克劳恩是一座一片葱笼的城市，古代建筑和新式建筑优美地融合在一起。宠物雹小精灵世界杯在克劳恩城举行，小智等人结伴前往观战。
　　途中，小智一行人遇到了奇异的宠物小精灵佐罗亚，它拥有惊人的奇特能力，可以变成其他宠物精灵和人的样子，甚至还能通过心电感应与人交谈。佐罗亚正要去克劳恩城寻找同伴，便于小智等同行。
　　克劳恩城出现了神奇精灵雪拉比。该城原来以雪拉比闻名，然而在二十年前的一场事故后，雪拉比就失去了踪迹，如今终于又回来了。
　　突然，克劳恩传说中的守护精灵竟然在城中发威，令居民们陷入了恐慌。莱科的雷电、安特伊的火焰、斯伊库的洪水同时袭来，克劳恩城面临覆灭的危机。
　　与此同时，一个神秘人正通过监视器注视着这一切。他是巨型企业晃代网络的社长格林古斯•晃代。是他操纵三只精灵袭击克劳恩城，而它们的真身其实是拥有化现幻影能力的精灵佐罗亚克，佐罗亚要找的同伴正是它。
　　晃大为了实现邪恶的目的而瞄准了雪拉比。雪拉比究竟有什么秘密的神力？而克劳恩城的命运又会如何？佐罗亚克到底是敌还是友？
宠物小精灵电影史上最大的幻化之战拉开帷幕……