《敌营十八年》第二部，讲述了抗战时期我党打入国民党内部的以江波为代表的一批我党优秀红色特工为国共合作、共同御敌而斗智斗勇、舍生忘死的传奇故事。故事大致区分国共合作形成期、蜜月期、摩擦期三个段落，贯穿八年抗战整个历史时期。

　　第一段落，形成期。故事从1937年七七事变以后的国际化大都市上海开始。当时的上海，波谲云诡，国际国内各种政治势力都在暗中较量。日本内阁抛出华北事变不扩大方案，妄图以此为诱饵，胁迫中国政府放弃抵抗。汪精卫秘密派出特使高宗武与日本特使船津辰一郎在上海密谈媾和。情报被打入日本内阁情报局的三重间谍（真实身份是我党秘密特工）滕玉莲获悉，她通过秘密渠道，把这个情报转给了地下党上海某情报组织负责人赵一青。赵一青让康瑛将这一重要情报报发延安。不想我秘密电台已在何昆、娇妮等国民党特务的掌握之中。康瑛发报时，与国民党特务激战，报务员牺牲。康瑛在江波、柳春桃等打入国民党内部同志掩护下脱险。何昆意外被日海军陆战队抓获。赵一青命令江波查清电台暴露原因和‘高船密谈’内幕。为防国民党上海布防机密暴露，同时设法营救何昆。江波在滕玉莲、国民党中央社记者许曼华、青帮头子杨广忠等配合下，设计巧捉日海军情报军官池田，并迫使其就范，救出了何昆，粉碎了国民党投降派与日本政府的媾和阴谋。日海军陆战队恼羞成怒，玩弄战火。八一三淞沪抗战爆发。蒋介石被迫同意中国工农红军改编为八路军，并就《中共为公布国共合作宣言》发表谈话，承认了共产党的合法性，第二次国共合作和抗日民族统一战线正式形成。

　　第二段落，蜜月期。淞沪激战，为打击共同的敌人——日本帝国主义，何昆放弃铲共。蒋介石视察前线的消息被日本特务机关井上机关侦知，井上贤二和山下珍子把这一情报密报日海军，海军决定派飞机中途截杀。滕玉莲巧妙将这一紧急情况告知何昆。蒋介石震怒，命令追查泄密者。军统上海站站长段德彰受到处分，打入军统的日本特务丛丽等被捕，何昆代行站长职务。为消除日特对淞沪之战的威胁，军令部采纳江波方案，决定对井上机关实施“刮骨”打击。江波亲任突击队长，何昆受命协助行动。铲除井上机关，潜伏国民党内部的共产党员韩成仁等壮烈牺牲，为掩护娇妮继续留在日特机关工作，江波枪击娇妮，娇妮负伤假死，激怒何昆。后撤突围时，为掩护何昆送出重要情报，江波负重伤以至被认为死亡。柳春桃救下江波，但在国民党溃退南京途中，柳春桃为保护江波牺牲。上海沦陷，江波受命国民党军令部潜回上海组建秘密情报网，与曾是敌手的黄埔同学、国民党军统特务何昆不期而遇。为锄奸抗日，江波、何昆、滕玉莲、康瑛、许曼华、宫西中一等国共两党人员相互配合，及时获取日军情报，协助新四军挺进江南，支持了国民党武汉会战和苏联对日的张鼓峰和诺门坎战役，中国特工为世界反法西斯战争首先做出贡献。

　　第三段落，摩擦期。1939年，法西斯德国闪击波兰，第二次世界大战爆发。以江波、康瑛、滕玉莲为代表的地下党配合国际反法西斯战线，获取日本有关北进和南下以及日本偷袭珍珠港的重要情报，帮助苏联及时抽调远东部队对抗西线德国入侵。他们甚至假国民党之手将山本五十六的绝密行程转告美军，把山本五十六送下地狱。但是，他们自身却处在日特、国民党特务的双重包围中，战斗极其险恶。在如此艰难的处境下，他们凭着坚强的信念和超群的智慧，获取了大量情报，为打退国民党反共高潮，维护民族统一战线，为八路军、新四军敌后抗战不断取得胜利，建立了殊勋。而在此阶段，许多打入国民党内部的共产党员如方泽亮等英勇牺牲，宫西中一被捕。国民党娇妮殉国。故事以芷江会战作结。江波把国民党即将挑起内战的绝密情报通过康瑛带回延安，新一轮的斗争即将开始……