终于，1997年林奇以一部高深莫测的悬念惊悚片《迷失的高速公路》重返影坛。影片讲述的是一个爵士乐手与妻子不断收到记录他们房中秘事的录像带，而产生的狂乱、支离的想法。由比尔∙普尔曼和尼古拉斯∙凯奇的妻子帕特里夏∙阿奎特主演，这是一部实验性、梦魇般的影片，描述了人物黑暗、诡异、混乱的心理，是林奇影片中最怪异、最不明就里的影片。片中对性赤裸裸的描写曾一度引起争议，影评界对这部影片的反应是也各有说法。但由于影片大碟《迷失的高速公路》，林奇还是上了《滚石》杂志的封面。
1999年，林奇一改他以往所熟悉的诡异题材，执导了公路剧情片《斯特雷特的故事》。这部影片基于一个真实的故事，讲述的是73岁的阿尔文∙斯特雷特开着除草机，前往350英里以外的地方去看他兄弟的故事。影片中少有林奇那标志性的黑色、扭曲潜台词，是林奇自《象人》以来最温馨、最质朴、最有人情味的作品。影片风格沉稳细腻，展现的是人性的善良，以一个单纯而充满爱的小故事进入了美国乡村的岁月之旅。此片打动了众多影评家和观众的心，获第12届欧洲电影奖国际银幕奖、芝加哥影评人协会最佳影片奖和美国国家影评人协会年度十大影片。不止一个人评论道：大卫∙林奇又回来了。
2001年，林奇又回归到擅长的黑色诡异风格上来，编剧执导了以好莱坞为场景的悬念剧情片《穆赫兰道》。象《双峰镇》一样，这部影片本来是为ABC作为系列剧创作的。然而，与林奇当初进入电视界不一样的是，在片子亮相前就被“枪毙”了。虽然林奇对这部2小时的片子补了又补，试图配得上电视观众的胃口，但仍然没有获得通过。失望之余，他转而前往欧洲市场寻求支持，希望能将他的这部片子改编成一部电影，最终得到了法国制片皮埃尔∙埃德尔曼的支持。林奇说：“这是一个关于爱情、秘密和好莱坞之梦的故事”。影片随着一名黑发女子遇上车祸丧失了记忆而展开，她遇上了前来好莱坞寻梦的女孩贝蒂，两人一起寻找黑发女子的身世秘密。神秘人物、怪异场景、离奇故事和梦魇气氛，组成了林奇心中的好莱坞世界。此片在2001年第54届戛纳电影节上一经亮相，即得到一致赞赏，并授予了大卫∙林奇最佳导演奖。接着林奇又凭借此片先后斩获了洛杉矶影评人协会最佳导演奖，波士顿影评人协会最佳影片、最佳导演奖及纽约影评人协会最佳影片奖，还被法国《电影手册》编辑与读者分别评选为2001年世界十佳影片、法国电影恺撒奖最佳外语片奖等，并第三次获得了奥斯卡奖最佳导演提名。
