与明清戏相比，观众按理说会对汉朝的历史更加陌生，但是《汉武大帝》从播出伊始，就一直伴随着史实出错的指责。戏说剧当然不会有人来挑刺，像另一部《大汉天子》中，窦太后以反一号的形象出现，历史上她虽然笃信黄老，与独尊儒术的武帝有分歧，但两人的矛盾最多算“内部矛盾”。而且早已失明的窦太后在这部戏里眼光如炬，凡事必横加干涉，却没有观众有任何异议。但是正剧就不同了，既然要传达思想，观众难免以看教科书的心态对待。
制片人之一的刘德宏肯定地表示，剧中一、二线人物全部是真实的，大事件也有据可查。正剧和戏说本来就没有明确界限，在这部戏播出前经过广电总局专家审片会的审片，很多看起来失误的地方他们都知道，只不过考虑后决定将错就错。
首先是台词，剧中大量运用了汉以后的典故。比如“士别三日”、“吹皱一池春水”、“攘外必先安内”，都是稍具历史常识的人能发觉的问题，有些名词也惹人发笑，像“走私犯”这种现代语汇比比皆是。江奇涛对此的解释是，如果像《三国演义》那样，全部使用文言配字幕，事实证明效果并不好。电视剧终究是娱乐产品，在尊重大背景的前提下，台词写得能一下子让观众产生共鸣才最重要，黄朴民也赞同这个观点，他说，至于汉朝人怎么表达“天下兴亡，匹夫有责”，谁也不知道，“也许顾炎武还是根据前人的话提炼出来的”。
其次是化妆和发型，剧中女性一律樱桃小口，化的是烟熏妆，有些观众认为这是“哈日”。罗立平很不以为然地说，他们只看到了皮毛，而没有领会真正的内涵。化妆和披肩发型是根据出土汉俑的形象设计，确切地说，是日本人“哈汉”。还有人评价窦婴、田虫出场时的小提琴曲轻快异常，简直有喜剧味道。罗立平说，运用西洋宫廷音乐也是为了让观众更容易理解剧情。
不过最大的争执还是来自于司马迁的胡子，受过宫刑的他从头到尾留着胡子，在层层审查中居然没人发现，似乎说不过去。对此，制片人刘德宏的解释是，人们对太监没胡子的印象来自于明清史书，那时因为太监是从小去势，没有完整地发育过；司马迁是成年后受宫刑，胡子是否会脱落并无记载，所以有没有胡子在两说。黄朴民教授认为，台词是可以灵活机变的，胡子问题应该虚心承认失误。
为了增强戏剧效果，剧中小陶红扮演的淮南王公主刘陵的戏份很多，大家普遍认为想象发展得过分。历史上确有这个人，她也曾被认为是中国最早的间谍，但是这都是野史，很多史学家也无法证实她到底做过些什么。在剧中，她爱上了刘彻，又用房中术媚惑田虫等大臣，以达到帮助淮南王谋反的目的。有一场最终被删掉的床上戏，讲刘陵要求刘彻娶她，刘彻冷酷地说：“皇上是只睡不爱的。”罗立平认为这个情节很好地表现了汉武帝的爱情观，为了保护汉武帝的形象删掉很可惜。历史上的汉武帝确实是无情的，他为了不让得宠的钩弋夫人有机会干政，在立她的儿子为太子时，立即将她处死，据说，她出殡时风云变色，人人以为她冤枉之极。(孟静）
