江湖传闻，三年前，警方为了打击愈发猖狂的犯罪社团势力，不惜任何代价，积极安排了上千名“卧底”探员混进所有犯罪组织。当中又以气焰最盛的洪兴社为主要打击压目标。经过多年来的努力，警方已搜集到足够证据，即将全面出击，行动代号为“百年孤寂”，由多年来一直致力于“反黑”的总督察韦定邦作总指挥，他本人当年也作过卧底探，誓要将洪兴社一举歼灭。
洪兴社团的大老板是被尊称为老爷的“龙头”，虽然年事已高，却深懂管理之道。他身边的女人苏菲，一直代老爷出面，扮演着平衡社团内各方利益的角色。
社团各种犯罪活动主要由四个“话事人”控制：华超经营所有非法的赌搏和借贷活动；黎继祥经营娱乐场所；钟孝礼为各界供应毒品；游志标则拥有为数不少的无知少年支持社团所有行动。
千名卧底探员的消息一传出，让所有的犯罪组织都人心惶惶，每一个人都怀疑自己身边的人是卧底。
警方在卧底探员“四眼”的帮助下，抓捕了一名社团小头目花仔全，如果花仔全被判刑的话，他很有可能揭发社团的大量犯罪事实……
钟孝礼毒品业务牵连甚广，运作上一直极其小心，同样被卧底探员搜集到极有力的证据。钟孝礼在警方的拘捕行动中及时逃脱，准备到海外避难……
华超与钟孝礼在业务上有较密切关系，他在得知钟孝礼出事之后，决定第一时间先行保住自己的利益……
黎继祥虽然知道钟孝礼的案件会为众人带来麻烦，但却坚持要大家团结一致，才有望与警方对抗，他仍然坚持相信：“千人卧底”只是警方用来分化他们的谣言。
与此同时，黎继祥意外地邂逅了橱窗设计师尤莉，他从这个梦幻般的女孩子身上找到了久违了的恋爱感觉，尤莉也被黎继祥成熟、亲切的态度吸引，但是她是一个黑白分明的单纯女孩，对犯罪社团充满了憎恨……
警方的抓捕行动开始对准了游志标，游志标开始怀疑他众多的小弟当中也有卧底探员已混在其中。警方突袭游志标的茶餐厅，游志标发现手下一个叫波记的伙计没有出现，他认为波记就是卧底……
老爷和苏菲眼见社团出事，却仍然处之泰然，为的是，他们都知道只要能置身事外，风暴过后，他依然是社团的“龙头”，无论将来接任的“话事人”是谁，他的利益总少不了…
洪兴社各人的反应，其实早已在韦定邦意料之内。
香港警方向社团发起了最后的进攻，在潜伏于社团各处的卧底的配合下，终于将这个不可一世的犯罪社团彻底摧毁。
