第九集
高翰文被迫准备签字，海瑞王用汲挺身而出制止，严词质问郑泌昌、何茂才。郑泌昌、何茂才丧心病狂，在大堂之上与海瑞剑拔弩张。高翰文此时已心力交瘁，正欲为海瑞争辩却当场晕倒在大堂之上。郑泌昌命海瑞立刻带臬司衙门的兵去淳安，将受冤无辜的灾民正法，否则同样以通倭罪论处。
胡宗宪在谭纶的陪伴下在江苏借粮也病倒了，应天巡抚赵贞吉请来当年劝谏嘉靖帝不要误食丹药的太医李时珍为胡宗宪诊治。李时珍医人先医心，胡宗宪为之一振。想到淳安建德受灾后，必定瘟疫流行，胡宗宪请求李时珍前去治病救人，李时珍欣然同意。
浙江的局势发生了意料不到的变化，杨金水又有意躲在北京不回。沈一石感到了危机，向早已倾心的芸娘一番歇斯底里的发泄后，打着织造局的名义压着粮船向受灾的淳安、建德两县驶去。
被浙江臬司衙门官兵裹挟的海瑞来到了淳安，逼迫海瑞在午时三刻处斩被冤的淳安百姓。
第十集
杨金水秘密返回浙江，得知郑泌昌、何茂才一边让沈一石打着宫里的名义去贱买农民田地，明白这是往嘉靖帝头上泼脏水，大惊之下用织造局的公函以八百里加急直接把消息送到宫里。
何茂才臬司衙门的爪牙蒋千户催促海瑞抓紧行刑，按大明律法，海瑞因通倭案无立案卷、无口供等缘由拒绝行刑，为防严党杀人灭口海瑞又将人犯押到县大牢严加看管。同时，海瑞派出两路急报，去杭州向巡抚衙门、臬司衙门和苏州向胡宗宪呈报，要求总督衙门、巡抚衙门和臬司衙门共同来审。
浙江之事传到苏州，胡宗宪预料内忧必致外患，一面部署抗倭军事，一面派谭纶率总督衙门亲兵赶赴淳安。
郑泌昌、何茂才的阴谋没有得逞，便生杀意，索性又命蒋千户、徐千户星夜赶回淳安，将井上十四郎、无辜百姓斩草除根，然后立刻拘押海瑞。而海瑞早有准备，一面命田有禄继续向当地富户筹借粮食，一边严加看守人犯。
第十一集
郑泌昌估计沈一石的粮船已经运到淳安，假意温和催促高翰文，明则派兵护卫，实则押送高翰文前去买田。杨金水也深夜暗访高翰文，让其不必为芸娘之事受人要挟，并委托高翰文到淳安后，摘下织造局的旗子，为嘉靖帝洗清骂名。
嘉靖帝服食丹药，体内积毒，冬燥夏寒，吕芳使用李时珍的方子为其排毒，借机呈上杨金水的八百里加急文书。嘉靖帝看后震怒，急召严嵩查问此事是否与严世蕃有关。这时，嘉靖帝才发现严嵩一党已经尾大不掉，于是命吕芳让手下人继续打探，并派出锦衣卫替自己在浙江察看。冯保精心伺候小世子，小世子已然离不开他了。加之，冯保在吕芳与裕王之间互通消息，让裕王和李妃都对其逐渐改变了态度。
淳安大牢灯火通明，海瑞得知沈一石的粮船已到码头，却不能离开半步。严党杀人灭口的爪牙蒋千户、徐千户已到淳安县衙西厢县丞签押房，密谋让田有禄将海瑞引出大牢。蒋千户、徐千户等不出来海瑞，欲放火烧牢。
第十二集
千钧一发之际，高翰文带总督署亲兵赶到，及时挽救了危局，海瑞度过了第一次难关。
玉熙宫大殿内，嘉靖帝怒斥严嵩和严世蕃父子。严世蕃力辩浙江之事都是郑泌昌、何茂才干的，自己没有指示他们打着织造局的名义去贱买农民田地。嘉靖帝姑且放了严世蕃一马，令其查办此事。此时风雨大作，严嵩父子感到了危机。此时锦衣卫的朱七等人奉嘉靖帝之命疾驰浙江。
浙江打着宫里的牌子贱买灾民田地的事也报到了裕王府。裕王打算将嘉靖帝赏给李妃家的十万匹丝绸还回去。李妃觉得不妥。裕王急着要见徐阶、高拱和张居正。李妃又认为情况不明，劝其不见。惹怒裕王，痛斥李妃。徐阶、高拱和张居正来到裕王府与裕王商议，张居正也感觉此事匪夷所思、波谲云诡，建议裕王静观其变，裕王闻后不禁后悔错怪李妃。
海瑞在淳安县码头与押着粮船来贱买灾民田地的沈一石交锋了。沈一石却将织造局灯笼下的贴子放了下来，露出“奉旨赈灾”几个字。
原本想能以打着宫里的牌子贱买灾民田地诽谤朝廷企图激起民变的罪名将郑泌昌、何茂才治罪的悬案，突然之间竟变成了为嘉靖帝增光添彩的好事。已经十分复杂的政局变得更加复杂。
第十三集
严嵩严厉示下严世蕃，为防民变田价不能太低，并责成胡宗宪处理。严世蕃、罗龙文和鄢懋卿一脸的不情愿，还称自己没有与郑泌昌、何茂才同流。沈一石把买田的粮赈济了灾民，田眼见着买不成了，郑泌昌、何茂才大骂沈一石。但二人更担心关在淳安的井上十四郎把事情捅出去，都得诛灭九族。于是郑泌昌指使何茂才赶在胡宗宪之前，去淳安把井上十四郎押回来，自己则去找杨金水。
杨金水正准备让从京城赶来的锦衣卫抓捕沈一石。听说沈一石把买田的粮赈济灾民后，杨金水因恐自己密报失误有欺君之罪，要将事情查个水落石出。不想郑泌昌竟装死抵赖，无奈之下杨金水请出锦衣卫朱七。朱七一出，郑泌昌为逃脱罪名谎称自己并不知道沈一石打的什么主意。郑泌昌、杨金水二人又合谋，上疏朝廷把责任推卸在沈一石身上。
朱七也向淳安百姓暗访到齐大柱通倭实属冤枉，并且老百姓十分感激嘉靖帝“送粮赈灾”和裕王给他们派来了为民作主的海瑞。但老百姓还是不肯借粮，原因是怕种丝已晚，到时收不了多少丝、还不了粮，官府还是要收土地。
淳安大堂之上，何茂才带着自己的爪牙蒋、徐两个千户，欲以严刑威胁海瑞交出“通倭”人犯。胡宗宪的亲兵当即出面制止，海瑞并不畏强暴、据理力争。
第十四集
海瑞言可以将真正的倭寇井上十四郎交给何茂才带回省里，但被冤枉的齐大柱按律只应鞭笞二十，然后释放。何茂才只得认可，暗中命蒋、徐千户杀了井上十四郎灭口。
海瑞当众鞭笞了齐大柱等人，让百姓明白其是在为大家受过，并解释种桑三年免税，比种粮的收成更大。得救的齐大柱等人深为感动，也帮海瑞一起说服百姓。同时在海瑞的劝说下，齐大柱等人投奔戚家军与倭寇作战，杀敌报国。
谭纶将李时珍请到了淳安，并告知海瑞海母及其家人也即将接到淳安。让李时珍一面为淳安的灾民防治疫情，一面为海瑞夫妇开出孕育的药方，为海家留后。谭纶急于赶到前方抗倭军营，临行前与海瑞交待了时局：抵制“改稻为桑”打乱了严党的阵脚，沿海倭寇最近必定会有举动，东南即将有大战事。仗要打赢，就要花大钱。但国库是空的，嘉靖帝还要靠严嵩父子支撑局面，他们拿不出钱便会拿有钱的开刀。据胡宗宪分析，眼下有巨财能填补国库亏空的只有沈一石，朝廷拿他下手是迟早的事情。
事情果如胡宗宪所料，嘉靖帝召见严嵩，并不谈国事，只谈父子，但暗示严嵩、吕芳管好自己的儿子。严嵩当即着严世蕃查抄沈一石的家，以筹募军粮送往胡宗宪大营。
第十五集
沈一石勾结郑泌昌、何茂才瞒着杨金水，拿芸娘去施美人计，还打着织造局的牌子假装买田却把粮都给赈了，两件事捅的都是天大的窟窿。杨金水正等着沈一石的交待，沈一石却依旧平和。原来沈一石也有隐情，自己买了田、产了丝织成绸一多半要去补国库的亏空，剩下的利润还要给郑泌昌、何茂才以及京里严党的贪官们分成，只能与二人勾结用十石稻谷买一亩田，才能不赚不赔。沈一石一开始打着织造局的牌子去买田，是故意不让杨金水知道，让其向朝廷奏本，如有意外，朝廷也会对杨金水更加深信不疑。杨金水了解了内情，对郑泌昌、何茂才也是恨之入骨。
内阁拿办沈一石抄没其家产的急递到了浙江。着令即刻将所抄私财悉数调拨军用！郑泌昌、何茂才又将此事推给了高翰文。沈一石点火自焚。但四箱行贿账册却落到了郑泌昌、何茂才手里。不想，浙江首富沈一石早已被盘剥得所剩无几。沈一石共有作坊二十五、织机三千，每日可织丝绸五百四十八匹。但库存生丝仅能维持作坊织绸二十天，共计一万零九百六十匹，距朝廷卖与西洋所需之五十万匹相差四十八万九千四十匹，库存丝绸也仅剩一百匹！郑泌昌、何茂才见事情败露，请求杨金水上奏朝廷让自己戴罪立功，二人再想尽办法筹集军饷。
在日本倭寇为患明朝东南沿海已经十年的时候，也是明朝内政日益腐败的时候，一场由浙直总督胡宗宪坐镇部署、名将戚继光的“戚家军”为主力的抗倭决战，在这一年在中国东南沿海开始了！
第十六集
高翰文查抄沈一石的账册和家财的下落，竟一无所获，便与同来的锦衣卫分头赶往巡抚衙门和织造局。郑泌昌、何茂才正火烧账册、毁灭证据，将高翰文挡在巡抚衙门外。但让郑泌昌和何茂才万万没有想到的是杨金水还有同样四口木箱，装着沈一石二十年来所有的账册，原封不动送往京城交给吕芳，上奏嘉靖帝。
郑泌昌、何茂才等浙江的官员贪墨巨资，现在又拿不出军饷供应前方抗倭。为给朝廷一个交待，密谋移罪高翰文“办案不力，账目被销毁，大量赃款下落不明”，让其做替罪羊。
倭寇在东南沿海烧杀淫掠，戚家军数千将士在已经断粮数日后仍然坚守苦待、伺机杀敌！东南局势危急，高翰文押着仅有的军需到前方见了胡宗宪。胡宗宪敏锐地断定不出一个月，朝廷就会在浙江掀起大案，劝高翰文立刻找朝廷派来的锦衣卫主动请罪，请他们把自己槛送京师！
杨金水将沈一石的死讯告诉给了芸娘，言沈一石临死前让自己把芸娘托付给了高翰文，并把一个生满铜锈、上了锁的铜匣交给了芸娘，说是让她和高翰文保命的。
每次戚家军击退倭寇后，总会留下一些无家可归的妇女，她们大都留下做了戚家军的军户。戚继光将带领百姓奋勇杀敌立了头功的齐大柱，引见给了胡宗宪。此时的胡宗宪将随身的宝剑赠给了齐大柱，流露出些许无奈的退意。
第十七集
高翰文将沈一石临死前述说的朝廷诸多不可告人的账目一一背给海瑞听，海瑞不禁感慨官场之贪墨皆始于内廷。海瑞再次嘱咐高翰文唯有沉默，才能出狱。次日，芸娘陪同被押解的高翰文一起进京。
嘉靖皇帝几十年不上朝，但整个大明朝的财政收支却一直掌握在其手里，除了修醮炼丹以外，最让他关注的便是计算整个国家的财政收支。嘉靖帝命太监将杨金水密送进京城的四箱账册一一查点，算出浙江官场这二十年贪墨沈一石的一百万匹丝绸怎么也有七八百万两白银！嘉靖帝立即召见了星夜兼程、秘密进京、已经筋疲力尽的胡宗宪，严厉质问新安江大堤决口之事和浙江官场贪墨之风。胡宗宪忠言进谏：国事艰难，如果兴起大狱，牵及内阁和六部九司，大明朝立时大乱，恳请嘉靖帝在适当的时候彻查。
为试探严嵩，嘉靖帝又命胡宗宪将四箱账册连夜送进严府。严嵩不看账册，又一次暗中保护了自己。
第十八集
翌日，在玉熙宫精舍嘉靖帝召见了严嵩，将装有账册的木箱拿给严嵩看。铁证之下，严嵩也只有表示：凡沈一石账册所牵涉之人都应立刻拿办，所贪墨之财要严加追缴。
嘉靖帝当即调整了内阁。并调派徐阶的学生赵贞吉担任浙江巡抚，立即拿办郑泌昌、何茂才，追缴沈一石被贪墨的财产。
李时珍为海瑞夫妇诊脉，深得海母欢心，与海瑞一家结下了深厚的情意。
桑苗刚发芽，气急败坏的郑泌昌何茂才立刻派人到各县催缴生丝。海瑞当即扣押了催缴生丝的公文。
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