本片剧情以原著故事为主干，主要讲述南帝与瑛姑的渊源。承接上集，丐帮君山大会后，郭靖和黄蓉为探寻武穆遗书而前往铁掌山。然而在探访中黄蓉不幸遭铁掌帮帮主裘千仞所伤，幸得隐居于黑泥沼的瑛姑指导，两人逐前往南帝段智兴处求医。在通过座下弟子的考验后，两人终见到南帝，始知本来其因后宫变故，悔伤前衍，而出家为僧，法号“一灯”。郭靖黄蓉两人得知前因后果后，决心助一灯大师抵抗瑛姑来袭。最后瑛姑得知其杀子仇人就是铁掌帮帮主裘千仞，集众人之力终将铁掌帮权势消灭。