点点粮食互相砍杀。昊月将军无奈之下杀了几个为粮食而杀人的百姓。高渐离规劝昊月将军弃城以保全百姓，昊月将军担心即使投降，秦军还是不会放过魏国的百姓。
秦国的奸细四处传播樊于期将军会优待俘虏，善待投诚的魏兵，使得一些魏兵联合起来出城投降。城墙上守卫的魏兵准备射杀叛逃者，被昊月将军拦住，他默默地放任魏兵逃生了。
第十七集
樊于期果然善待叛逃的魏兵，引起王贲的愤慨。但是拥护樊于期的秦将占多数，使他不得不听从樊于期的决定。
昊月将军终于明白废城保不住了。他请求荆轲带着剩余有希望逃生的士兵和百姓离开，使得樊于期给他们一条生路，自己则留下来坚持到最后一刻，希望魏国能有一点奇迹。一些百姓不走，荆轲强迫他们走；一些士兵不走，昊月将军命令他们走；云兮坚决不走，荆轲说，我早就想好了，你在哪儿，我就会在哪儿。
昊月将军和云兮为全城的百姓送行，为了大义而留下来的高渐离也在城楼上弹奏音乐。荆轲终于带着百姓走出了城门投奔樊于期，却骇然发现，秦兵的弓箭已经对准了没有武器的百姓……
城门口，王贲指挥秦军正准备射杀荆轲以及涌出来的百姓和士兵，樊于期及时赶到，当他清楚这些都是放弃战争的魏国人以后，毅然坚持放他们一条生路。逃难的人渐渐远去，荆轲回头看见了云兮，两人激动地拥抱在一起。
瞒着樊于期，王贲还是自己带人去追杀逃难的魏国人，等到樊于期赶来的时候，已经没有一个活口，樊于期异常愤怒，亲手拿下了王贲。此时王翦派人送来简报，告知赵国已经在控制之中，另外李牧将军中了反间计，被赵国人自己杀死了。樊于期回想起义父李牧的往事，悲痛万分。
昊月将军向云兮、高渐离、荆轲送别，相互都为结识为友而感到欣慰。高渐离、荆轲都决定留下来为自己、为正义而战。李斯赶到前线督军，责问樊于期为什么放走荆轲和魏兵。李斯决定撤销樊于期的兵权，由王贲全权指挥攻打废城。
云兮发现秦军从地道进入城里，急忙告知昊月将军。昊月将军带领魏兵和荆轲感到地道口，与秦兵展开厮杀。此时大队秦兵从正面攻城，荆轲请命自己对付地道口的秦兵，让昊月将军到正面守城。昊月将军一到，城门口的魏兵立刻精神大振，顽强地抵抗秦兵的轮番攻击。荆轲与偷袭的秦兵展开血战，最后采用火攻，全部消灭了地道口的秦兵。荆轲赶到城楼，与高渐离、云兮一起协助昊月将军，终于将王贲的秦军击退！但他们都明白，后面还有更激烈的战斗。
王贲和李斯为废城久攻不下和秦兵的伤亡惨重深感不安。樊于期为了不让更多的秦兵阵亡，毅然请命率军，承诺用三天时间拿下废城，并且减少伤亡。李斯同意了樊于期的请求，并告诫樊于期如果失约，军法处置。
废城内，云兮用各种办法鼓舞、安慰着受伤的魏兵。昊月将军甚至在火线为一位将领主办了婚礼。
第十八集
废城外，秦军呐喊而上，魏军射箭还击，却发现秦兵只是佯攻，自己浪费了好多箭，却根本无法消灭秦兵。随后的整整一天，樊于期分派若干小部队，轮番对废城的东南西北四个城门展开佯攻，使城头上的魏军疲于奔跑，空自射箭，秦军没有一人阵亡，却使魏军守卫将士筋疲力尽。王贲被樊于期的战术彻底折服。夜里，樊于期继续布置迷惑战术，不用秦兵攻城，也使魏兵无法休息。昊月将军对此也无可奈何。云兮、荆轲及众将士都强打精神，准备随时战斗。
第二天，秦军继续在樊于期布置下采取似攻非攻战术，几次攻上城头，斩杀魏兵，遇到昊月将军的增援就及时撤退，使得魏军无法集中兵力与秦军正面作战。轮番进攻下来，秦兵伤亡极少，却使魏兵损失惨重，一些士兵甚至被这种疲劳战术逼疯。昊月将军对此已经无能为力。李斯告诫着樊于期三天的期限就要到了，樊于期胸有成竹，不以为然。王贲此时已经与樊于期尽释前嫌，他善意地提醒樊于期以后要提防李斯，以免被陷害。
昊月将军彻底绝望了，他劝荆轲赶紧带着云兮离开废城。而此时云兮关心的是能否真的可以帮助士兵把家信带出去。荆轲帮助云兮，用一个个灯笼把士兵的家信升上天空，用天灯寄托着一个个希望。荆轲和云兮依偎在一起，谈论着星星，谈论着和平，谈论着未来，谈论着希望，却一直没有敢说出“爱”字，因为谁都不知道能否逃过这一劫。荆轲又为云兮做了一只竹蜻蜓。
樊于期亲自领兵来到城下，对魏兵最后一次劝降。高渐离听说赵国已经战败，明白燕国危在旦夕，决定回到燕国，与国土共存亡。樊于期放走了高渐离，下令秦军准备开始对废城轮番攻击……
第三天清晨，大批秦军直扑废城，面对已经疲惫不堪的魏兵，势如破竹。魏兵不堪一击。昊月将军、荆轲等人竭尽全力与秦军厮杀。激战中，荆轲和樊于期都看见了对方，两人都停了下来，隔着千军万马，面对面站着，读懂了对方的心意。
昊月将军终于战死沙场，剩下的魏兵有的乱成一团，有的自杀成仁。荆轲急忙找寻着云兮，却亲眼看见云兮死在秦兵箭下，荆轲杀开血路冲向云兮，云兮手拿着竹蜻蜓，死在荆轲的怀中。
秦军入城，李斯下令烧掉儒家的书籍，不允许以文乱法的事情在秦国发生。樊于期下令不准杀戮魏国俘虏，又命令士兵放走了怀抱云兮尸体的荆轲。在李斯安排的庆功宴上，樊于期认为应该一鼓作气攻下魏国国都大梁，其余将士也积极赞同，李斯却坚持要回咸阳请示秦王，等候秦王的旨意再做决定。
清晨的山坡，悲痛欲绝的荆轲掩埋了云兮，还有荆轲的长剑。荆轲决心从此放弃剑，也放弃刺客的身份，他现在唯一希望的，就是尽快找到田光，脱离他的杀手组织，做一个真正的人……
秦王宫内，嬴政面无表情地听着李斯督军回来后的汇报。为了扰乱樊于期的作战计划，从而缩小樊于期的军功，李斯竭力地主张嬴政先灭韩国，再灭魏国。此时吕不韦觐见，当面揭穿了李斯的真实想法，并力主一鼓作气消灭魏国。嬴政面对吕不韦的咄咄逼人，坚决否定了吕不韦的建议，进而暗示吕不韦辞官。
第十九集
吕不韦终于明白自己应该告老还乡了，临行前仍再次寄语嬴政以仁治国。嬴政冷冷地告诉李斯，先消灭谁并不重要，重要的是谁才是真正的决策者。
战场上，樊于期接到命令，无可奈何地自己领兵攻打韩国去了。
吕不韦离开咸阳，众大臣前来送行，李斯也前来探听消息。李斯向嬴政禀告吕不韦在朝廷中的势力仍在，并以嬴政的血统传言来刺激嬴政，终于促使嬴政下决心将吕不韦赐死。吕府中的吕不韦面对御赐毒酒，在绝望中引鸩而亡。远在秦宫中的嬴政，抑止不住的悲伤之后，更加孤独，更加冷酷……
樊于期消灭了韩国，咸阳城内的百姓热烈欢迎凯旋归来的将士。蒙武的女儿蒙嫣带者丫鬟海棠也出现在欢迎队伍中，因为人多没见到樊于期，却对这个凯旋的将军产生了好奇。
嬴政对樊于期的灭韩战功甚为满意，嘉奖了樊于期。期趁机请求嬴政释放战俘，嬴政终于同意宽恕韩国战俘，对魏国等战俘却仍不赦免。
在凯旋庆功宴上，嬴政特地请来了被秦国软禁七年的燕国太子——丹。对于太子丹的洁身自好，嬴政察觉出他卧薪尝胆的决心，虽不以为然，却仍用韩王的头颅警告太子丹要识时务。
太子丹回驿站的时候，留意到住在近邻的妓女水依依。太子丹曾试图通过燕国人传递消息给燕王，但由于新来的管家严密监视，一直没有无法成功。
嬴政还是暗地指使李斯毒死了韩国俘虏，令樊于期十分愤怒和悲痛。此时将军蒙武请樊于期过府谈话，欲将女儿蒙嫣许配给他。樊于期表示国事未定，暂不论婚假。海棠将消息告诉了蒙嫣，蒙嫣知道缘由后又喜又怒，决定亲自探问樊于期是否会真的喜欢她。
第二十集
丹和依依终于相识，两人更通过琴韵产生了情感。丹告诉了依依关于自己的真实身分，并趁机恳求依依帮助自己捎信出去，请燕王想办法就自己回到燕国抗秦……
燕国请求田光的“天灭”组织帮助拯救太子丹出咸阳。田光为了促进抗秦联盟的形成，决定带儿子田猛去秦国救人，甚至决定为此牺牲儿子的生命。太子丹得到消息异常兴奋，依依却感到失落，她指出丹向自己示好只不过是在利用自己。依依的智慧和冷静，让太子丹突然感到自己是真正爱上她了，并下决心要娶她为王妃。
荆轲终于找到田光。他告诉田光自己决定放弃刺客这个职业。田光表示不会勉强荆轲，但是希望荆轲能帮助完成最后一个任务，不是杀人，而是救人，救燕太子丹。荆轲答应了。田光偷偷找到太子丹，告诉他这次营救的计划。太子丹又找到依依，让她做好和自己一起回燕国的准备。
荆轲来到采石场鼓动矿工暴动，冲向咸阳城内，引起城内守军的一片恐慌。太子丹趁乱摆脱管家独自返回驿站，约上依依跟随田光逃出驿站。而田猛打扮成太子丹的模样留在驿站蒙蔽看管这里的管家和秦军。驿站按计划被“暴民”烧毁，假扮太子丹的田猛也被烧死，以图造成太子丹已死的景象。
蒙嫣在家耐不住寂寞，终于趁着蒙武带兵围剿暴民的时候跑出来看热闹，被暴民遇上，险遭凌辱，幸而此时樊于期带兵前来把蒙嫣救出。蒙嫣终于初遇樊于期，对他一见钟情。
嬴政下令处斩所有暴民，李斯认为太子丹也许没有死，而是逃跑了。于是嬴政密令樊于期封锁边境，捉拿太子丹或者捉拿烧死太子丹的凶手。
