资料：电视剧《五号特工组2》分集(1-5)
第一集
《原子弹石墨事件》
1937年2月，纳粹德国在希特勒的批准下，启动“铀计划”，即大规模杀伤性武器，原子弹的研制工作。整个计划在实验初期，进展非常顺利，但最终，由于制造反应堆的石墨纯度难以达标而受阻。
几年后，美国利用从德国出逃的科学家，正式启动“曼哈顿计划”，迅速掌握了石墨的提纯技术，使原子弹的研究工作，获得巨大进展。
中国西南地区，蕴藏着丰富的石墨资源，昆明“史迪威训练基地”，成为美军研制及生产高纯度石墨的重要地点。
同一时间，日军在德国的授意下，开始派遣大量间谍，渗透到中国昆明，试图窃取石墨提纯的重要技术。
1943年。昆明美军史迪威基地，日本间谍吉川猛夫窃取到制造原子弹的重要石墨资料后，逃跑至美军俱乐部。基地军官魏明磊带兵追赶，吉川被打伤后逃走。
重庆政府得知资料被盗事件后震怒，军统接受命令，老于找到五特人员，请求帮忙，马云飞和何坚不愿帮忙，但大姐欧阳、高寒和李智博还是答应了老于，赶往昆明。
同一时间，日特组织也得悉吉川成功窃取资料，并且得知吉川已经有了二心，准备偷偷将情报卖给德国人，所以日特准备找到吉川后，杀掉他，将情报送回本土。
第二集
马云飞虽然嘴上没有答应老于，但还是担心高寒等人的安危，最终和何坚做火车赶往昆明。火车上，马云飞结识了化装成女学生的女日特酒井，而酒井之所以要去昆明，就是作为最高领导，指挥昆明日特处理吉川情报事件。
欧阳等人到达昆明，得知一家药店被袭，从作案手法分析，很可能是吉川所为，于是分析出吉川应该是在从美军基地逃跑时受伤，寻找消炎药瓶盘尼西林。于是欧阳等人准备从药品下手寻找吉川的下落。
马云飞、酒井到达昆明后分手，酒井赶到日特昆明据点布置。同一时间，吉川在各个药店寻找伤药。
昆明最大的临安堂药店，五特人员化妆成药店员工守株待兔，果然，化妆后的吉川赶到，被五特的人识破。正在大伙儿要抓捕吉川时，酒井带领日本特工赶到，也要抓捕吉川。
第三集
一通激战后，双方互有损伤，吉川趁乱逃走，躲到自己在昆明的奶妈家里。
吉川告诉奶妈，要救自己，只有一个人能行，就是史迪威基地的魏明磊，魏明磊也是日本特工，与吉川关系很好。
奶妈巧妙地找到魏明磊，魏明磊来到奶妈家，吉川讲出了自己的计划，要背叛日本，将情报卖给德国人，魏明磊大惊，后还是同意了。
为了治疗吉川的伤，找到管制药物盘尼西林，魏明磊回到基地后，弄伤自己后，开出了盘尼西林。
第四集
为了查出吉川下落，马云飞等人赶到了史迪威基地。因为整个资料被盗事件，很可能是在基地内部出了内奸，另外，吉川在昆明的药店没有搞到消炎药品盘尼西林，很可能通过基地的同伙，搞到这种药品。马云飞等人要调查最近基地的受伤人员以及盘尼西林药物的使用情况，籍此查出吉川的同党以及吉川的下落。
基地负责人听完五特的分析，于是授权魏明磊协助五特查找基地内部的内奸。
调查过程中，敏感的马云飞看到了魏明磊的破绽，于是，首先将怀疑的焦点放在了魏明磊的身上。
马云飞偷偷潜入美军基地，检查魏明磊的房间，最终确认，魏明磊是内奸！
同一时间，狡猾的酒井也将怀疑的对象指向魏明磊。
第五集
五特这边，准备先不点破魏明磊，顺藤摸瓜，找到吉川。经过跟踪魏明磊后，五特最终确认了吉川的大致藏身地点。
就在五特行动之时，吉川与魏明磊密谋，为今之计，必须要找到一个替死鬼，才能让吉川暂时安全。而唯一的方法，就是制造伪证，将窃取情报的事情，嫁祸给五特！
是魏明磊利用在美军基地工作的方便，迅速罗列伪造了大量证据，诬陷五号人员，愚蠢的基地负责人相信了魏明磊的所谓证据。
此时，欧阳、高寒与博士找到了吉川的藏身地点，一番激战后，将吉川抓捕，然而，就在众人将要把吉川押走的时候，魏明磊赶到，反诬陷五特的人员，将几人抓捕。吉川趁机逃脱。
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