(第16-22集)
第十六集：燃烧弹（Firebomb）
沃恩在银行地下室解除C-4炸药，西德妮开着斯隆的车和他离开了银行，路上她告诉斯隆他是CIA的要犯。得知炸弹被解除后斯隆从车上跳上另一辆卡车，甩掉了西德妮。在CIA，
Kendall和西德妮为斯隆争执起来，谁也不服谁。
沃恩在西德妮家里接到Weiss的电话，结果发现了藏在墙里的的窃听器，录有先前的对话。在CIA马歇尔说他在SD-6时就做好了窃听器，可以定期把内容转发到接收器，所以被沃恩发现。杰克要马歇尔通过反向程序找出通话的内容传给了谁。
瑞士，Caplan的实验完成，新产品也准备好了，Sark准备对它进行测试。斯隆飞往坎大哈，与帕坦军阀Ahmad Kabir会面，说服他成为自己邪恶计划的同谋。
西德妮家中，弗兰茜想与她好好谈谈，说她们最近越来越生疏了，但西德妮接到沃恩的电话后很快离去。弗兰茜意识到窃听器被发现了，她打电话给Sark，后者指示她在洛杉矶找一个替死鬼，所以她杀了水管工并嫁祸于他。
第十七集：黑色转变（A Dark Turn）
一架电梯从40楼坠落，里面的三个人全部身亡。Sark撬开门从其中一人身上搜得钱包，这人是俄罗斯的军火商，名叫Yuri Karpachev。Kendall告诉杰克Karpachev是Irina的联络人之一。
Irina告诉杰克Karpachev的钱包里有保险柜的钥匙，斯隆相信里面放有Rambaldi原稿，其实没有。她说Karpachev 把它卖给了曼谷一个叫Ilya Shtuka的男人。她建议要想拿到手稿要和Shtuka会面，她希望这次会面能引出斯隆，只要他一被捕，西德妮就可以退出CIA了。
西德妮受命和特工分析家Mitchell Yager见面，他正在调查沃恩。沃恩未经同意擅自与外国警探联系，还与前克格勃刺客Vladimir Prokrowski晤面。Yager向西德妮施压，要她检查沃恩的手提电脑，因为他可能下载了被禁止的译码程序Xenon。
同时，Kendall犹豫不定，是否让Irina和斯隆联络，杰克表示他会护送她前去，用原稿为饵等斯隆上钩。杰克让他放心，并说如果Irina再欺骗他自己知道该怎么做。马歇尔在Irina的肩膀里植入了跟踪装置。
Irina与Shtuka在曼谷的夜总会接上头，他告诉自己用手稿换来了在香港的毒品交易权。Irina干掉了他，杰克护着她杀出重围，两人一起飞往香港，设法拿到手稿。
第十八集：真相疑云（Truth Takes Time）
尽管西德妮抗议连连，沃恩的徽章还是被摘掉，正式接受调查。杰克告诉西德妮Irina逃走且背叛了他们。心碎的西德妮来到Irina住过的牢室，迪克松前来安慰她，她给他看了Irina留下的耳环，并表示宁愿她死了。
在斯隆的飞机上，他和Irina讨论了他们的计划，Irina去德国的基因数据库盗取文件，斯隆则前往托斯卡纳与爱米莉会合。斯隆对西德妮的关心激怒了Irina。在托斯卡纳，斯隆买下一栋别墅让爱米莉大为吃惊。
CIA，杰克接受了Kendall的任务，鉴于他对Irina比较熟悉，他被派去执行抓捕她和斯隆。杰克透露，通过Irina身上跟踪装置，他们可以在12小时确定她的方位。
在打靶练习时沃恩劝西德妮不要参加这次行动，说她不应该追踪自己的母亲。西德妮要他放心，自己开枪时决不会有任何犹豫。
第十九集：最后阶段（Endgame）
迪克松的子弹击中了爱米莉，他向西德妮道歉，并说他已经提出辞职要求。四处躲藏的斯隆复仇心切，不再对探索Rambaldi感兴趣，他告诉Irina只想知道谁杀了他的妻子。
在CIA，因为缺少其他线索，焦虑不安的西德妮向Elsa Caplan提议用催眠术，Elsa愤怒地拒绝了，并为西德妮认为她没有尽力帮助寻找丈夫Neil而难过。Irina给了Neil一个从1000万人身上提取的DNA加密数据库，指望他能找到一个特别的人物。
西德妮在整理情报时注意到，三个打到Caplan家的电话时间很不正常，经过追查，发现是一名与俄国SVR情报组织有牵连的记者Gregory Ivanov，对他进行监视后，西德妮发现他刚刚收到一份传真，内容是“最后阶段”。Elsa承认，Ivanov是她的上司，她嫁给Caplan就是为了监视他。她在他的手臂里植入了氰化物药丸，传真的意思说药丸已被激活，42小时后她的丈夫就会丧命。她告诉西德妮她真的爱上了Caplan。
第二十集：生命倒计时（Countdown）
在Diane的葬礼上，沃恩注意到悲痛的迪克松在偷偷服药，他告诉西德妮，迪克松应该多休息一段时间再回来工作。
Sark建议斯隆去巴拿马城，心烦意乱的斯隆拒绝了，但给了他一个号码，让他有需要的时候打。斯隆承认杀死Diane是一个错误，他准备离开休息一下，让Sark代为负责。
CIA，马歇尔介绍了Rambaldi的作品，在他15世纪的绘画作品中，Rambaldi画出了一个名叫巴拿人的DNA素描，这个人的DNA正是破解他手稿第94页上某些灾难事件预言的密钥。其中一桩将于48小时内发生，且与Di Regno有关，西德妮和迪克松受命去巴拿马城找到他并带回来。但他们到得太晚，Di Regno已经死了，而且心脏也被人挖走。他们发现他也有一个Rambaldi纹身，西德妮还找到一只乳胶手套，上面留下的指纹属于一个名叫Emilio Vargas的杀手。
第二十一集：替身疑云（Second Double）
弗兰茜告诉Sark，CIA相信威尔是被人陷害。Irina得知Sark的通知，但她不许弗兰茜杀掉威尔。弗兰茜催眠了威尔，烧掉了他视网膜上的第二替身的标记。
杰克怀疑威尔偷走了托斯卡纳突袭行动的录像带，于是以间谍罪逮捕了他。从威尔的东西里杰克发现了西德妮和沃恩在她住处外调情的数码录影。西德妮告诉受惊的威尔，视觉扫描显示他的眼睛里有蛋白质沉积，从而证明他就是第二替身。对于西德妮的提问，威尔无法作答，因为弗兰茜选择性地抹去了他的部分记忆。西德妮认为弗兰茜需要被保护起来。
在杀死Diane的炸弹引爆器上发现了威尔的指纹，迪克松来到CIA的监禁室审问威尔，愤怒之下险些闷死他。威尔很快被转送到监狱。Sark要弗兰茜杀掉威尔，以免身份暴露。
第二十二集：真相大白（The Telling）
在CIA，心情沮丧的西德妮和沃恩交换意见。马歇尔开始收到绝密情报：Irina实践了自己的诺言，上传了替身的DNA。西德妮随即告诉威尔他的罪名被洗清，因为网上下载的DNA和他不匹配，而是一个Allison Georgia Doren的人。
西德妮在溜冰场上放松心情，Irina突然出现要她帮忙。西德妮出手但被Irina制服。Irina透露了自己的全部计划。斯隆拥有23件Rambaldi的手工艺品，CIA有24件。所有的手工艺品必须合在一起才有效用，所以她向斯隆建议他们联手打败12联盟，并对位于内华达州NSA实验室的CIA仓库发动突袭。她想让西德妮去抢苏黎世的一个仓库，斯隆的Rambaldi手工艺品全存在那里。
Sark和弗兰茜会面，他以Allison的名字称呼她，并说他们无法反向运行替身程序，因为Markovic的实验室被毁了。
威尔经过调查发现Allison Georgia Doren的名字赫然在“圣诞计划”之列，她被推测还是孩子时就死了，威尔与Doren的双亲联系后得知她的尸体没有经过身份认定。
在苏黎世，西德妮带领一组人突袭了仓库，但是他们没有找到Rambaldi的手工艺品，箱子里塞满了厨房用具。一平/文
第二季·完
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