故事发生在清朝乾隆年间，当时社会经济、文化的发展呈现出一派详和繁荣的景象，被后人称作“康乾盛世”。然而，表面上的国泰民安，掩饰不了各种日益激化的矛盾。如何清除图谋不轨者，惩治贪官污吏，平衡君臣矛盾等问题都摆在当朝天子的乾隆皇上面前。乾隆是一个颇有作为、雷厉风行的君主，同时又是一个深谙中庸之道的政治家。他十分爱才，颇能理解大学士纪晓岚刚真守正、秉公执法的无私品性，又贪图逢迎，特别欣赏户部尚书和摇尾乞怜、惟命是从的献媚之术。而纪晓岚与和，则是一对多年来格格不入、南辕北辙、互为政敌的冤家对头。于是围绕着这三人这间，便产生了一幕幕令人或忍俊不禁、或长吁短叹的悲喜剧。

　　入继大统多年，从不觉察有异的乾隆皇上从临危的奶娘口中，猛然听到关于自己身世的片言只语，犹如五雷轰顶，为了导根溯源，解开其中谜团，同时也是为了彻底勘察云州地区官员贪赃赈灾款的犯罪事实，他带领两个得意心腹宠臣纪晓岚与和不辞奔波劳苦，微服私访，顺藤摸瓜，决定要将全部真相大白与天下。

　　他们的动向引得向来对皇上有觊觎之心的十四王爷的蠢蠢欲动，也搞得被蒙蔽的两位民间侠女莫愁、小月难辩真伪。加上和与钦差福康安与此赈灾款案有着说不清、道不明的联系，纪晓岚力排众议，一意孤行，努力搜集各种物证，最终将矛头指向当地一私自囤粮，谋取暴利的不法奸商。并说明皇上：即使是生身之母犯了法，也应与庶民同罪。柳志夫人畏罪自杀，使刚刚找到母亲旋即又失去母亲的皇上大为悲痛，也使得刚洗清干系的和趁机挑拨离间，大加诬陷。幸亏皇上明大义，识大体，纪晓岚可以畅通无阻地把贪官污们一个个绳之于法。

　　御医吕长安越狱出逃，使一桩原来看上去并不复杂的奶娘中毒身亡案颇添扑朔迷离之感。为了查清幕后的主使，纪晓岚明察暗访，巧施计谋。出于各种目的十四王爷的心腹四姑娘、福康安及两名黑衣蒙面女子等纷至沓来，小小的临青州突然之间风云际会，各种人马勾心斗争，尔虞我诈。在足智多谋的纪大学士的安排下，神医吕长安安然无恙地返回京城，挪用贡珠，心怀鬼胎的和、福康安迫不得已让步与收敛，在关键的时刻也还起了积极作用。眼看一切都昭然若揭了，十四王爷不惜丢车保卒，但若想蒙混过关嫁祸于人，又怎能逃得过纪晓岚的火眼金睛。药方奇案疑团解开，真相大白，罪魁祸首将受到应有的惩罚。

　　因和谗言，以《红楼梦》被定为禁书，必须予以焚毁，书商陈未元为谋大利，欲将珍贵的手稿据为己有，将采待价而沽，其妻“湘云”惟恐此书再遭厄运与之反目成仇，并千方百计找到正在编纂《四库全书》的纪晓岚，欲将书稿请之代为保存。和、福康安挟私仇，借口纪晓岚传抄保存禁书，欲置之死地，双方展开一场斗智斗勇斗谋的对抗，纪晓岗固然有铁齿铜牙，和亦有三寸不烂之舌，为了书稿，纪晓岚不惜自家珍品，对个人安危更是置之度外，最后还是他的机敏智慧使这场较量最终占了上风。由于皇太后对《红楼梦》一书的如醉如痴，才彻底打动了乾隆皇上，对此书从此网开一面。

　　贪官污利欲熏心胆大包天，层出不穷。刚刚新调杭州的原甘肃知府王旦望即是一胆大妄为之徒。为了不致使自己在“监粮”过程中大肆舞弊之事东窗事发，他上下勾结，甚至不惜卖女求荣。但纪晓岚亦非那利令智昏之辈，从王的下级，一重要涉案人员身上找到突破口后，纪晓岚在乾隆皇上的默契配合下，巧妙施展离间计和苦肉计，把一心要从中分一杯羹的和美梦搅得干净，让贪官落入法网。谁知一波刚平一波又起，王旦望刚刚被就地正当，他被抄没的家财即已出现在街头的当铺中。莫愁、小月此时早已是纪晓岚为民请命、仗义直言的好帮手。自然不会袖手旁观，巧取豪夺的江南道御史陈辉祖看大势已去，才发现自己是玩火自焚。

　　纪晓岚不畏强权，刚直不阿的行为有时会赢得皇上的敬重，有时却会冒犯龙颜。他不会为皇上对才女苏姑娘想入非非一事穿针引线，却在解救被诬隐的洪御史及其女儿时不遗余力。而和则恰恰相反，这位看起来圆通和顺的家伙实则是最能偷奸耍滑、巧言和色。

　　直隶总督尚荣为掩饰自己贪污皇家园林建筑费的罪行，欲先行下手，将被判处在曲阳县一采石场做苦役的洪御史与女儿、小月等押付刑场。幸亏皇上在纪晓岚的带领下才及时赶到，保全了义士忠臣的性命。

　　从来帝王多风流，自古美人爱英雄，侠女莫愁与皇上私通款曲，两情相悦，但他们的婚姻却不为太后允许。小月倒是天真烂漫，与新进状元祝军豪情好日密，只是和之子丰绅殷德的单相思不仅考验着三个年轻人的情感，对纪晓岚、和二人也是一个难题。好事多磨，皇上为得到心爱的女人和他腹中的孩子甘愿退位；小月希望服侍照顾双目失明的丰绅殷德，亏得纪晓岚仗着一付无论走到何处都所向披靡的铁齿铜牙，犀利机智的语锋，冒言直谏的勇气和精神，成全和帮助了两对多灾多难的有情人。因劳苦功高，他被乾隆皇上赐封了一杆金烟袋，作为“尚方宝剑”，从此天下贪官污吏任纪晓岚敲打，天下不平之事由纪晓岚主持公道。