《少年包青天Ⅱ》承接上一辑的故事发展，包拯同公孙策、展昭，加上王朝、马汉等继续为民请命，推理侦查，周旋于种种令人拍案叫绝的悬疑奇案之中；而极富追看性的宫廷斗争，在本辑将会更趋白热化，作为贯穿整体故事的主要脉络。

　　在《少年包青天Ⅱ》中，包拯等将会面对对手们不再像以前那么善良，为了阻止真相被揭露，他们可以无所不用其极，包拯等人的性命时刻处于死亡的边缘上，危机四伏！在《少年包青天Ⅱ》里，除包拯、公孙策、展昭等为民间爱戴的英雄豪杰在续集里亦会加强他们独立的故事发展，各个人物均会更加立体化；独特的个性，自称一派的高强本领，将会透过故事得到充分的发挥，尽显一代仁义之师的英雄本色！

　　《少年包青天Ⅱ》以五至六集为一单元故事，合共四十集，每集一小时，每单元故事均邀请影视红星参与演出。

　　生就一副黑黝面容，人称包黑炭的包拯，以无穷智慧，累破奇案后，除赢得世人称誉，更与当今皇上宋仁宗成为莫逆；但包拯不贪图功名利禄，母亲沈氏告老还乡，于庐州当教书先生，春风化雨；可惜是贪官污吏，祸国殃民，包拯为就黎民于水火，终敌不过宋仁宗的真诚相邀，接过御赐免死金牌，再次踏上征途，面对害人之贪官及耸人听闻的奇案。

　　公孙策于包拯归隐期间，不断钻研医卜星相，充实才学；当公孙策得知包拯要再次为民请命，公孙策誓死相随，除履行惩恶除奸的天职外，亦希望有一日能超越包拯的大智大慧。

　　小展昭年少气盛，早已欲在江湖上扬名立万，得包拯相邀共赴危难，小展昭赴汤蹈火，在所不辞，与包拯、公孙策再次并肩作战。

　　皇帝密令

　　大宋皇佑(宋仁宗〕年间，国泰民安，岁月平和，但久安之后朝纲亦开始松弛，一些权倾朝野的官吏们不务正业，一心只想着叙迁官品，谋得差遣，为了达到目标，巴结上司、请客送礼、贪污贿赂。

　　包拯接到宋仁宗的紧急传召，要他立即上京查案。

　　原来自赈济水灾的一笔官银，被发现遭有关官员中饱私囊后，朝中不少官员离奇死亡，皇上深知此事必与朝中贪污舞弊之风有关，决定要彻查到底，但是其中一些朝廷大官均是其身不正，为求独善其身，其他官员根本不敢着意追查；仁宗苦无良策，只好邀请包拯“出山”赋予皇帝密令找出个中因由；包拯这一次可以说是挑战满朝权贵，危机重重。

　　包拯得公孙策及展昭协助调查，发现案件错综复杂，其中死者更是遭到杀人灭口，自杀只是凶手的烟幕……

　　但包拯等锲而不舍，终将这一起案件的罪魁祸首——贪官除克俞揪出，给朝廷内不正之风一记当头捧喝！

　　调查过程中，包拯拯救了民女湘湘一家的性命，湘湘自此侍奉在包拯左右，成为包拯的红颜知己。

　　另一方面，由于除克俞乃小皇叔襄阳王的宠臣，包拯从此与襄阳王结下不解仇怨。

　　龙魔传说

　　河南附近龙泉镇最近传出龙魔害人之说，言之凿凿，多名少女更在同一时间突然横死，弄得人心惶惶。

　　包拯插手调查，原来龙魔的出现乃千门百将之中的谣将所为，骗徒小蝴蝶等虽然落网，但包拯从蛛丝马迹中发现杀人凶手必定另有其人……

　　真正的凶手原来乃军机大臣丁谓。丁谓当年曾在宋真宗微服出巡来到龙泉镇之时，派出杀手刺杀真宗，幸真宗得到一武功高强的民女程氏所救。丁谓得知程氏的后人——小蝴蝶重现人间，便将龙泉镇附近与小蝴蝶年龄相若略懂武艺的少女均一一杀死，宁枉无纵，实行斩草除根；幸得包拯等抽丝剥茧，除查出真相外，更意外发现小蝴蝶竟是先皇真宗与程氏所生……

　　丁谓因此事而被仁宗责怪，从此大权旁落，再难翻身。

　　朝廷中另一伙势力——襄阳王却乘时而起，勾结宦官郭槐，取得刘太后的信任，等待时机某朝篡位……

　　亲不敌理

　　包拯被皇上召回宫中，小蝴蝶一起同行，途中遇上一队趾高气扬的镳师，小蝴蝶受不了镳师们的气焰，不理包拯的阻止，连夜赶到山野外准备将镳师们好好教训一番；那知小蝴蝶却只发现镳师们的一具具尸骸……

　　包拯决定亲自调查，另一方面公孙策亦与包拯订下战书，看谁能早日查出真相；公孙策发觉最值得怀疑的乃当地的武林高手，平时喜爱作威作福的二世祖王朝，及其手下马汉！但从种种蛛丝马迹，包拯却持相反意见，只是感到二人是无辜的，于是决定为他们翻案；但二人平时欺凌弱小，素为所垢病，故人们亦对包拯的为人有所微言！但包拯抱着信念，不枉不纵，继续努力彻查，终查出原来是自己的堂侄儿包勉勾结山贼，杀人夺镳！亲不敌理，包拯著府尹将包勉斩了，但却被公孙策所阻。

　　包拯大愕，原来公孙策认为包勉虽勾结山贼，但根据大宋律例，罪不致死，包拯虽铁面无私，但这次因伤痛亲族所为，故矫枉过正……包拯被公孙策晓以大义，有如当头棒喝，与公孙策更是惺惺相惜，而公孙策表面上虽仍冷言相待，暗里却对包拯之铁面无私敬重不已！

　　盗宝谜团

　　包拯等终赶回皇宫，宋仁宗得知小蝴蝶原来乃先皇真宗的私生女，决定策封小蝴蝶为娉婷公主，小蝴蝶这脱缰野马被困于宫中，当然发生不少令人啼笑皆非的宫中趣事……

　　开封城即将举行十年一度的国宝展览，利之所至，江湖上各方人马当然对宝物虎视眈眈；仁宗著包拯等负责看守宝物，以策万全；可惜事与愿违，大大小小的宝物在包拯等重重保护之下仍被离奇盗去！皇上因此龙颜大怒！

　　包拯本以为案件乃隐侠沈仲元所为，但与沈仲元一翻交手之后，包拯发现沈仲元为人侠义，并非盗宝之人；包拯等重组线索，终于理出头绪，结局出人意外，匪夷所思……

　　仁宗于案发期间，被襄阳王有机可乘，差点命丧黄泉，幸得展昭舍身相救，仁宗才得以保全性命，仁宗感激展昭救命之恩，赐予“御猫”一衔，但因展昭年级尚小，要到十八岁后仁宗才正式赐封！

　　围城告急

　　大贪官于大鹏予偏远的“围城”崖州一带，拥权自大，贪赃枉法，致使民不聊生；包拯、公孙策及展昭等决定赶往崖州，一惩奸雄！

　　包拯们到达崖州后，当地却发生了一连串杀人事件，而从种种的蛛丝马迹来看，包拯竟然成为最大的疑凶！包拯遇上一生最大危难，誓要还我清白！

　　包拯虽被通缉追捕，仍以身犯险继续调查，终发现所谓杀人证据乃是被人刻意嫁祸，案件背后隐藏着极大的阴谋！

　　原来于大鹏得知包拯前来调查自己的贪污罪证，便欲先下手为强，诬陷包拯杀人，以除大患。那知阴谋却被包拯揭破，于大鹏唯有兵行险招，决定将包拯先斩后奏！有道说山高皇帝远，包拯被困围城，无法向京城告急，性命危在旦夕……

　　忠孝难全

　　自丁谓失势后，襄阴王巧取豪夺，顺利将镇守边城三军收归势力之下，只剩南方大将军文淮不肯靠拢；新仇旧怨，积重难返，襄阳王誓要将文淮除之而后快！

　　文淮突被皇上三度奏折急召回宫；回宫途中，文淮与西夏大军相遇，眼见西夏军队杀入边城，文淮立即挥军救援，入城后整个西夏军队却突然消失无踪；文淮因无故挥军入城，被加与叛逆之罪关入天牢，秋后处斩，株连九族！

　　包拯与公孙策深知文淮为人忠义，那会叛逆宋室？加上事情扑朔迷离，包拯等誓要找出真相为文淮一雪冤情！

　　真相渐渐揭开，包拯发现一切布局背后隐藏重大阴谋，而其中更有人假传圣旨，最大嫌疑者竟是仁宗亲母刘太后！原来郭槐被襄阳王收卖，不断以妖言迷惑太后，诬蔑文淮勾结西夏企图犯上作乱图谋不轨！为免仁宗江山不保，加上刘太后爱子心切，不惜冒书奏摺，再与边城将领设下陷阱，治以文淮叛逆之罪，以除后患！

　　仁宗得知真相后，正是忠孝难全，杀忠臣难服天下，株太后却忤逆天伦！仁宗不知应该如何定夺……

　　飞头东官

　　仁宗爱妻郭皇后不幸病死宫中，仁宗伤痛下已，但丧礼过后，宫中竟传出皇后的飞头出现到处吓人，仁宗亦差点被吓坏了，包拯知事情必有古怪，为救好友仁宗，决定要查出真相。

　　原来飞头东宫乃襄阳王与郭槐共同制造出来的幻象，务求令郭皇后所生之儿子失去继嗣之权，再拥立与襄阳王一党的西宫姚妃所出为皇太子，妄想日后能挟天子以令诸侯，垂帘听政！更有甚者刘太后亦错信谗言，与襄阳王结成一伙！宫廷的权力斗争，杀人不见血，包拯、公孙策、展昭干涉其中，四面受敌，性命岌岌可危……