中国五千年历史长河里，每次改朝换代，都是历史最震撼的时刻。开国帝王的故事往往流传千古，亡国之君的故事往往遗恨万年。而本片故事里，却同时具有一位亡国之君，两位开国帝王……
明朝天启末年，朝廷暗藏着一场宫变，天启皇帝病危待亡，却无子嗣继位，唯一的骨肉便是皇弟朱由检。大内总管魏中贤阴谋用宫女的婴儿冒充太子承继大统，以保住阉党的
荣华富贵。不料，那宫女却生下一个女婴。这时，已被驱逐出京的朱由检突被锦衣卫捕回宫中，他以为自己将被殉葬，万没料到竟在龙榻前继位，成为崇祯皇帝。而那宫女带着初生的女婴侥幸逃至扬州，起名陈圆圆。
陈圆圆一日当中被卖了三次，落入妓院学艺。长成后，竟然成了名满天下的歌妓。
崇祯即位后，立志中兴大明。然而朝廷始终内忧与外患。内忧是全国饥民过半，中原一带以高迎祥、李自成为首的义军蜂起；外患是关外的大清八旗军雄兵压境，皇太极登基开国虎视关内。崇祯始终处于巨大的危机中，苦心竭虑地试图挽救危亡的帝国。
陈圆圆被大公公王承恩选入宫中侍驾，她屡屡抗拒崇祯“圣宠”，却忠心爱上了勇将吴三桂。
中原义军被朝廷官军围困在车厢峡，即全军覆没。正当崇祯调兵将想一举全歼义军时，皇太极却突然挥师南下，兵临京城。万急时，崇祯坚持拒和迎战，率军民击退了皇太极，但中原义军又龙出生天，再度恢复生机。
崇祯把坚持“以战谋和”的蓟辽总督袁崇焕凌迟处死，让吴三桂升任宁远主将，为笼络其心，又将陈圆圆赏赐给他。一对恩爱男女，终于奉旨成婚，但是，婚后仅三天，吴三桂只身北赴边关，陈圆圆不得不重返宫廷沦为人质。
高迎祥、李自成攻克大明的龙兴之地凤阳，张献忠掘皇陵断了朱明王朝龙脉，大胜之时义军内部却发生了分歧……崇祯得知凤阳皇陵被毁，痛彻心肺，不食荤腥，孝衣理政。他痛苦的认识到，义军是比皇太极更可怕的对手，迅即用全国力量来剿杀义军，义军遭受了重创，闯王高迎祥被捕，押送京城处死，张献忠也投降了官军，李自成仅剩下七个弟兄，但他不屈不挠，孤军奋战，继承了闯王之位。
皇太极厉兵秣马，锐意革新，大清日渐强胜，已完成了入关南下，一统天下的所有准备，就在出兵前夕，皇太极却发脑中风，一代英主抱憾而亡，大清宫廷也随之陷入了夺位之争。勤政殿上亲王多尔衮与皇长子豪格领着各自的旗主，横刀相向，眼看一场流血宫变将发生，万急时刻，聪明的庄妃在降臣洪承畴的指点下趁势将小皇子福临推上了皇位，是为顺治帝，而多尔衮成为摄政王，大清消弥了宫变，复归稳定。而庄妃为了福临的安危与大清未来，也屈身侍奉多尔衮。
李自成为闯王后显示出不世的雄才大略，义军如燎原烈火，席卷全国，并在皇太极病亡时抢先进兵，迅速逼近京城……
崇祯拒绝求和迁都，决心守城应战，但这时人心尽丧，兵无斗志，臣子如鸟兽散。破城前夕，崇祯杀死亲生骨肉，自尽于煤山，大难中，陈圆圆救下三岁的小皇子。李自成进京后，开国大顺，登基为帝并在全国搜捕小皇子，同时他极力拉笼率二十万大军驻守在山海关的吴三桂，于此同时，关外的多尔衮与庄妃也在屡屡劝降吴三桂。吴三桂处于国破家亡，进退两难之间，而且日夜悬挂着京城中的父亲与陈圆圆的安危。
李自成的部将刘宗敏爱上了陈圆圆，强行住进吴府，他觉得闯王的霸业已成，自己也厌倦了长年征战，只想抛弃一切功名利禄，与陈圆圆归隐家乡过小日子。
吴三桂终于决定“归汉不归夷”率军归降李自成，但在进京路上遇见管家，惊闻父亲被义军杀死，爱妾被刘宗敏强占……吴三桂口喷鲜血，怒发冲冠，立刻调头返回山海关。关前吴三桂又遇见亲自来劝降的庄妃与洪承畴，他痛苦权衡，终于同意“顺清”，并借清兵剿灭大顺军，以图光复大明。
多尔衮为利用吴三桂的勇略，封其为平西王，并与他杀马为誓，将八旗军全交给他指挥。
京郊，清军吴三桂的铁骑合击大顺军，李自成兵败，只得匆匆退出北京，临行前，刘宗敏不舍陈圆圆，强行带走了她，吴三桂大胜，但他想进京与陈圆圆相会时，却发现整个京城都住满了八旗军，多尔衮甚至不准吴三桂进城祭奠崇祯与家父，严令他继续追杀大顺军。吴三桂只得在城外遥遥拜祭，之后立刻统兵追杀残余的大顺兵，同时寻救陈圆圆。
山野，吴三桂与负伤的刘宗敏决斗，陈圆圆牵着小皇子奔来，试图阻止，但苦劝无效，她眼见着吴三桂杀死了善良的刘宗敏。……也就这时，李自成也在深山力战而亡，京城里小顺治被迎上了太和殿，大清一统天下。吴三桂与陈圆圆破镜重圆了，他俩都以为从此幸福终身，不料更大悲剧刚刚开始。
首先，多尔衮“以汉剿汉”令吴三桂南下追剿大明残余，吴三桂不得不统兵南下，远离京城，他也想借此躲避以成为清宫的北京。
其次，在进兵路上，天下百姓都在唾骂吴三桂与陈圆圆，认为这一对痴男怨女是祸水，祸国殃民导致了大明灭亡，这时吴三桂倍感痛苦与悲愤……
接着，多尔衮在全国范围内搜杀“朱三太子”，而这个小皇子正依偎在陈圆圆怀抱中，相互之间已亲如姐弟……最令吴三桂痛苦的是，这时的陈圆圆突然怀孕了，吴三桂搞不清陈圆圆肚里孩子是自己的？崇祯的？还是刘宗敏的？……甚至连陈圆圆也搞不清。吴三桂觉得自己作为一个男子汉，忍受着天下最大屈辱！当清军密使要进军营搜查朱三太子时，吴三桂为了避免灾难缠身，当着陈圆圆的面，竟然愤恨的摔死那个三岁的小皇子！……剧痛之下，陈圆圆晕倒，她早就和这个孩子结下深厚感情，她觉得无论皇朝如何变换，这孩子是无辜的，她一直视他如亲弟弟。
黎明时，吴三桂命令拔营南下，当他走进陈圆圆帐中时，只看见一把扯断银弦的琵琶，从此陈圆圆不知所终……
至此，崇祯年间大明、大清、大顺三方，改朝换代中的风云人物，流入历史长河……
