2005年5月剧组第一次赴福建选景，经过近3个月、约4万公里的奔波，8月24日返京。拍摄地初步选定。
2005年10月7日，摄制组全部人员、器材、车辆(共94人，16辆车)均安全到达西藏拉萨。
2005年10月2日，在拉萨举行“故事影片《云水谣》新闻发布会暨开机仪式”，摄制组人员和西藏自治区部分领导、新闻媒体出席，发布会结束，剧组奔赴90公里外的羊八井开始拍摄。
2005年10月19日本组第一批底片送回北京，羊八井地区的外景部分基本完成。
2005年11月18日摄制组拍完卡如拉冰川的最后一个镜头即意味着西藏地区外景全部结束，拍摄底片80余本，约1000米。
2005年11月21日北京外景开机，12月4日凌晨离京出发赴福建漳州南靖。京外景总共拍摄12天，其中转场三次，山洞改景三次，每日群众演员不低于100人。
2005年12月7日所有车辆到达南靖县梅林镇官洋村。12月8日官洋村开机。
2005年12月18日夜结束了福建南靖官洋村“陈秋水家”的全部拍摄并于次日转场至厦门鼓浪屿，12月20日在鼓浪屿开机。
2006年1月11日返回漳州拍香港街夜景，封锁了漳州香港街、台湾街各4天，调用16吨、25吨吊车各2天，动用公安、工商、城管等协拍人员约150人次，群众演员约400人次。
2006年1月25日北京外景开机。2月10日—11日拍完二七车辆厂，当晚进棚拍特技镜头至12日结束。
2006年2月24日—26日拍摄“加拿大画室”。至此，国内外景的拍摄工作(特技镜头除外)基本结束。与此同时，自2月13日起剪辑、录音开始进入后期工作。12日在西藏羊八井开机至2006年2月26日北京停机，历经6个月，横跨大半个中国，拍摄组共完成西藏4处(羊八井、当雄、拉萨、浪卡子)、福建5处(南靖、鼓浪屿、漳州、厦门、赵安)、北京6处(段祺瑞府、辅仁大学、山洞、南口、长辛店、流村)等15处外景地拍摄任务，约120场戏、1043个镜头、拍摄胶片283本(约113200尺)。
2006年4月2、3日在北影特技棚将特技所需镜头拍竣。
2006年4月5日粗剪对白双片完成(台湾部分及数码特技部分除外)
2006年4月6日请电影局领导、集团领导审查并召开座谈会，领导基本肯定了本片的创作及拍摄工作，同时也提出了诸多完善意见。
2006年6月8日摄制组一行8人到达香港，6月13日日凌晨3：30开始正式拍摄，6月16日将底片转磁至BETERCOM带。至此，剧组在香港的全部工作顺利完成。
2006年7月1日空镜头部拍结束。至此《云水谣》自2005年5月开始筹备、10月西藏开机，经历15个月时间、转场2万多公里后全片停机。
2006年10月13日后期制作全部完成。
