17世纪中叶德川幕府统治下的岛国日本，严禁西方宗教在本国的活动。基督教徒乃至漂洋过海来的传教士们也常常受到残酷迫害甚至被夺去性命。从遥远的葡萄牙偷渡上岸而来的年轻传教士罗德里格斯（安德鲁·加菲尔德饰）和传教士葛尔贝（亚当·德赖弗饰）在当地教徒的帮助下来到了九州肥前地区。不过，尽管当地的村民和教徒们对两位的到来深感欢欣，但两人最终还是没能躲过官差的搜捕以及日本向导吉次郎（洼冢洋介饰）的出卖。在牢中，两人不仅真正见识了日本官方对西方基督教徒对残忍迫害，也一同经历了同样残忍的种种蹂躏。以至于意志力稍显薄弱的葛尔贝随教徒自杀身亡……
　　罗德里格斯则在面临是退教还是要命的艰难选择上，坚定信仰，以沉默对待苦难的折磨。但当他的恩师20年前就已经来日本传教的费雷拉（连姆·尼森饰）但突然出现深感震惊。因为恩施已经巨变成身着武士服且忘记信仰的另外一个人……沉默，信仰，罗德里格斯该何去何从？鲁格/文