这部剧场版开始于十几年前，带着面具的神秘忍者解放了巨大的魔兽“九尾”，被九尾袭击而面临毁灭的木叶村，为了守护村子，第四代火影牺牲自己的性命，把九尾封印在刚出生的孩子鸣人身上。而时光流逝，令人恐惧的忍者集团“晓”的成员袭击了木叶村，而鸣人与伙伴们也勉强的算是迎击成功。但是应该都死亡的“晓”的成员们为何又再次出现？带着这个谜题，死去的父母居然也再次出现？加上带着面具的男子也出现在村里，并且袭击了鸣人与小樱……。