1946年3月17日，军统头目戴笠飞机失事，一份电报底稿泄露了惊天秘密：戴笠雇佣日本刺客宫十一来北平刺杀漕帮老大徐德庸，徐德庸一向反对蒋介石的分裂政策，支持共产党成立联合政府的主张，因而成为蒋介石的眼中钉肉中刺。
　　此事披露后掀起渲染大波，军统急于掩盖，他们去北平监狱调查电报底稿中提到交易条件，日本战犯小林觉，却发现此人果然已经被冒名顶替掉包而走，事情败露，典狱长自杀，中断了线索。军统方面一方面否认此事，一方面派出精兵强将小林觉抓获，然而日本刺客却施展高明的催眠术，用军统特务爆炸了军统北平站，以此威胁军统再次释放小林觉。军统假意答应，借机布下埋伏，日本刺客躲过伏击，小林觉却在混乱中被军统击杀。日本刺客发誓要继续刺杀徐德庸。
　　共产党方面也不肯眼看着蒋介石杀一儆百威胁到全国人民对和平建国的热情和支持，于是派出了安全专家老吴和神枪手警卫员彭克虎，从延安赶到北平保护徐德庸。蒋介石面对各界抗议之声，连连否认授意军统行刺，军统为掩盖此事，启用了因得罪戴笠而落魄颓唐的军统暗杀高手林家山，要他秘密寻找到日本刺客灭口。
　　老丁曾与日本刺客宫十一在上海滩交锋，他对宫十一造成了巨大威胁，而此时，军统内部有人为了掩盖勾结日本人的罪行，布局杀害了老丁，彭克虎出于冲动与愤怒，毅然单枪匹马挑战军统，林家山也不堪忍受军统受辱，找上彭克虎较量……
　　来自国共两党的两个神枪手彭克虎和林家山，在对抗日本刺客宫十一的过程中，从相互看不顺眼，到密切配合，在一次次生死考验中建立了友情，而徐德庸的女儿徐暖暖天真善良，她陪彭克虎一起经历着失去老丁后悲伤绝望的时刻，也对这个看似莽撞粗鲁的八路军警卫员，由好奇到爱慕，开始了一段敢爱敢恨的情感历程。正当这段感情朦胧美好的时候，彭克虎当年的恋人老幺却出现在他的视野里，她现在已经是北平的一方大佬，还是军统北平站站长的恋人，她多年来一直试图谋刺徐德庸，这对昔日恋人在谋刺徐德庸的现场相见，爱恨情仇一一体验。
　　徐德庸屡遭行刺，更加意识到自己的性命对国共和谈和阻止内战爆发的作用，他动用了早就准备的秘密武器，一个和自己长得一样的替身替自己出席一个重要活动，替身遇害，彭克虎和林家山也联手消灭了日本刺客宫十一，而徐德庸利用这个机会隐身幕后，揭破了军统与日本刺客的勾结，掀起了巨大波澜，导致国民党政府不能继续装聋作哑，但是这时风波又起，国民党政府派出专人来收买拉拢徐德庸，徐德庸在我党的帮助下，认清了方向，拒绝了收买，国民党政府恼羞成怒，加大了对徐德庸的迫害，彭克虎和林家山继续联手保护徐德庸。
　　这时，日本人帮助军统的真实目的暴露出来，他们不顾一切也要交换到手的小林觉，其真实身份是日本军方的细菌专家，曾在北平主持细菌研究所，此刻他被不甘心日本战败投降的死硬份子救出来，是要利用他研究的细菌武器，把北平变成一片瘟疫横行死神肆虐的地狱，这个疯狂的计划由于军统某些人只顾私利的行为而得到执行，北平危在旦夕，林家山在彭克虎和北平八路军办事处的指点下认清了真相，他亲手开枪射杀了与日本人勾结的上司，又与彭克虎联手消灭了细菌专家小林觉，摧毁了细菌研究基地，他们拯救了北平，林家山选择投奔延安，也拯救了自己。
　　徐德庸因为坚持自己的政治主张，经历了由威名显赫的一方大佬到被诬陷通缉的汉奸逃犯的过程，他连遭刺杀，屡次为八路军警卫员彭克虎所救，他终于认清了是政府的腐败导致了这一切，从而做出了正确的抉择，他鼓励女儿跟随彭克虎去解放区寻找幸福，自己也倾一帮之力支持共产党八路军，为即将到来的和平做出努力。