第三十一集

　　李鸿章一行到达日本马关，伊藤博文提前会见了李鸿章，拒绝了他的停战请求。次日会谈正式开始，伊藤博文表示同意停战，但必须占领山海关和天津。李鸿章急电北京请旨，翁同和指责李鸿章卖国，光绪皇帝与恭亲王商议后决定不谈休战，直接议和。

　　日本，伊藤博文接受李鸿章提出的“休战免议”，但表示现在条约正在抄写修订，并拒绝向李鸿章透露条约概要。

　　陆奥宗光对李经方表示日本即将进攻台湾，此时却突然接到李鸿章遇刺的消息，并且李鸿章拒绝让李经方送他去医院。伊藤博文以政府和个人的名誉保证，一定尽快查清。伊东佑亨向大本营报告，舰队部署完毕，准备进攻澎湖列岛。刺杀李鸿章的凶手被日本警方抓获，伊藤博向天皇表示竭尽全力让李鸿章打消回国的念头，天皇指示马上令联合舰队开战。

　　日军不宣而战，澎湖军民血战死守。唐景崧拒绝了刘永福要求守台北天险的请求，命其镇守台南，孙毓汶向光绪皇帝汇报，日本同意休战十五日，但澎湖列岛和台湾不再其列。

　　第三十二集

　　收到日本的割地赔款方案，光绪皇帝命李鸿章赔款限一万万两之内，辽东只能割鸭绿江一侧；台湾只能割澎湖列岛。中日双方的谈判陷入僵局，伊藤博文提出最后通牒，限三日内签约，否则进攻山海关，李鸿章一边向北京请旨一边暗通法、德、俄等国家，希望他们出面斡旋。王文韶接任北洋竟查出北洋库里尚存余银八百多万两.光绪皇帝得知后大怒。

　　伊藤博文对李鸿章 “只割澎湖不涉及台湾”的提议，不予采纳。养心殿内，众大臣群情激昂，认为兵费不可赔，辽东台湾不可让，纷纷要求迁都再战，而西太后则不肯迁都。

　　李鸿章跟伊藤博文就赔款的具体数额进行激烈的争论，伊藤博文寸步不让。最终李鸿章在最后的时限内终于签署了《马关条约》。刘铭传收到李鸿章的书信后，决定速回台湾。翁同和收到丘逢甲的血书，被台民乡绅誓死保卫台湾的精神深深打动。北京都察院门前台湾举子汪春源与天下十八省举子联名保台,全国十八省的举子也纷纷联名罢考，要求皇上拒约再战。

　　第三十三集

　　西太后听说英国人有意以十亿英镑租金租借台湾，命张之洞紧急约见英国领事，但得知英国租借台湾的可能性几乎为零。

　　光绪皇帝得知天津驻守的六十营兵因为洪水死伤无数，无法来援，悲愤异常。皇上终于用玺，李鸿章命李经方即刻辞官。科士达冒雨拜访李鸿章，带来俄法德三国原则上同意对日本进行外交干涉的消息。

　　三国干预下，清廷追加三千万赔款，日本归还辽东，睦仁天皇十分不满。俄德法三国借机进一步索取更多在华利益，将触角伸向内陆的西北西南地区。台湾在籍官员、地方士绅闻知辽东归还，齐集抚台衙门，要求效仿此例，再加赔三千万两银子，赎回台湾！光绪皇帝得到消息后，命李鸿章和孙毓汶与日方交涉。日方表示，台湾是日本走向亚洲的生命线，就是再追加两万万赔款，也不能退还。

　　唐景崧收到圣旨，命他率台湾文武百官即刻内渡，回京复旨，但唐景崧向台胞表示要带领全台军民，抗争到底，誓死保台！

　　第三十四集

　　日本内阁紧急会议，准备接收台湾，并制定作战计划，日本军部按照天皇意旨，宣布海军军令,桦山资纪升任海军大将。同时任命他为首任台湾总督，并兼任台湾方面军务司令官。

　　日本公使照会，按照马关条约，限期派员交割台湾，众臣商议后，推举李鸿章之子李经方前去办理交接事宜，李经方此时才大悟为何李鸿章要他辞官。

　　李经方从上海起锚前去签约。丘逢甲向民众呼吁既然朝廷无力保台，那就由百姓自主保台。丘逢甲对唐景崧的部署存在异议，提议让刘永福镇守台北、基隆要地，但唐景崧确不以为然。桦山资纪接替伊东佑亨，并与能久亲王商议进攻计划。

　　日军在澳底登陆，而唐景崧误判形势，认为是日军小股兵力试探，没有增援澳底守军。李经方乘船至台湾海面，连日徘徊，逗留不进，选择日方提出的第二种方案：在船上指认台湾，包括澎湖列岛和附属岛屿，就算完成交割。随即在“台湾交接文据”上代表清廷签字，从此将台湾割让给日本！

　　第三十五集

　　基隆失守，台北危亦，刘永福急派刘成良赶赴台北接唐景崧。光绪获悉李经方已经向日本方面交割台湾完毕，怕与日军再动干戈，立刻下旨削除唐景崧台湾巡抚一职，命其即刻回京。

　　唐景崧部署失误，没有堵住狮球岭天险，日军比原计划提前进攻台北。刘成良请唐景崧去台南，他却说要与台北共存亡。但最终唐景崧辜负了抗日军民的重托，着便衣乘最后一班船逃回大陆。

　　桦山资纪在台北举行入城阅兵典礼，宣布对台湾行使统治权！丘逢甲、林朝楝、杨泗洪、徐骧等人投奔刘永福，刘永福表示不计生死，共御倭夷！日军先遣队和运输队先后遭到袭击，能久亲王下令对台湾军民进行灭绝人性的残酷扫荡。

　　刘永福经过周密考虑，做出了一个大胆的决定：由书生吴彭年带领包括黑旗军和各路义军共十二营，秘密进入八卦山一带，伏击敌人。众将领血战八卦山，致使敌军师团长重伤、旅团长不治。而吴彭年、吴汤兴也战死杀场！

　　西太后获悉台湾战况，想通过英法等各国主持公道，并让李鸿章回京。

　　第三十六集

　　刘永福决定和日军决战曾文溪。

　　张之洞会见冯相锟，让他通知刘永福坚持三个月，事情到时会有转机。唐景崧本打算找机会返京，张之洞奉旨就地免其官职，令其返乡。

　　台湾军民与日军展开了异乎寻常的激烈抵抗，自诩勇猛无敌的日本陆军难以寸进。伊东佑亨奉命率刚刚回国的“第一军”再次支援台湾。李鸿章同时会见了英法等国的公使，并向俄法两国银行分别借款四万万法郎，用于向日本支付第一笔赔款。而西太后希望各国出面斡旋，从日本手中赎回台湾一事，他只字未提。

　　小村公使会见孙毓汶，威胁说如果清国的军队和武装人员继续以各种方式开往台湾与皇军对抗，那辽东的日本第二军将向北京进军。西太后得知消息后，命军机处告诉皇上“沿海内地各省，一枪一弹、一兵一卒，都不许往台湾送”！

　　日军发现黑旗军、民团、山匪正迅速向曾文溪一线集结，桦山资纪表示不管投入多少兵力，都要把曾文溪变成刘永福和黑旗军的坟墓！我抗日军民和日军在曾文溪进行了激烈的战斗……