洪荒时期，黄帝、炎帝、蚩尤三大部落争取天下。炎帝部落老首领之子炽因不满父亲将首领之位传于身世不明的炎而发动叛乱。炎帝平息了叛乱后，炽下落不明。不久，炎帝被黄帝打败之后，突然隐姓埋名远走他乡。多年后炎帝化名为神农，尝百草救世人。多年后，炽化名为瘟神，处处与神农作对，更制造出瘟疫，祸害世人，令神农苦苦无法破解。

　　炎帝部落的衰落使得争取天下的大战将在黄帝和蚩尤间展开。一次，双方交战正酣，突闻各自部下来报：自己部落中发生大规模瘟疫。黄帝和蚩尤立刻收兵，赶回各自部落查看救援。

　　黄帝发现自己的很多子民在这场大瘟疫中患病、丧生，忧心忡忡。人群中，黄帝发现了帮助救治病人的神农。两个老对手再次相逢。黄帝对神农既充满怨恨又十分敬重。尽管神农用尽了方法，也只能暂时控制瘟疫的蔓延，并不能够彻底的消除瘟疫。神农感怀世人疾苦，独自祈求上天，以期求得清除瘟疫之法。

　　天宫中，玉帝的妹妹花神生性豁达善良，眼中没有尊卑长幼之分。玉帝的七个女儿七位仙女更被花神认做是知心的好姐妹。七位仙女虽然经常被花神的一些古怪想法和言行折腾得不知所以，苦不堪言，但是从心底尊敬和喜欢这位平易近人、性格爽直的长辈。花神带领七位仙女种植盘古大神死前留下的种子，实验无数次均遭失败，终于在一次偶然的机会下获得成功。在玉帝的建议下，众人把这种从未见过的东西以花神的名字命名为花。

　　玉帝被神农感动，召见神农。神农禀明来意。玉帝表示此乃人间必然的劫数，天庭不便插手。神农失望欲归。花神久闻人间的神农尝遍百草，正好与自己兴趣相投，偷偷在南天门拦下神农，邀请神农互相切磋，交流心得。神农在花神处看到花，十分惊奇。神农研究后发现，百草的药性不足以清除瘟疫，而花正是清除瘟疫的良方。花神得知花除了装点天宫，在人间还有如此妙用，十分慷慨地送给神农花的种子和一些花瓣。

　　神农回到人间，尝试用花瓣和草药混合用药，成功地化解了这场瘟疫。蚩尤蠢蠢欲动，黄帝准备应战，神农置身事外精心栽培花种，爱人若兮默默从旁相助。

　　花神在天庭成功培育出百种花品。百花宴上众仙同贺，玉帝龙颜大悦。花神想起神农，对神农在人间种植鲜花的进展情况充满好奇。在七仙女的协助下，花神混出天宫，来到人间寻找神农。毫无下凡经验的花神落到河边的一个小村子里，遇到龙太子带着虾兵蟹将强抢民女，花神挺身而出，龙太子垂涎花神美貌，双方动起手来。花神发现自己的神仙法力无法在人间施展，终于失手不敌，被龙太子擒回龙宫。

　　玉帝发现花神失踪，七仙女只得说出实情，玉帝震怒，派出千里眼，顺风耳查找，竟未发现花神踪迹。太白金星指出未经玉帝批准下凡的神仙是没有法力的，七仙女更加担心花神的安危，主动提出要戴罪立功下凡寻找花神，在太白金星的力保之下，玉帝准奏，派二姑娘、五姑娘和六姑娘三人下凡。

　　龙太子把花神关押在龙宫密室，意图不轨。花神逃出龙宫，顺手拿走了龙宫中的宝物。花神逃到岸边筋疲力尽，龙太子尾随追来，黄帝偶遇落难的花神，上前阻止龙太子，龙太子欲置黄帝于死地，却莫名其妙地被黄帝打伤逃走。黄帝把昏迷的花神救回军营之中。