故事发生在3个美丽的春天。
改革开放后的一个春天，我海军出访编队驾驶着自行设计制造的某新型导弹驱逐舰出访美国。欢迎仪式上，舰长潘天雨意外地见到了旅美初恋情人———如今已是某著名杂志主编的肖可悦。当年，由于母亲姚曼菇———我海军著名的舰艇设计师在十年浩劫中被迫害致死，肖可悦不得不与挚爱海军事业的潘天雨分手，远赴美国，照料身心遭受重创的外公姚
汉唐。此次相逢，两人百感交集。
第二个春天，南非某港口，再次出访的潘天雨苦苦等待后，终于见到了匆匆赶来的肖可悦，正当两个人倾诉离情时，意想不到的事情发生了，肖可悦主编的最新一期杂志上竟然刊登了攻击、污蔑我出访海军舰艇编队的文章。肖可悦被愤怒的华人华侨团团围住。潘天雨质问肖可悦却得不到满意的答复，又听不进肖可悦的解释，一怒之下愤愤离去。当晚，肖可悦乘坐的班机意外坠入大洋，乘客全部罹难。此时，肖可悦的信送到了潘天雨手中，读罢信，潘天雨仰天长啸：“你走了！”
第三个春天，受命率舰环球航行的潘天雨在出访途中，意外获得一本新出版的杂志，杂志的发行人竟然是肖可悦。原来肖可悦因为弄丢了机票而没有登机。惊喜之下，潘天雨打通了肖可悦外公家的电话，试图讲和，然而却被肖可悦拒绝了。挂断电话后，可悦的外公姚汉唐递给可悦一封潘天雨战友写来的信，讲述了潘天雨得知空难事件后痛苦情感。看完信后，可悦激动地原谅了他，当即决定和外公一起回国，并前往迎接我环航编队。码头上，两个经历磨难的恋人再次相遇了。这一次，他们决定不再分开，一起回到祖国母亲温暖的怀抱……
《赤道雨》由从扮相到歌声都以甜美著称的著名女高音歌唱家宋祖英担纲首演女主角。此番是她首次涉猎音乐剧领域。在剧中，宋祖英用自己的表演、歌声和舞姿，塑造了女主角肖可悦的当代海外游子形象。
吕继宏是海政文工团著名男高音歌唱家，以演唱军旅歌曲而受到广大观众喜爱，曾多次获全国和全军演唱赛事大奖。在《赤道雨》中，他成功塑造了男主角、驱逐舰舰长潘天雨的形象。这也是他首次担纲音乐剧的演出。
吕薇是海政文工团著名歌唱演员，以声音甜美细腻而深受观众青睐，此次出演剧中女主角肖可悦。
