第67–72集
许浚治好信成君身体里的脓疮，宣祖将许浚的官职提升到正三品堂上官，道知心中因此耿耿于怀。此时倭寇侵犯，釜山沦陷，朝廷大臣们为是否要逃难发生争
执。有大臣以宣祖病重，而国中不能没有大王为由，提议将光海君册封为世子。仁嫔对此一口拒绝，大臣们威胁说宣祖大王也许可以躲过战乱，但世子却很难摆脱战乱的所带来得影响，因此应将活命放在第一位。大臣们劝仁嫔说世子是趁战乱匆忙册封的，根本就没有时间经过大明国的同意，因此应该退让一步为以后着想。 朝廷终于决定丢下京城避难，许浚主张应该将宫中的珍贵医书和疾病备忘录也带走。因为是避难，朝中没有一个人愿意将沉重的医书带出宫外…
许浚在回家的路上被愤怒的百姓拦截。百姓将对不顾国家安危的大王和贵族们的愤怒，发泄在许浚身上。万景大声指责百姓，认不出一心一意为大家治病的许浚。此时，谦儿则赶往宫中寻找父亲，路上获悉宫中上下因为避难而逃到汉阳的消息，只好回家。谦儿对不顾家庭的父亲充满怨恨。等许浚赶到家中时，家人已经全都逃离，房间里却摆着冒着热气的饭菜。许浚在饭桌旁边发现了多喜留下的一张纸条，上面写着已经得知许浚已经跟随御驾逃离的消息，劝许浚不必为家人担忧，希望日后一家人能团聚。宣祖、仁嫔、光海君等人在天寿和其它官员的护卫下乘船逃离，百姓们看见这一情形个个都充满埋怨和愤怒。等到大王和大臣们的船渡过了河，天寿以担心倭寇也会渡江为由，将船只全部烧毁。岸边的百姓对此愤怒不已，一时之间，愤怒和恐惧笼罩全城…
谦儿和多喜经历千辛万苦来平壤城寻找许浚，被柳道知看见。柳道知告诉多喜，许浚自从背着内医院的医书，跟御驾离去后一直没有消息。多喜和谦儿回去之后，许浚一行背着医书来到平壤，杨礼寿对许浚说没有人会理解他的执着。仁嫔等人指责许浚，将医书看得比大王的龙体还重要，并说许浚是因为害怕所以才逃跑的。只有光海君对许浚的生还表示庆幸，并劝许浚赶紧去打听家人的下落。许浚找寻家人来到城外难民区，发现了正在吃手抓饭的衣衫褴褛的多喜和孙氏。谦儿露出埋怨的表情、躲避父亲许浚，多喜和孙氏对此大感惊讶，而许浚的心里也是很不好受。谦儿指责说，家里人在最艰苦的时候也是为父亲担忧，父亲却没有将家人的安危放在心里，只想着医术，一次都没有想过母亲和奶奶所受的苦难。
信成君发高烧病倒，宣祖大王责问柳道知当时拍案保证信成君可以平安到达义州之事。宣祖表示信成君若是出现什幺不测，他决不会放过道知。尽管道知百般努力，信成君还是未能逃过死亡，仁嫔和宣祖悲痛万分，道知被捕入狱。宣祖病危，光海君命许浚速去义州查看宣祖的病情。许浚对谦儿充满歉意，自责自己未能尽到为父的义务。许浚来到义州，发现宣祖的病情严重恶化，而且用于汤药的药材也时所剩无几。睿珍得知这一事情，想出了应急措施，立即赶往木炭窑精炼木草液。宣祖的病情稍微有了些转机，许浚以自己在来义州的路上被倭寇伤到右手为由，提出建议让柳道知为宣祖做针疗。因为许浚，柳道知得以离开监狱，帮宣祖诊脉。
宣祖的病势有了好转，许浚得到宣祖赞赏，许浚却将功劳推给道知的针疗。宣祖欲以信成君之死问罪道知，因为许浚在旁再三恳求，决定不再追究道知的责任。从宣祖的殿中出来后，道知向许浚下跪言谢，请求他原谅自己以往所犯下的过错。许浚称因为自己的原因，道知和父亲才会断绝父子关系，而且自己还阻碍了道知的仕途。许浚扶起道知，并提议两人都忘掉以往的一切，重新成为好朋友。吾根和睿珍为两人的重归于好而喜出望外。有了李舜臣、权栗和各地的义兵运动，叛乱终于被压，许浚更加专心于医书的编撰。战乱后遗症慢慢得到解决，宣祖大王奖赏再战乱中立下功劳的大臣。许浚被封为属于政丞官品的正一品保国崇禄大夫。反对派想通过撤掉对许浚的奖赏彻底颠覆这次的封赏，开始调查许浚的过去。
