江户时代末期，被称为“天人”的谜之异星人来袭。于是地球人与天人之间的战争瞬即爆发，为数众多的武士和攘夷派志士都参与与天人的战斗。幕府见识到天人强大的实力后，最终向天人低头，放弃武士不管，擅自与天人签订不平等条约，准许他们入国。其后更颁布了“废刀令”，夺走了武士的刀，使他们无力反抗。因夺走了武士的刀,武士们已忘记怎样去打武士道。自此，天人横行霸道，幕府为天人所影响，甚至被控制，成为了“傀儡政权”。然而桂小太郎、高杉晋作、坂田银时等仍坚持着战斗。某一天，一名神秘的剑客来到江户，桂在他的剑下不知所踪。他的妖刀“红樱”是可以根据战斗进化的超级武器。高杉复活了“鬼兵队”，利用“红樱”的力量进行战斗，而许多志士确在为寻找桂而奔走。桂到底在何方，最后志士们是否会与高杉反目成仇……