大型电视连续剧《神舟》，主要讲述了载人航天工程启动以后十多年来，工程研制、试验和发射过程中发生的故事。载人航天工程设有总指挥部，分为航天员、空间应用、飞船、火箭、发射场、测控通信、着陆场共七大系统，直接参与工程的单位有三千多家，涉及工程人员数十万。1971年4月，以“曙光”命名的中国载人航天工程第一次上马，并从当时的空军飞行员中选拔出了中国第一代航天员。因为种种原因，“曙光”计划最终没能进行下去，逼迫下马，这对当时的工程研制人员来说无疑是一个巨大的打击。8101所做为“曙光”计划下
马后留下的唯一火种，他们的许多关于载人航天的试验诸如航天服、太空生存环境等试验的研制还在艰难地进行，锻炼排也一直在保留着，他们一直期待着载人航天工程能够重新上马。但是因为种种原因，载人航天计划不但没有音讯，8101所反而被一次次地裁减，差一点就被撤编。为了提高中国航天的运载能力，为载人航天工程打下更好的技术基础，仲人等冒险与美国签订合同，研制大推力捆绑火箭，并希望火箭运载能力的提高能促进中国载人航天工程上马的脚步。出乎意料的是，大推力火箭第一次被推上发射台，点火后竟然没有起飞。上上下下都投来了谴责的目光，大家都陷入了极度痛苦之中。
就在航天人最为痛心的时候，1992年9月21日，中央决定重新启动载人航天工程，以神舟飞船为主突破载人航天。从此，中国航天迎来它了最艰难的时刻。此时经受了十年文革动乱冲击的中国航天界也是困难重重，人才大量流失，造成严重的人才断档。面对七大系统庞杂纷繁的论证意见，以仲人、孟化川为代表的载人航天领导集体，以载人航天工程七大系统为主体的航天工作者们，十几年如一日，含辛茹苦。而载人航天工程的背后，航天人的家人也承受着常人难以想象的困难和艰辛。仲人常年奔波在载人航天工程第一线，全身心投入到工作之中，不管发生什么，载人航天都是他最重要的选择。第一次飞船发射，仲人面临着成与败的压力，飞船又碰上了开大底的危险，仲人进退两难，艰难地做出抉择：开大底！神舟飞船第一次发射成功了，但进入地面模拟舱的仲令风却差一点出现生命危险，仲人召集大家集中攻关。最后一次无人飞船试验临近发射，发射场又遇上了前所未有的超低温天气，给发射带来了极大的危险性。仲人陷入了极大的担忧和困扰之中，他遇上了蒙古老人巴特尔，巴特尔给了他一线希望，他让人找来所有的气象历史资料，冒险决定按时发射。临近载人，飞船发射的关键时刻，莫茹重病，当他感觉到自己对家庭投入的太少时，已经太迟了，心爱的妻子离他而去，仲人陷入了极大的悲愤之中。载人飞船的发射使得他不得不让自己振作起来，每一点细微的情况他都要亲自过问，生怕有一丝的疏忽，造成整个载人航天工程的失败。飞船落地，航天员安然出舱，仲人沉重的心情终于释怀，他想到了莫茹，想到了许许多多为了祖国的航天工程而牺牲的人…..
仲人的妻子莫茹为航天资料室主任，载人航天工程启动后，她主动承担起载人航天大事记编写工作。她作为仲人身边最亲密的人，一方面要支撑起整个家庭，另一方面，她也是陪伴着仲人、陪伴着中国载人航天工程走过来的行内人，载人航天的艰难、仲人的内心世界，她都看在眼里，并以旁观者的身份告诉世人。她爱她的丈夫，爱她的两个儿子，更热爱载人航天事业，因长期劳累，工作繁忙，等到发现病情时，已经到了肺癌晚期，为了不影响丈夫和儿子们的事业，她始终没有告诉身边的任何一个人。一次偶然的机会，航天员心理教练员——仲令风女友林兮发现了莫茹的病情，莫茹的一番话感动了林兮，林兮作为航天员教练员，她把这一切都埋在心底，也没有告诉自己的男友仲令风，出外训练前她只是拜托与莫茹同在资料室工作的丁雪亭照顾莫茹。谁知这一切都出人意料，等他们训练回来，莫茹已经撒手人间，只留下了没有完成的中国载人航天大事记……当中国第一位航天员乘着神舟飞船飞上太空时，她只能静静地躺在大漠上，默默地注视着这一切……
仲人的大儿子仲令风是戏中唯一一个具有悲剧色彩的人物。一个在航天之家长大的孩子，从小看着中国第一代航天员岳武侯锻炼，他对太空、对航天员都充满了痴迷般的幻想和情怀，一心梦想着成为中国第一位飞上太空的航天员。于是长大后他选择了去8101所当一名锻炼员，后来8101所编，他去了空军，在选拔航天员时顺利过关，被入选位预备航天员，就在预选的航天员报道前夕，仲令风因为一次飞行事故，失去了当航天员的机会……大家都希望他继续回到空军当一名飞行员，仲令风却躲到空军疗养院迟迟不肯回来。岳武侯去看他，劝他回来当航天员助理教练，他终于答应回到8101，但还是做了一名普通的锻炼员，做了很多危险试验，为航天员训练提供了很多很有价值的数据。队长岳武侯见仲令风身体恢复得很好，完全可以当一名合格的航天员，于是向指挥部上报告，复议仲令风重新加入航天员的事，而仲令风却坚决不肯，这令大家十分不解，女友林兮也跟他闹翻……
仲人对小儿子仲令雨的期望也很高，希望他能够留在载人航天工程中，为载人航天工程出一份力。仲令雨酷爱软件，和测控系统总师张再、飞船软件专家毛家顺都有很亲密的关系。但是他对中国航天并不热心，在大学就改学软件专业，后来在张再的支持下出国留学，仲人因此大发雷霆，还批评张再错误引导。仲令雨学成后回国，本想在测控领域大展宏图，后来张再劝仲令雨去飞船工作，那里更需要人才。仲令雨看到测控系统软件系统基本成熟的情况后，不再想去航天系统，而是去深圳发展自己的软件专长。两年后，神舟五号飞船进入准备阶段时，萧和平去深圳找仲令雨，说明飞船系统还有许多项目需要攻关，希望仲令雨到飞船系统工作，仲令雨随萧和平来到飞船系统。经过多年磨练的仲令雨成熟很多，对父母亲十分孝顺，尤其是对母亲十分依恋，母亲离开人世，他无法接受这个事实......
神舟涉及到的故事和任务还有很多，每个人都有一份特殊的经历和故事，在这里不一一赘述，当中国第一代航天员杨利伟飞上太空、胜利返回祖国怀抱的时侯，那些曾经为中国航天奋斗了一生的老一辈科学家们、那些正工作在第一线的工程师们、呢些参与研制、试验的工程技术人员，他们，都不愧为“英雄”两个字……
