第一集

　　大明王朝正德十四年（公元1519年），时局动荡，风雨飘遥。武宗正德皇帝病危，喝下太医华南的药汤后吐血而亡。张太后下令处置华南。华南觉得武宗死得蹊跷，便带着自己的医簿连夜逃出。武宗无子嗣，朝廷按明朝祖制，湖广安陆就藩的兴王朱厚熜被定为皇位继承人。

　　此时朱厚熜却得了寒热怪病，经湖广蕲州名医李言闻救治，病情转危为安。在母亲蒋王妃的安排下，朱厚熜抱病坐囚车赶往京城。李言闻携幼子李时珍和大夫徐长民一起护送朱厚熜。一路上危机四伏，腥风血雨，这一切在童年李时珍的心灵里留下了深深的烙印。

　　第二集

　　公元1521年四月二十一日，朱厚熜抵京登基，年号嘉靖。登基后的第六天，大臣张慎联合众臣上书，要求嘉靖尊孝宗为皇考，尊父亲兴献王为皇叔考，母亲蒋王妃为皇叔母。蒋王妃得知消息，勃然大怒，拒绝进宫，并且一病不起。李言闻照料太妃有功，被嘉靖封为九品吏目，徐长明被封为八品太医。

　　在这场长达三年的“大礼仪”之争中，朝中与嘉靖作对的大臣有的被贬官，有的被流放，更多的被杖毙。正直忠勇的李言闻为几位杖刑受伤的大臣疗伤，并且暗地里将杖刑致死“罪臣”张慎之子张行义收为养子，改名为李行义。这惹怒了蒋太妃，且被逐出京城。李言闻携李时珍和养子李行义回到家乡蕲州。

　　第三集

　　十多年之后，李时珍和义弟李行义，还有李言闻收养的好友之女斯语都长大成人。李行义跟着李言闻学习医术，李时珍则按照父亲的要求一心科举，只能暗地里偷学医术。李时珍入书院的第一天因抢了荆王世子朱成翊的风头，从此便成了朱成翊的眼中钉。在书院时间越长他与朱成翊的积怨越深。在王府的干预下，李时珍不得不退出书院，回家自学。

　　不久，朱成翊的爱妃因喝了李言闻开的药后暴亡。朱成翊要斩李言闻，幸亏荆王府郡主朱苌葶出面求情。朱成翊答应给李家三天时间找出原因，否则定斩不饶。李时珍和李行义通过朱苌葶找到世子妃用过的药渣，发现里面少了一味叫黄精的药，而多了一味不知名的药，这让兄弟俩大为疑惑！

　　第四集

　　李时珍和李行义找到抓药的药店理论，药店掌柜坚持自己没有抓错药。眼看三天限期已到，就在他们几乎绝望的时候，李时珍的好友黄一丰终于打听到此药名叫钩吻，有剧毒。

　　面对王爷和世子的审问，药店掌柜拿出一本药书《本草别录》证明黄精就是钩吻，二者为同一药。李时珍情急之下从身上掏出黄精和钩吻，让王府当场验明，两味药分别让两头牲畜吃下，结果吃了黄精的安然无事，吃了钩吻的则当即毙命。药店掌柜被斩，临死前要家人烧了所有的本草书籍。世子朱成翊依旧要斩李言闻，郡主再次相救。大堂之上，李时珍发现苌葶郡主似曾相识，但一时没想出个头绪。李时珍从此背着父亲研习古今药书，发誓写出一本准确的本草书籍来。

　　第五集

　　苌葶郡主为安抚哥哥失去爱妻的伤痛，找来李时珍，并和他跑遍蕲州，销毁了全城所有药店中被人们误认为是黄精的钩吻。之后，郡主和李时珍回忆起童年一次难忘的相遇，二人从此成为好友，常常出游郊外。荆王妃见郡主神情异样，便开始给她张罗婚事。郡主坚持不嫁，提出李时珍才是自已的最爱。王妃叫来李言闻一番羞辱，要求他管束好自已的儿子。从此李时珍和苌葶都被家里严管起来。

　　世子朱成翊自爱妻去世后就常常在翠花楼酗酒鬼混。王府祭祖大典在即，世子的随从何三求郡主出面把世子朱成翊叫回家。苌葶答应了何三的请求，但要何三带她去见李时珍一面。李时珍和苌葶相见互诉衷肠，然后一起去翠花楼找世子。面对醉生梦死的哥哥，苌葶痛楚万分。世子醉眼朦胧，见李时珍在场，便好一番羞辱。李时珍拂袖而去，对父亲发誓不再见苌葶。

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