16、《职业异情》
CDC在某集团搞结核病防治过程中，林碧结识了配合工作的方茹，方茹请求林碧帮她解决一个难以启齿的问题——查出丈夫为何对夫妻生活没有兴趣。林碧前往方茹丈夫的车间进行调查，竟然发现这里所有男职工都面临这个问题。在取得他们信任后，林碧查出了不明污染的真相，林碧力图用自己的工作挽救方茹的家庭，却不料已经晚了，方茹已经忍受不了丈
夫的冷漠，在外找到了新的感情归宿……
17、《一见钟情》
几个病人出现不明病因的症状，已经进入抢救室，生命危在旦夕。陈思源和林碧急忙赶往医院，大家将患者的血清拿回化验，林碧发现是具有传染性的霍乱。一个病人说出，她参加了一个叫“八分钟约会”的联谊会，她在其中认识了一个男人张志君，并和他交往。
关海和徐崴崴开始寻找八分钟约会中的参加人员，由于他们都是通过网络联系，都不知道真实姓名，这过程充满了难以想象的谎言和逃避，张志君不仅和这名女子保持着联系，还有几个别的女孩(其中一个已经入院)也和他有关系，张志君和众多女子的这种游戏爱情的现代观念给派查的过程带来了困难。最后一个女子“夏天的黄昏”找到了，这场情感的瘟疫终于看似平静的消失了。
18、《肝胆相照》
小泉乡一共六个自然村，有五个都暴发了甲肝，只有双槐村没一个人发病。这引起了陈思源的注意。在陈思源进村的时候，他就发现一个三十多岁的男人背着个消毒机在村口打着药。这个人就是乡小学校的教师宋权。陈思源通过调查，发现双槐村民没有人被传染上的原因就是因为宋权老师几年如一日在村民和学生中宣传卫生知识，和他身体力行地对环境卫生的整治。然而，一个偶然的机会，宋权老师是乙肝“小三阳”病毒携带者的消息不胫而走，在城里因被用人单位歧视的大学毕业生宋权面临着再次被迫远走他乡的困境。终于，在CDC工作的法医老谢对他伸出了援助之手……
19、《签约时节》
市郊富甲一方的石岭农工商总公司发生疑似疫情事件，CDC接到匿名举报，感到现场，可是财大气粗的镇长告诉他们只是虚惊一场，不存在传染疫情，只是有人因为与镇长不睦而蓄意捣乱。
陈思源敏锐地发现事情并非镇长粉饰的那么简单，他和土财主之间的较量就此展开，尽管一开始有着秀才遇见兵的不便，但执着的责任感还是让他看到了疫情的端倪——轮状病毒。
此时恰好是一个美国财团来石岭考察投资之际，疫情的披露使得投资陷入僵局。就在众人都以为投资行为大势已去之际，美国商人却向他们伸出了友好之手：感动这个商人的，正是CDC的拳拳之心。
20、《危险链条》
一名在家休学的大学生孙兢兢生病，经查感染了S病毒。CDC立刻行动起来，查找传染源和传播链。外地医院也上报说有一例疑似S病毒患者。这些独立的病例叫CDC很头痛。找不出其中的关联。围绕大学生，CDC展开调查，毫无线索。到CDC实习来的大学生吴小姹看到隔离的孙兢兢赶到惊慌失措，操作起来险些酿成大祸。陈思源从孙兢兢的言谈中感觉她显然隐瞒着什么。有一个电话打来，说自己感染的S病毒，并且已经把自己隔离了起来。CDC人员赶去，发现竟然是吴小姹。在关海的推理之下，吴小姹终于说出了她的传染源-男朋友刘波。刘波是医科大学的研究生。是他把S病毒从实验室中不小心带了出来。而他自己却因为曾经感染过S病毒而具有了免疫力。而且，他已经办好了签证手续马上就要出国留学。刘波和外地那名患者曾经在同一实验室。而孙兢兢是刘波过去的女友。
传播链终于找到了。发现及时没有引起社会恐慌。
21、《危机四伏》
德国皮特在登机时刻突然发作重病，突然发病摔在卫生间里，被送到附近医院。诊断为军团病。而时刻一家大模特公司的模在即将登台演出的时候，邱隶等三个模特突然高烧。公司老板梅姐为了不影响自己的演出，将她们一起送往一家没有任何资质的私人医院。医生是二把刀，医院没有意识到邱隶是军团病，以重症感冒高烧治疗。
演出还在继续，模特公司的女孩再发三例相似病例，其中一个姑娘病重而亡。私人诊所为遮掩真像，采取抛尸家行动。却很快被警方发现，根据线索，很快发现私人诊所隐匿着三例感染病毒。尸检结果尸体和邱利等姑娘被感染军团菌病。
军团菌病是由嗜肺军团菌所致的急性呼吸道传染病，属于乙类传染病，主要污染中央空调的冷凝塔。
城市出现军团菌病非同小可，引起了卫生部的高度注意，CDC一定要追查到底。军团菌病一旦蔓延起来，将引起爆炸效应。
CDC要求在全国各个宾馆饭店，及有中央空调的宾馆都进行一次大清查。可是在本位主义思想的影响下，他们面对CDC小组成员，千方百计组绕CDC的调查工作……
但是这一切都被思缜密的陈思源发现，真像大白，皮特和邱利之间藏匿神秘的关系告白天下。
22、《美丽的危险》
CDC小组的成员徐崴崴收到了奇怪来信，信中揭发东海人民医院里有麻风病的传染源，并还神秘附上了进入医院的通行证。CDC小组成员林碧和徐崴崴借其他事故之际进入东海市人民医院调查。徐崴崴抽取了病人莫妮和张丽的血清，发现了麻风病病菌的时候，莫妮和张丽却从神秘的2046号病房失踪。徐崴崴等在医生苏明明的指引下，把焦点聚焦到东海市整容医院，发现了一个曾在东海市整容医院做过整容手术而自杀的女画家黄晶是麻风病的源发。而东海市整容医院的院长霍南芳为了自己医院的声誉隐瞒了事情的真相，自己也成为这个美丽假相的牺牲品。
23、《有问必答》
本集故事主要反映CDC工作的一个重要方面：医学咨询。
CDC每半月一次的咨询日。CDC的各个成员都分别接待着社会各色人等各种疑难问题。其中陈思源接待的一个女白领讲述的老板心脏病死亡的事引起了陈思源的注意。他立刻赶到法医中心，观察解剖，得出一个惊人的结论，老板死于狂犬病。但死者家属都说老板并没有被狗咬过。经过询问，老板不久前作过器官移植手术，狂犬病是通过器官移植传染的。陈思源他们务必把其他一起移植器官的人找到。经过努力，终于化解了危机
24、《四季花园》
市样板工程建筑小区发生一桩奇怪的现象，很多业主在迁移到小区之后发生一系列的感冒发烧病人。业主认为是建筑商使用了假冒伪劣建材所致，与建筑商索赔不果，跑到市政府门前示威。疾控中心接到市政府指示，临危授命。而当时CDC小组陈思源，林碧正在另一种疾病的调研中。他们在及其不情愿的情况进入小区开始调查，小区居民热情欢迎调查小组的到来，建筑商也乘机想通过这个事情对小区楼盘进行大肆炒作……
可是没有想到陈思源的调查，在小区病人中发现了登革热病人，这是乙种传染病，为阻断疾病传播，小区要被确定是疾病隔离。这消息在小区乃至全市传播出来，立刻引起了业主和开发商的抵制，把陈思源为代表的CDC小组推向了一个尴尬的位置，他们就像盗火者一样，受到来自各方面的攻击……
25、《危机邂逅》
化工场出现氯气泄露，CDC赶往现场进行紧急处理。在化工局副局长的配合下扑灭危机，正当大家准备撤出时，却发现事情并不那么简单，更可怕的泄露——光气正在蔓延，徐葳葳也受到了生命威胁。紧急时刻，CDC全体成员冲入危险地带，显露出平日不易察觉的真情，而更让人想不到的，是副局长的地下恋情也在现场被揭开，在参加副局长的葬礼时，只有陈思源和林碧明白这已经逝去的人是为爱死去的……
26、《今夜无眠》
本集故事主要表现CDC工作人员废寝忘食忘我工作的状态。
徐葳葳有一个大学同学，上学时对徐葳葳十分倾慕，这次要出国，准备在最后关头向徐葳葳表白。但关键时候，徐葳葳接到单位打来的电话，有事件需要处理。
一场食用油里面被污染造成大面积中毒的事件被及时制止。
关海救了一个交通事故中的遇难人员，该人请求关海帮他约网友见面，关海不相信有这样的感情。结果网友――一个长发飘飘的青春少女真的出现了。
又一场危机到来，大量的人食用了小龙虾中毒，看上去像霍乱。由于诊断及时，危机瓦解。
徐葳葳的同学最终也没有机会表白自己的感情。
全体人员又度过了一个不眠之夜。
27、《古墓患影》
陈思源、项洪峰在远郊区监测鼠疫时，无意之间发现一具无名男尸可能是患某种传染病而死。在这个男人去过的北清村又发现了一对因怪病死去的夫妇。北清村民有盗墓的传统，村里的族长海大爷传了话，清明节前进古墓者必糟祸秧。无名男尸查出是个古董贩子，而得怪病死去的夫妇正是偷着下了古墓的人，一时间村内人心慌慌。陈思源他们查出了怪病其实是由蚊子传播的乙型流行性脑炎，但此时还是早春三月，哪里来的蚊子呢？那个海大爷为什么要对村民发出类似于咒语的警告呢……
28、《命运赌注》
一家大医院收治了一个染上流行性出血热的陆处长，陆处长伴有汉坦病毒肺综合症。这种可通过呼吸道传染的出血热在我国很少见，陈思源通过国际卫生组织了解到，在俄罗斯靠近中国边境的一个小城里正有汉坦病毒肺综合症疫情，与陆处长同出一源。当陈思源问陆处长最近有没有出国时，他予以否认。
陆续又有病毒肺出血热病例报告，都是政府官员，通过查看这些人的护照，发现他们都有十几次到几十次来往出中俄的出入境记录。最近他们都是跟陆处长同时间到过俄罗斯。徐葳葳通过国外网站发现，这个小城以赌博、特别是吸引中国人赌博而闻名。陆处长不得不对陈思源坦白了他拿着国家经费去豪赌的事实，那几个得病的官员也在赌博之列……
