第39集

　　女娲关键时刻神游归来，阻止了魔帝的计划。在花神的请求下，女娲饶恕了魔帝，并开辟阴间一界供魔帝执掌。女娲安排劫难中死去的凡人到阴间投胎，而句芒、祝融由于修行有成，被带到天庭成仙。二姑娘等人的感情有了圆满的归宿。

　　女娲一时兴起到人间游览，却目睹的人间一幕幕丑恶的现象。人类自私贪婪等恶习激怒了女娲，失望之中，女娲决定毁灭现有的人类，重新打造完美的人类。

　　玉帝和花神得到女娲将要灭世的消息，急忙前来劝阻，但女娲心意已决。玉帝找到了黄帝，两人对保护人类一事立场一致，终于尽弃前嫌携手共战女娲。

　　一番激战，玉帝和黄帝终究不是女娲的对手，灭世看来已经不可阻止。

　　花神和神农决定尽快让人间开满鲜花，挽回女娲心意。在去阴间寻找魔帝打听真水下落时，遇到了帮助魔帝打理事务的宝娘。魔帝告诉花神，真水已经被女娲拿走。

　　第40集

　　花神向女娲索要真水，表示要证明人间尚有希望。女娲拒绝了花神，决定三天后灭世重生，但透露出真水被放在昆仑山。

　　花神、神农连同几个仙女、赵公子、句芒赶到昆仑山，在最后时刻找到真水。人间终于鲜花盛开。女娲相信了花神，认为人间还有希望，再次神游而去。

　　天上人间重归和谐。神农也写出利用鲜花和草药制成的药方，供世人对付瘟神留下的瘟疫。神农再也隐瞒不住自己的病情，终于病发。原来神农尝遍百草，体内毒素已经到了不可控制的地步。神农再次拒绝了花神化身成仙的建议。花神含泪看着神农死去。花神率领七仙女在天上洒下鲜花，仿佛在涤清人间一切污秽，又仿佛在默默怀念着神农。